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近日，纽约西奈山医学院房刚及团队在Nature Methods发表最新研究，开发出一种新型测序方式mEnrich-seq，可在测序前富集宏基因组DNA中感兴趣的类群，普适性较好，值得关注。

美国纽约西奈山医学院房刚课题组在Nature Methods发表文章，从各种各样的细菌物种中生成了一个训练数据集，并开发了一种名nanodisco的新方法，利用纳米孔测序同时检测多种细菌DNA甲基化基序，并利用细菌DNA甲基化多样性增强菌群分析分辨率。

2021-04-10

房刚等：调控艰难梭菌的孢子形成的关键表观遗传因子

纽约西奈山医学院房刚团队参与主导的研究在Nature Microbiology 发表。

2020-01-09

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房刚等Nature子刊：新型“智能镊子”可从微生物组中选择特定菌株完成测序

① 开发出一种新型测序方式mEnrich-seq，可在测序前富集宏基因组DNA中感兴趣的类群；② 该方法利用细菌DNA自然甲基化自我与非自我分化区分，选择甲基化敏感的内切酶消耗宿主和背景类群、富集目标类群；③ 与文库制备程序结合，可从人尿液和粪便样本中富集（高达117倍）致病或有益细菌，包括难以培养或低丰度物种；④ 通过对已经绘制的4601个细菌甲基组分析，约68%细菌基因组可通过至少一个限制酶进行mEnrich-seq富集，涵盖54.78%的物种。

01-04

Science：房刚等开发宏表观组方法定量分析真核生物DNA 6mA和细菌污染的影响

① 作者利用宏基因组分析的策略开发了一个“宏表观组”方法6mASCOPE，用于定量 6mA；② 该方法在莱茵衣藻和四膜虫，定量6mA并发现了其在核小体上的分布模式；③ 肠道共生或土壤细菌污染解释了昆虫和植物根系样本中绝大多数 6mA，且在果蝇、拟南芥或人类中没有发现高丰度 6mA 的证据；④ 用于基因操作的质粒也携带丰富的 6mA，且甲基转移酶和去甲基酶的突变体也无法完全去除6mA修饰；⑤ 该方法的发布，将有助于全面重新评估真核生物中的6mA定量。

2022-02-03

Nature子刊：房刚团队报道检测细菌DNA甲基化的新方法，助力菌群研究

① 现有的针对CpG 5mC（或少量具体序列）的纳米孔测序检测方法无法有效的检测细菌中常见的三种DNA甲基化；② NanoDisco同时解决了利用纳米孔测序全新发现DNA甲基化基序遇到的两个根本问题：识别出甲基化类型和找到基序中具体被甲基化的碱基；③ 新方法有效处理PacBio测序和纳米孔测序的一些本质区别，从而实现利用三种甲基化 (6mA, 4mC, 5mC) 更好地区分菌群中不同的细菌、关联可移动原件和其宿主、以及检测宏基因组组装中的错误。

2021-04-05

房刚等：调控艰难梭菌的孢子形成的关键表观遗传因子

① 对36个从人类分离的艰难梭菌菌株进行DNA甲基化组分析，发现其表观遗传组呈现高度多样性；② 鉴定出一个保守的孤儿DNA甲基转移酶CamA及其特异性的靶序列（CAAAAA），CamA基因在约300个艰难梭菌菌株基因组里高度保守；③ CamA基因敲除导致艰难梭菌在体外和小鼠体内的孢子形成效率大幅降低，减少在宿主肠道内的存留，其调控作用主要在孢子形成过程的初期；④ CamA还影响艰难梭菌的菌膜形成和细胞长度。

2019-11-25

Natutre子刊: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组分箱

① 微生物组中各基因组的有效区分是当前宏基因组研究的一大挑战；② 本文提出了一种结合单分子实时测序检测细菌DNA甲基化特征的分箱方法，基于合成和真实微生物组数据验证，可实现内源表观遗传条形码将个体短序列和组装的重叠群分类为物种和菌株水平；③ 此方法还能将质粒和其他移动遗传元件与真实微生物组样本中的宿主物种联系起来；④ 将DNA甲基化信息纳入是对宏基因组学分析方法的有效补充，以实现更准确的序列分组。

2017-12-11

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注：FA表示第一作者；CA表示通讯作者；SA表示高级作者

2024

CAmEnrich-seq: methylation-guided enrichment sequencing of bacterial taxa of interest from microbiome

Nat Methods, 10.1038/s41592-023-02125-1

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2023

CAPrecise Therapeutic Targeting of Distinct NRXN1+/- Mutations

bioRxiv, 10.1101/2023.10.28.564543

CANavigating the pitfalls of mapping DNA and RNA modifications

Nat Rev Genet, 10.1038/s41576-022-00559-5

2022

CACritical assessment of DNA adenine methylation in eukaryotes using quantitative deconvolution

Science, 10.1126/science.abe7489

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2021

CADiscovering multiple types of DNA methylation from bacteria and microbiome using nanopore sequencing

Nat Methods, 10.1038/s41592-021-01109-3

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2019

CANeuronal impact of patient-specific aberrant NRXN1α splicing

Nat Genet, 10.1038/s41588-019-0539-z

FACADiscovering genetic interactions bridging pathways in genome-wide association studies

Nat Commun, 10.1038/s41467-019-12131-7

CADeciphering bacterial epigenomes using modern sequencing technologies

Nat Rev Genet, 10.1038/s41576-018-0081-3

2018

FACAMatrixEpistasis: ultrafast, exhaustive epistasis scan for quantitative traits with covariate adjustment

Bioinformatics, 10.1093/bioinformatics/bty094

CAMapping and characterizing N6-methyladenine in eukaryotic genomes using single-molecule real-time sequencing

Genome Res, 10.1101/gr.231068.117

头衔

纽约西奈山医学院副教授