Gang Fang

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文章数：5篇

mEnrich-seq测序

房刚等Nature子刊：新型“智能镊子”可从微生物组中选择特定菌株完成测序

复杂基因组的细菌物种、高度偏斜的丰度分布以及与病毒、真菌和宿主细胞混合在一起。测序吞吐量主要被丰度较高的微生物消耗，而丰度较低的微生物无法以经济高效的方式进行测序和研究。近日，纽约西奈山医学院房刚及团队在Nature Methods发表最新研究，开发出一种新型测序方式mEnrich-seq，可在测序前富集宏基因组DNA中感兴趣的类群，普适性较好，值得关注。

mEnrich-seq测序特定菌株研究论文基础研究宏基因组学

Science：房刚等开发宏表观组方法定量分析真核生物DNA 6mA和细菌污染的影响

论文对DNA N6-甲基脱氧腺苷 (6mA)这一重要生物学问题持续探究，报道了使用“宏表观组”新方法，定量分析真核生物DNA 6mA并评估细菌污染的影响。DNA 6mA最近被报道在真核生物中普遍存在，它为研究生物学和疾病的研究创造了一个新的维度。然而，一些研究强调了混淆因素，真核生物中关于6mA的争论也很活跃。作者描述了一种定量 6mA 去卷积的方法，并报告说细菌污染解释了昆虫和植物 DNA 样本中的绝大多数 6mA，该方法还没有发现人类体内高 6mA 水平的证据，这项工作提倡重新评估真核生物中的 6mA，并提供了一种可行的方法。

宏表观组定量分析细菌污染真核生物DNA 6mA 果蝇

纳米孔测序

Nature子刊：房刚团队报道检测细菌DNA甲基化的新方法，助力菌群研究

美国纽约西奈山医学院房刚课题组在Nature Methods发表文章，从各种各样的细菌物种中生成了一个训练数据集，并开发了一种名nanodisco（https://github.com/fanglab/nanodisco）的新方法，利用纳米孔测序同时检测多种细菌DNA甲基化基序，并利用细菌DNA甲基化多样性增强菌群分析分辨率。

纳米孔测序 DNA甲基化 PacBio测序宏基因组组装可移动原件

房刚等：调控艰难梭菌的孢子形成的关键表观遗传因子

艰难梭菌是医疗相关感染的主要原因，Nature Microbiology近期发表了来自纽约西奈山医学院房刚团队参与主导的研究，从细菌表观遗传的角度，揭示了艰难梭菌孢子形成的调控机制。

艰难梭菌表观遗传 DNA甲基转移酶孢子形成 Jinlong Ru

Natutre子刊: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组分箱

西奈山伊坎医学院的房刚课题组在Nature Biotechnology杂志上发表了宏表观组领域的开创性工作，该研究提出不同种的微生物中广泛存在自己独特的DNA 甲基化修饰模式，能被看成是一个天然的“条形码”，可以被用来提高宏基因组拼接和分箱的清晰度和完整度。同时，这项研究也开启了表观遗传学在微生物群落研究中功能性的探索。

宏基因组宏基因组分箱宏基因组组装三代测序