Wenyu Shi

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文章数：5篇

微生物基因组目录

魏辅文+赵方庆等：构建大熊猫高质量肠道微生物组目录

肠道菌群在宿主适应和进化中发挥着重要作用，但在野生哺乳动物自然种群中研究不足。从宏基因组学的角度可进一步探究宿主的适应性进化和加强濒危哺乳动物的保护工作。近日，中科院动物所魏辅文、中科院北京生命科学研究院赵方庆及团队在Microbiome发表最新研究，基于439份大熊猫粪便样本长、短读长测序数据，构建大熊猫高质量肠道微生物组目录（PandaGut），共识别出820个MAGs和237万个独特基因，并构建划分出三种代表性肠型，值得关注。

微生物基因组目录大熊猫研究论文基础研究肠道菌群

刘宏伟团队：茯苓多糖作用于肠道细菌和真菌，改善小鼠酒精性脂肪肝

中科院微生物所真菌学国家重点实验室刘宏伟团队近期在Gut Microbes发表研究，探究了茯苓多糖对酒精诱导的小鼠脂肪肝的缓解功效与背后的作用机制。研究结果显示，茯苓多糖可以缓解酒精引起的肠道菌群失调和真菌过度生长。同时，文章发现共生真菌 Meyerozyma guilliermondii 诱导的前列腺素E2生成，可能是长期酒精摄入引起脂肪肝的机制之一。这些结果揭示了肠道真菌在酒精性脂肪肝发病中的作用，并表明茯苓多糖或可作为益生元用于改善酒精性脂肪肝。

茯苓多糖真菌酒精性脂肪肝病（AFLD） Wolfiporia cocos polysaccharides alcoholic liver diseases

生物信息学工具

中国科学院微生物所：全球化的微生物组数据存储和分析平台

中科院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队日前在 NAR 上发布了“中国制造”的菌群数据存储和标准化分析平台：gcMeta。该平台是一个微生物基因组及微生物组数据的管理、分析和发布平台，为国内外用户提供一站式的从数据存储、数据分析到数据发布的服务，目前已经整合了来自中国科学院微生物组计划及国内外多个重要项目的数据。该平台的发布将有效支撑我国微生物组研究并为未来我国国家微生物组计划的实施提供重要的支持。

生物信息学工具菌群分析平台中国

妊娠期糖尿病

赵方庆等：孕期健康可塑造新生儿的初始菌群

中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队主导的一项研究，近期在Gut[IF：16.658]发表。该研究分析了1000多份来自近500名产妇及新生儿不同身体部位的菌群组成，表明菌群的代际传递应起始于怀孕期。该研究还发现了与妊娠期糖尿病（GDM）相关的产妇及新生儿菌群失调，说明孕期健康可能是塑造新生儿菌群的重要因素。他们还鉴定出与糖耐结果有强相关性的细菌类群，或可作为生物标志物用于无创GDM诊断。

妊娠期糖尿病新生儿菌群妊娠期糖尿病菌群纵向传播新生儿菌群

基因组组装

赵方庆团队：针对细菌基因组重复区域拼接问题的新算法

继续推荐中科院北京生科院赵方庆老师和团队的研究，这篇特别关注单个细菌基因组中重复区域的拼接问题，很值得一看！

基因组组装重复序列新算法 Katarzyna Zaremba-Niedzwiedzka Eva F Caceres