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文章数：4篇

机器学习和深度学习在菌群研究中的应用

为了解决菌群研究相关的复杂难题，研究人员转向人工智能方法，由于它们强大的预测能力和信息潜力，机器学习和深度学习最近作为一个重要的工具被用于微生物研究领域以推进该领域的发展。本文中，作者展示了这些新的技术是如何用来研究微生物与表型之间的联系的。本综述不仅提供了人工智能在菌群研究领域的应用实例，还列出了使用这些模型时需要注意的事项。对当前数据可用性和模型可解释性瓶颈的进一步研究将进一步推动深度学习在菌群研究中的应用，并扩大我们对影响我们世界的微生物相互作用的理解。

菌群人工智能机器学习深度学习预测能力

FM：利用纳米孔测序技术定量分析城市污水中的抗性组

这是香港大学团队利用MinION纳米孔（Nanopore）测序技术定量分析污水处理厂中的大肠型细菌的耐药基因的研究，Nanopore正在蓬勃向前，从研究到转化应用，都会有很多惊喜，值得特别关注。

城市污水抗性组表型基因型 MinION纳米孔测序

Nature子刊：人类功能基因组计划全力推动免疫研究

2013年，人类功能基因组计划(HFGP)启动，已在队列研究中获得健康人和患者的临床数据、免疫表型(细胞和体液免疫)、基因组（GWAS SNP表型）、微生物组和代谢组数据，并建立了宿主DNA和RNA、粪便、血清、血浆和尿液的样本库，这会推动免疫学的研究，也一定会推动微生物组的研究。

表型代谢组人类功能基因组计划 Eric Vivier Gabrielle T Belz

宿主-菌群共进化

Science：宿主的基因，调控肠道微生物丰度

① 人和小鼠模型上的研究都清晰表明，特定种类的肠道微生物丰度，一定程度上受宿主基因型调控；② 与此有关的宿主基因与食物辨别、代谢和免疫力有关；③ 在非哺乳动物微生物组中也证实有类似模式；④ 下一代GWAS将拓展数据集规模并改进微生物表型描述，会更好捕捉宿主-菌群共进化的有趣信号。

宿主-菌群共进化基因型表型下一代GWAS Nicola Harris