微生物分类

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文章数：5篇

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Nature子刊：用单拷贝基因系统发育方法分析OTU

16S rRNA基因用于系统分类学研究的地位已经不稳了。之前就有研究人员通过单拷贝基因构建了新的生命之树（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1087194889），发现有明显优势。《Nature Communications》近期发表研究，又进一步基于新的生命之树开发了mOTUs2菌群分析工具。随着宏基因组测序的不断发展，这种分析方法或许将成为菌群结构分析的标准动作之一，非常值得关注！

微生物分类菌群结构生物信息学工具宏基因组学生物信息学数据库

氧化还原酶

氧化还原酶或可更好地描述微生物群落多样性

微生物在分类学上的差异不一定能反应功能差异。近期《PNAS》杂志发表文章，发现与传统细菌分类学方法相比，用氧化还原功能的多样性能更好地区分不同的微生物类群，而且可以更为直接地反应群落在生态圈中的功能，有助于在全球生物群落危机背景下，阐释环境对细菌群落的影响。

氧化还原酶生态功能生态功能生物信息学微生物群落

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Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法

小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）基因，如细菌中的16S和真核生物的18S，是微生物的分子“身份证”，常用于微生物多样性和分类等研究。传统方法难以避免扩增引物偏倚性对结果的影响，而对SSU rRNA进行全长测序可以消除这种局限性，更准确的鉴定微生物。本期Nature Biotechnology[IF：41.667]发表的研究，通过巧妙的设计，用高通量方法获得高质量的SSU rRNA全长序列而无需特异引物。该方法或可在未来的菌群研究中得到广泛应用，强烈推荐。

微生物分类小亚基核糖体RNA 引物偏差高通量 Classification and taxonomy

海洋微生物

Science：30000种海洋微生物的功能和分类

最新一期Science，发表了对大于30000种海洋微生物的分类和功能相关的研究，值得好好看看。

海洋微生物菌群功能全球海洋微生物微生物分类 Mohammad K Parvez

SR：用Nanopore测16S全长，可鉴定出更多种

Nanopore，所谓四代测序，据说最后会做成U盘大小，应用于微生物检测恐怕要带来革命。

测序技术微生物分类纳米孔 Matteo Soverini Marco Candela