菌群功能

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菌群功能

文章数：10篇

宏基因组重叠群

西安交大：用于聚类宏基因组重叠群的新方法——MetaDecoder

这是西安交通大学杨铁林、郭燕与团队在Microbiome发表的研究成果。可基于 GPU运算的 MetaDecoder，用于有效地聚类宏基因组重叠群并从菌群数据中重建菌群。在模拟数据集和真实数据集上应用 MetaDecoder 表明，它可以生成更完整且污染更低的基因组。使用 MetaDecoder，作者确定了新的高质量基因组并扩展了现有的细菌基因组集。

宏基因组重叠群菌群功能聚类算法 k-mers Gaussian混合模型

微生物生态学

刘洋彧团队：破译人类菌群的功能冗余性

人类菌群在分类学组成上有着很大的个体差异，但在菌群的基因组成——或者说功能能力上，又是高度保守的。这种现象可以用一个生态学术语来描述，即“功能冗余性”（FR）。FR被认为是菌群的稳定性和韧性（抗扰动）的基础，但是这一假说仍缺乏量化数据的支持。人类菌群的FR从何而来？如何量化？对基于菌群的疗法有何重要意义？哈佛医学院的刘洋彧团队近期在Nature Communications发表的研究，为解答这些关于人类菌群FR的问题提供了重要的理论基础。他们通过构建人类微生物组的基因内容网络（GCN），首次对菌群样本的FR进行了量化计算，并揭示了有助于形成高FR的关键的演化和生态学因素。他们进一步使用该框架分析了粪菌移植的临床数据，表明FR可作为衡量菌群韧性的指标，为预测基于微生物组的疗法（如FMT、益生菌干预等）的效果，提供重要的指导和参考信息。

微生物生态学菌群功能功能冗余人类微生物组菌群疗法

药物-菌群互作

快速测定个体肠道菌群药物反应的新方法

很多口服药物都可以影响肠道菌群的组成和功能，《Microbiome》发表的一项研究介绍了一种称为RapidAIM的体外检测方法，可测定药物对人体肠道菌群的组成和功能的影响。

药物-菌群互作 gut microbiome Drug response In vitro culturing Metaproteomics

动物共生菌群

Nature子刊：蜜蜂肠道菌群，菌株水平见差异

蜜蜂肠道菌群的结构较为简单，在高分类水平上具有保守性，但是菌株水平的个体差异显著。本研究利用蜜蜂菌群，指出对于肠道菌群的研究需要从结构研究向功能研究发展，指出了在菌株水平进行研究的必要性，值得参考。

动物共生菌群蜜蜂蜜蜂肠道菌群宏基因组测序动物实验

菌群研究工具

研究菌群功能活性的新工具

现阶段的菌群研究主要建立在组学数据的分析上，在生理状态下研究特定菌群成员的生化功能，仍有挑战。Journal of the American Chemical Society近期发表一项研究，将活性分子探针与流式细胞技术结合，可鉴定具有特定酶活性的菌群成员。该研究还表明，菌群的代谢功能具有可塑性，在不同宿主个体和扰动情况下，即使菌群组成没有明显差异，发挥特定代谢功能的菌群成员却可能有很大差别。该技术有助于对菌群代谢功能进行深入研究，值得做相关研究的专业人士参考。

菌群研究工具分子探针荧光激活细胞分选技术菌群功能酶活性

Nature子刊：如何定义菌群的“功能”

Nature Microbiology上的一篇观点论文认为：微生物学研究者可以从哲学研究中获益良多，这些研究具体地定义了“功能”一词的各种含义。

菌群功能 Ruifu Yang Yujun Cui Boris V Schmid

炎症性肠病(IBD)

Nature子刊：转录组揭示IBD患者的菌群基因表达水平复杂性

这是Nature Microbiology发表的关于利用宏转录组分析工具揭示炎症性肠病（IBD）患者的肠道菌群基因表达水平差异的研究，充分说明了要结合宏基因组与转录组，才可能真正充分揭示菌群在疾病中的作用机制。只是了解了菌群的物种和基因组成，而不分析基因转录水平的差异，可能并不能充分揭示菌群的规律。很重要的宏转录组研究，特别推荐！

炎症性肠病(IBD) 宏基因组宏转录组菌群功能 Mathias Chamaillard

Nature子刊：多种方法助菌群因果性研究

这是Nature Microbiology针对之前发表在Nature的研究（http://www.xunludkp.com/papers/read/1084051336）的报道，老规矩，这样的文章看看图就会有收获。

共生菌菌群功能因果性研究 Yongguo Li Katharina Schnabl

TM：了解肠道菌群的功能更重要（必读观点文）

这是Trends in Microbiology[IF：11.020]发表的重要观点文献，提出宏转录组、宏蛋白质组、代谢组等功能组学在促进人类对肠道菌群认知上的重要作用，并介绍相关研究方法的细节，其中的观点、图标都很有指导意义，值得精读。

组学菌群功能 Alba Rodríguez-Nogales Francesca Algieri Julio Gálvez

海洋微生物

Science：30000种海洋微生物的功能和分类

最新一期Science，发表了对大于30000种海洋微生物的分类和功能相关的研究，值得好好看看。

海洋微生物菌群功能全球海洋微生物微生物分类 Mohammad K Parvez