菌群研究工具

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文章数：5篇

Nature：用新方法系统性挖掘IBD相关的菌群蛋白

菌群中具有生物活性的微生物产物，在微生物之间以及微生物-宿主间的相互作用中发挥关键介导作用，但目前人们对于这些菌群产物的了解仍然有限。Nature最新发表了来自哈佛大学公共卫生学院的一项研究，开发了一套用于鉴定微生物组中的新型生物活性基因产物的计算系统 MetaWIBELE，并用其分析了炎症性肠病（IBD）队列宏基因组数据，鉴定出大量未被表征的有潜在生物活性的IBD相关微生物蛋白家族，对研究菌群相关的IBD疾病机理和相关疗法具有重要意义。

菌群产物菌群研究工具炎症性肠病肠道菌群宏基因组学

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新方法助力研究肠道菌群对能量消耗的影响

Microbiome近期发表了来自Jeffrey Gordon团队的一个研究方法报告，可用于在限菌小鼠中，研究不同的人类肠道菌群对能量消耗的影响，值得专业人士关注。

菌群研究工具 body composition energy expenditure Gnotobiotic mouse husbandry Host phenotyping

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同济大学：MetaMed连接菌群功能与药物治疗学

了解人类微生物组如何影响人类健康对治疗疾病和减少临床研究中的不良副作用具有重要影响。同济大学刘琦、曲伸与团队在mSystems上介绍了MetaMed（http://metamed.rwebox.com/index），这是一种新颖且集成的全系统关联映射系统，可将细菌功能和药物疗法联系起来，为深入研究微生物疗法对人类健康的影响提供了新的假设。此外，作者研究发现了生活在环境中的微生物与药物之间的全面关系，为发现具有巨大医药应用潜力的微生物群代谢物提供了丰富的资源。

菌群研究工具 biosynthetic gene clusters medicine therapeutics Metabolism microbiota

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Science：用天然菌群释放实验小鼠的研究价值

共生菌群可影响宿主发育和生理功能，尤其是免疫系统。常规实验小鼠不具备“正常”的共生菌群，可能影响实验结果的可重复性甚至转化应用价值。Science发表的一项最新研究，报道了一种使实验小鼠拥有“天然”菌群的方法，由此产生的“野化鼠”在一定程度上具有与野生小鼠类似的免疫表型。在两项临床前实验中，常规实验小鼠未能预测人类患者对药物治疗的免疫反应，而野化鼠的反应与患者一致。因此，与常规模型小鼠相比，有明确基因型+天然菌群的野化鼠，恐怕更适合用于研究宿主-菌群互作，有助于提高临床前研究的转化应用价值。

菌群研究工具 C57BL/6小鼠共生菌群菌群-免疫互作模式动物

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研究菌群功能活性的新工具

现阶段的菌群研究主要建立在组学数据的分析上，在生理状态下研究特定菌群成员的生化功能，仍有挑战。Journal of the American Chemical Society近期发表一项研究，将活性分子探针与流式细胞技术结合，可鉴定具有特定酶活性的菌群成员。该研究还表明，菌群的代谢功能具有可塑性，在不同宿主个体和扰动情况下，即使菌群组成没有明显差异，发挥特定代谢功能的菌群成员却可能有很大差别。该技术有助于对菌群代谢功能进行深入研究，值得做相关研究的专业人士参考。

菌群研究工具分子探针荧光激活细胞分选技术菌群功能酶活性