Yujun Cui

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Yujun Cui

文章数：10篇

副溶血弧菌

扈庆华+崔玉军+杨瑞馥Nature子刊：数据驱动的食源性病原菌防控网

食源性疾病对公众健康和福祉具有重大和持久的威胁，然而，传统的食源性疾病暴发监测在面临疫情时却处于被动状态，因为其主要通过聚集性病例的通报触发，难以发现小规模、长时间或跨区域的暴发。深圳市疾控中心扈庆华携手北京微生物流行病研究所杨瑞馥和崔玉军团队与合作者在Nature Microbiology发表文章，通过整合深圳市17年来副溶血弧菌的基因组和流行病学大数据，建立了一张以“数据驱动”的监控网，以挖掘隐性疫情、可能的持久性隐藏储库、传播网络及其枢纽和源头，颠覆了散发患者和独立的点源暴发是食源性感染主要来源的传统认知，该研究不仅为副溶血弧菌的防控提供了有效模型，也为其它食源性病原监测网络的编织提供了新视角。

副溶血弧菌基因组流行病学

翟齐啸+崔玉军：特定基因型的益生菌或能促进宿主长寿

肠道细菌不同菌株在遗传和分子方面的差异，可能对宿主健康造成不同的影响。江南大学翟齐啸、军事医学科学院微生物流行病研究所崔玉军与研究团队在Microbiome发表最新研究成果，通过对4个大陆、17个国家的400多个长双歧杆菌菌株进行群体基因组学分析，结合小鼠模型的体内实验，探究了这种普遍存在于人类肠道中的益生菌的演化、传播和与宿主表型（如衰老）的关联，表明有特定遗传特征的益生菌株或能用于促进宿主长寿。该研究也为肠道细菌与宿主的共演化及其传播提供了新见解，也提示益生菌和活体生物药的“本地化”施用或有助于增强其有益作用。

益生菌长双歧杆菌肠道细菌演化细菌传播抗衰老

杨瑞馥等：鼠疫菌基因突变的进化延伸表型

两个月前，北京出现由鼠疫耶尔森菌感染导致的鼠疫个案。这种病菌可通过跳蚤叮咬来传播，除了早期传播模式（跳蚤吸食含鼠疫菌的血液后，在短期内将病菌传播给新的宿主），鼠疫菌还能在跳蚤前肠形成生物膜，使得跳蚤陷入饥饿状态，从而刺激跳蚤的吸血行为来增强病菌传播。北京微生物流行病研究所杨瑞馥团队、新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心Yujiang Zhang团队与挪威奥斯陆大学研究者合作的最新研究发现，环境因素（低温和干旱）会导致鼠疫菌rpoZ基因突变，该突变能增强鼠疫菌的生物膜形成能力，从而可能通过改变其跳蚤宿主的延伸表型（extended phenotype），即增强跳蚤的吸血表型，导致鼠疫菌的传播加快。这是首次证实病原菌突变的进化延伸表型（这是”自私的基因“作者Richard Dawkins提出的平行于达尔文生物体本身进化论的一个进化理论），也是病原菌生态进化（ECO-EVO）研究的一个范例。相关成果近期发表在Nature Communications，值得专业人士关注。

Yongkang Zhen Yifan Wang Mengzhi Wang

Lactobacillus plantarum P-8

张和平等：植物乳杆菌P-8在宿主体内的基因组变异

来自内蒙古农业大学的张和平团队的最新研究，分析了益生菌菌株——植物乳杆菌P-8在宿主体内的基因组存留及基因组稳定性情况。在肠道环境下，植物乳杆菌P-8丢失了一些质粒，并可能获得了一些其它物种的遗传信息。

Lactobacillus plantarum P-8 植物乳杆菌P-8 研究论文临床对照实验肠道菌群【有显著改善】

植物乳杆菌P-8

张和平等：植物乳杆菌P-8在宿主体内的基因组变异

来自内蒙古农业大学的张和平团队的最新研究，分析了益生菌菌株——植物乳杆菌P-8在宿主体内的基因组存留及基因组稳定性情况。在肠道环境下，植物乳杆菌P-8丢失了一些质粒，并可能获得了一些其它物种的遗传信息。

植物乳杆菌P-8

功能基因组学

对213株乳杆菌及其相关菌属进行比较基因组学研究扩展乳酸杆菌的生物应用潜力

① 乳酸菌的代谢多样性、种属不明确、与其他重要的乳酸菌之间关系的不确定性，使得开发利用乳酸菌变得复杂，且乳酸菌催化的生物转化能力尚未开发；② 发布213株乳杆菌及其相关菌属的基因组序列，发现73个核心基因，描述修饰碳水化合物和蛋白质的编码基因目录；③ 乳酸杆菌有广泛且多样性的新CRISPR-Cas免疫系统，可用于基因编辑；④ 揭示乳酸杆菌在自然和工业环境的宿主相互作用因子和细菌素的系统基因组学分布，及工艺过程中承受压力的机制。

功能基因组学乳杆菌

全基因组分析

副溶血弧菌：一种自由生活的海洋病原体的流行性克隆、海洋基因库和生态连锁失衡研究

① 副溶血性弧菌（VP）是一种自由生活的和海产品相关的海洋细菌，每年会引起世界各地成千上万的人感染；② 本研究把有性繁殖种群的分析理念和方法应用于副溶血弧菌，根据全基因组变异重建其精细种群结构，发现该物种的独特海域性基因库；③ 通过建模计算，提出“生态连锁失衡”是其主要进化推动力，并鉴定出具有与生物膜形成和六型分泌系统相关的上位相互作用区；④ 该研究为高频重组细菌进化分析提供了全新范例。

全基因组分析副溶血弧菌海洋微生物菌种进化生物膜

PNAS-2013：杨瑞馥等破解鼠疫菌进化规律

① 鼠疫耶尔森氏菌是鼠疫病原体，本文对133株鼠疫菌全球分离株进行了测序和分析，并基于SNP变异重建了鼠疫菌种系关系；② 结果表明该菌进化以中性过程为主，但种系间突变率存在很大差异，各进化分支上变异累积速度显著不同；③ 进而提出中性条件下病原菌进化速度会受到种群大小波动影响，造成静息期与流行暴发期之间的突变率发生变化；④ 本研究将有助于进一步探索鼠疫耶尔森氏菌的进化机制、致病性及其传播的历史模式。

Paul W O'Toole Paul W O'Toole

中国青海省一起狗引发的原发性肺鼠疫暴发

① 2009年7月，中国青海省爆发了原发性肺鼠疫情（PPP）；② 应用临床医学，流行病学，细菌学和免疫学的方法，分析得出此次PPP是由鼠疫耶尔森菌引起的；③ 从患者和狗体内分离出7株鼠疫杆菌，使用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）方法进行溯源，结果表明疫情源自一条家养狗，这只狗可能是被患病的土拨鼠所感染的；④ 该研究提示狗与原发性肺鼠疫存在相关性，这对于鼠疫的监测和控制工作具有重要意义。

Shan-Shan Zhou Jun Xu Hong Shen Song-Lin Li

全基因组序列分析鉴定鼠疫耶尔森菌的全球系统发生多样性模式

① 17个全球来源的鼠疫耶尔森氏菌分离株的完整基因组分析显示进化模式几乎相同；② 筛选出286 株鼠疫杆菌的933个SNPs进行系统发育分析，推断鼠疫历史传播途径；③ 进化分析推断鼠疫杆菌的系统发育起源于中国或其附近地区，通过多种辐射传播到欧洲、南美、非洲和东南亚，并形成国家特异性的种系；④ 来自美国和马达加斯加的626和82个分离种分别反映出一种传播途径和第二次传播迹象；⑤ 鼠疫杆菌的局部微进化是以顺序性、地理上特定的SNP为特征。

Zhihong Sun Hugh M B Harris Angela McCann Chenyi Guo Silvia Argimón