Ruifu Yang

自动酿酒综合征（ABS）患者在摄入无酒精的高碳水化合物饮食后出现醉酒表现。首都儿科研究所的袁静团队、微生物流行病研究所的杨瑞馥团队、朝阳医院的王晶团队在EBioMedicine上发表的一项病例-对照研究，发现ABS患者的肠道菌群失调，其中克雷伯菌属的丰度与血液中的乙醇浓度密切相关。从ABS患者中分离出的3种克雷伯菌可诱导小鼠的ABS，提示克雷伯菌可能是导致ABS的病因。在一名ABS患者中，抗生素+益生菌+低碳水化合物饮食可缓解ABS。

自动酿酒综合征病例-对照研究研究论文克雷伯菌属

结直肠癌

毕玉晶+杨瑞馥：微小微单胞菌促进结直肠癌发展的机制

肠道菌群与结直肠癌（CRC）发生发展密切相关。微小微单胞菌（Parvimonas micra，Pm）是一种口腔条件致病菌，常见于牙周炎等口腔疾病。近年来基于生物信息学的分析显示，CRC患者粪便中Pm丰度显著高于健康人群，但Pm与CRC的关系尚未得到实验证实。军事科学院北京微生物流行病研究所毕玉晶、杨瑞馥团队近日在Journal of Experimental and Clinical Cancer Research发表研究文章，通过体内外实验证实了Pm对CRC发生发展的促进作用，并揭示了Pm上调miR-218-5p激活Ras/ERK/c-Fos途径的分子机制。

结直肠癌研究论文微小微单胞菌促癌细菌 miR-218-5p

副溶血弧菌

扈庆华+崔玉军+杨瑞馥Nature子刊：数据驱动的食源性病原菌防控网

食源性疾病对公众健康和福祉具有重大和持久的威胁，然而，传统的食源性疾病暴发监测在面临疫情时却处于被动状态，因为其主要通过聚集性病例的通报触发，难以发现小规模、长时间或跨区域的暴发。深圳市疾控中心扈庆华携手北京微生物流行病研究所杨瑞馥和崔玉军团队与合作者在Nature Microbiology发表文章，通过整合深圳市17年来副溶血弧菌的基因组和流行病学大数据，建立了一张以“数据驱动”的监控网，以挖掘隐性疫情、可能的持久性隐藏储库、传播网络及其枢纽和源头，颠覆了散发患者和独立的点源暴发是食源性感染主要来源的传统认知，该研究不仅为副溶血弧菌的防控提供了有效模型，也为其它食源性病原监测网络的编织提供了新视角。

副溶血弧菌基因组流行病学

心血管

杨瑞馥+徐振江+毕玉晶：肠道微生物组和代谢组变化，或参与高原心脏病发生

这是发表在Science China Life Sciences的一项工作，由军事医学科学院的杨瑞馥和毕玉晶、南昌大学的徐振江及其团队共同完成。他们通过构建低压性缺氧大鼠模型，对心肌肥厚小鼠的微生物组和代谢组进行研究。结果发现病理性心肌肥厚伴随着拟杆菌属和别样杆菌属的丰度增加，和血浆中丙酸盐的减少。通过粪菌移植可以恢复微生物组结构以及代谢特征，并改善心肌肥厚病症。该工作揭示了肠道菌群及代谢组参与高原心脏病的发生发展机制。

心血管 bile acids cardiac hypertrophy Gut microbiota high altitude

益生菌

翟齐啸+崔玉军：特定基因型的益生菌或能促进宿主长寿

肠道细菌不同菌株在遗传和分子方面的差异，可能对宿主健康造成不同的影响。江南大学翟齐啸、军事医学科学院微生物流行病研究所崔玉军与研究团队在Microbiome发表最新研究成果，通过对4个大陆、17个国家的400多个长双歧杆菌菌株进行群体基因组学分析，结合小鼠模型的体内实验，探究了这种普遍存在于人类肠道中的益生菌的演化、传播和与宿主表型（如衰老）的关联，表明有特定遗传特征的益生菌株或能用于促进宿主长寿。该研究也为肠道细菌与宿主的共演化及其传播提供了新见解，也提示益生菌和活体生物药的“本地化”施用或有助于增强其有益作用。

益生菌长双歧杆菌肠道细菌演化细菌传播抗衰老

乙肝相关慢加急性肝衰竭

高志良、杨瑞馥等：肠道菌群或可作为乙肝相关慢加急性肝衰竭的预后标志物

中山大学附属第三医院的高志良团队、军事医学科学院微生物流行病研究所的杨瑞馥团队与合作者在Gut Microbes上发表的一项最新研究，对比分析了乙肝病毒相关慢加急性肝衰竭（HBV-ACLF）患者、慢性乙肝（CHB）患者、乙肝病毒相关性肝硬化（HBV-LC）及健康对照的肠道菌群差异，发现HBV-ACLF患者中的球菌/杆菌比升高，肠球菌属等与HBV-ACLF的进展相关，而粪杆菌属等与病情缓解相关。

乙肝相关慢加急性肝衰竭研究论文基础研究预后标志物

肠道微生物组

王军、马永慧等：关于肠道菌群研究的7大事实和5大倡议（评论）

中科院微生物所王军、厦门大学马永慧与团队的评论文章，近期在《Protein & Cell》发表，基于2019年12月由热心肠智库上百位专家联署发起的《关于肠道菌群研究的7大事实和5大倡议》（https://www.mr-gut.cn/articles/ss/01de2426bf354effa63c64a5c53d3abd?kf=zhiku），展现了肠道微生物组研究的现状，并发出5条倡议，呼吁学界和产业界共同努力促进肠道微生物组研究和产业转化的健康发展。

肠道微生物组利益冲突 Guo-Tian Ruan Hai-Lun Xie Kai-Tao Yuan

动物菌群

国内团队：一文读懂狗肠道菌群（综述）

动物菌群 Gut microbiota Dog Diets metagenomics

杨瑞馥等：鼠疫菌基因突变的进化延伸表型

两个月前，北京出现由鼠疫耶尔森菌感染导致的鼠疫个案。这种病菌可通过跳蚤叮咬来传播，除了早期传播模式（跳蚤吸食含鼠疫菌的血液后，在短期内将病菌传播给新的宿主），鼠疫菌还能在跳蚤前肠形成生物膜，使得跳蚤陷入饥饿状态，从而刺激跳蚤的吸血行为来增强病菌传播。北京微生物流行病研究所杨瑞馥团队、新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心Yujiang Zhang团队与挪威奥斯陆大学研究者合作的最新研究发现，环境因素（低温和干旱）会导致鼠疫菌rpoZ基因突变，该突变能增强鼠疫菌的生物膜形成能力，从而可能通过改变其跳蚤宿主的延伸表型（extended phenotype），即增强跳蚤的吸血表型，导致鼠疫菌的传播加快。这是首次证实病原菌突变的进化延伸表型（这是”自私的基因“作者Richard Dawkins提出的平行于达尔文生物体本身进化论的一个进化理论），也是病原菌生态进化（ECO-EVO）研究的一个范例。相关成果近期发表在Nature Communications，值得专业人士关注。

Yongkang Zhen Yifan Wang Mengzhi Wang

航天

中国航天员中心：航天飞行对肠道菌群的影响

来自中国航天员科研训练中心的Yingxian Li与Shukuan Ling团队在Gut Microbes上发表的一项最新研究，对执行2次航天飞行任务（分别为15天及35天）的5名航天员在执行飞行任务前后的肠道菌群进行对比分析，鉴定出了航天飞行对肠道菌群多样性、组成、功能、耐药基因、毒力基因的影响，提示在未来的航天飞行中应该考虑航天员的肠道菌群变化。

航天 Gut microbiota resistance genes spaceflight species composition

非酒精性脂肪性肝病

袁静+刘翟+杨瑞馥：高产酒精的肠道菌可引起脂肪肝

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的病因比较多样化，近年研究表明这种疾病与肠道菌群的改变有密切关联。首都儿科研究所袁静、中科院武汉病毒研究所刘翟、北京微生物流行病研究所杨瑞馥与团队在Cell Metabolism发表的最新研究发现，有相当比例的脂肪肝患者肠道中存在能产生大量酒精的肺炎克雷伯菌，这些细菌产生的内源性酒精是非酒精性脂肪肝的一个重要诱因。这些发现不仅解释了为什么NAFLD与酒精性脂肪肝之间存在很多相同的病理特征，还为临床上诊断和治疗由这类细菌引起的脂肪肝提供了可行方法。

非酒精性脂肪性肝病 Fecal microbiota transplantation high-fat diet mice model metagenomics

菌群移植

军事医学科学院毕玉晶：豚鼠肠道菌群能否改变小鼠的肺鼠疫敏感性？

鼠疫耶尔森菌201菌株可在小鼠中致病，但对豚鼠几乎无毒性，给小鼠定殖豚鼠的肠道菌群，能否减轻该菌对小鼠的感染性？PeerJ近期发表来自军事医学科学院团队的研究，通过菌群移植实验，对这一问题进行了解答。

菌群移植 Transplantation Gut microbiota Guinea pig MICE

Lactobacillus plantarum P-8

张和平等：植物乳杆菌P-8在宿主体内的基因组变异

Lactobacillus plantarum P-8 植物乳杆菌P-8 研究论文临床对照实验肠道菌群【有显著改善】

植物乳杆菌P-8

张和平等：植物乳杆菌P-8在宿主体内的基因组变异

植物乳杆菌P-8

保加利亚乳酸杆菌

张和平+杨瑞馥团队：破解保加利亚乳杆菌的基因秘密

① 保加利亚乳酸杆菌是发酵乳制品中常用菌株； ② 基于8个保守基因分析蒙古、俄罗斯及中国西部的天然发酵制品中的298株菌株； ③ 251个确认的菌株拥有106个独特的序列类型，可被分为5个地理分布不平均的clonal complex； ④ 种群结构分析显示6个linegae。

保加利亚乳酸杆菌基因多样性种群结构 Nicole Dubilier Nicole Dubilier

Human microbiota

杨瑞馥等：精准医学，别忽视菌群这个“器官”！（综述）

杨瑞馥老师的综述，下次有空可以请杨老师给群友们讲讲基于菌群的精准医学，大家感觉如何？

Human microbiota health Precision Medicine Meiling Zhang Menghui Zhang

功能基因组学

对213株乳杆菌及其相关菌属进行比较基因组学研究扩展乳酸杆菌的生物应用潜力

① 乳酸菌的代谢多样性、种属不明确、与其他重要的乳酸菌之间关系的不确定性，使得开发利用乳酸菌变得复杂，且乳酸菌催化的生物转化能力尚未开发；② 发布213株乳杆菌及其相关菌属的基因组序列，发现73个核心基因，描述修饰碳水化合物和蛋白质的编码基因目录；③ 乳酸杆菌有广泛且多样性的新CRISPR-Cas免疫系统，可用于基因编辑；④ 揭示乳酸杆菌在自然和工业环境的宿主相互作用因子和细菌素的系统基因组学分布，及工艺过程中承受压力的机制。

功能基因组学乳杆菌

全基因组分析

副溶血弧菌：一种自由生活的海洋病原体的流行性克隆、海洋基因库和生态连锁失衡研究

① 副溶血性弧菌（VP）是一种自由生活的和海产品相关的海洋细菌，每年会引起世界各地成千上万的人感染；② 本研究把有性繁殖种群的分析理念和方法应用于副溶血弧菌，根据全基因组变异重建其精细种群结构，发现该物种的独特海域性基因库；③ 通过建模计算，提出“生态连锁失衡”是其主要进化推动力，并鉴定出具有与生物膜形成和六型分泌系统相关的上位相互作用区；④ 该研究为高频重组细菌进化分析提供了全新范例。

全基因组分析副溶血弧菌海洋微生物菌种进化生物膜

PNAS-2013：杨瑞馥等破解鼠疫菌进化规律

① 鼠疫耶尔森氏菌是鼠疫病原体，本文对133株鼠疫菌全球分离株进行了测序和分析，并基于SNP变异重建了鼠疫菌种系关系；② 结果表明该菌进化以中性过程为主，但种系间突变率存在很大差异，各进化分支上变异累积速度显著不同；③ 进而提出中性条件下病原菌进化速度会受到种群大小波动影响，造成静息期与流行暴发期之间的突变率发生变化；④ 本研究将有助于进一步探索鼠疫耶尔森氏菌的进化机制、致病性及其传播的历史模式。

Paul W O'Toole Paul W O'Toole

二型糖尿病

Nature：二型糖尿病人的肠道菌群长啥样？（2012）

这是MetaHIT的核心成果之一，也是覃俊杰博士在2010年Nature第一作者论文之后的又一重量级研究成果，这开启了用MGWAS分析慢性疾病中肠道菌群的先河，随后大量慢病相关研究出现，包括2013年关于肥胖、2014年关于肝硬化的Nature article。

二型糖尿病宏基因组相关研究的方法宏基因组基因关联群组宏基因组测序 Thomas Blank

杨瑞馥老师研究论文集

NEJM2011：杨瑞馥等，3天破解致病菌全基因组

2011年，杨瑞馥、覃俊杰等老师的经典之作。

杨瑞馥老师研究论文集 Jia Xu Fengmei Lian Liping Zhao Xiaolin Tong

新一代测序技术

高通量测序技术及其在微生物学研究中的应用

①综述阐述了Illumina公司HiSeq 2000, ABI公司SOLID和Roche公司454为代表的高通量测序技术；②着重讨论了新一代测序技术在微生物领域中的应用，包括细菌分类学，比较基因组学和演化基因组学，转录组学，宏基因组学，单细胞测序等。

新一代测序技术高通量微生物学基因组学 Janet H Iwasa

中国青海省一起狗引发的原发性肺鼠疫暴发

① 2009年7月，中国青海省爆发了原发性肺鼠疫情（PPP）；② 应用临床医学，流行病学，细菌学和免疫学的方法，分析得出此次PPP是由鼠疫耶尔森菌引起的；③ 从患者和狗体内分离出7株鼠疫杆菌，使用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）方法进行溯源，结果表明疫情源自一条家养狗，这只狗可能是被患病的土拨鼠所感染的；④ 该研究提示狗与原发性肺鼠疫存在相关性，这对于鼠疫的监测和控制工作具有重要意义。

Shan-Shan Zhou Jun Xu Hong Shen Song-Lin Li

全基因组序列分析鉴定鼠疫耶尔森菌的全球系统发生多样性模式

① 17个全球来源的鼠疫耶尔森氏菌分离株的完整基因组分析显示进化模式几乎相同；② 筛选出286 株鼠疫杆菌的933个SNPs进行系统发育分析，推断鼠疫历史传播途径；③ 进化分析推断鼠疫杆菌的系统发育起源于中国或其附近地区，通过多种辐射传播到欧洲、南美、非洲和东南亚，并形成国家特异性的种系；④ 来自美国和马达加斯加的626和82个分离种分别反映出一种传播途径和第二次传播迹象；⑤ 鼠疫杆菌的局部微进化是以顺序性、地理上特定的SNP为特征。

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