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文章数：3篇

菌群分析方法

构建特定生境的训练集进行16S种水平分类

16S rRNA基因测序的低成本促进了人群规模的分子流行病学研究。现有的计算算法可以将16S rRNA基因序列解析为高分辨率扩增子序列变体（ASVs），这些变体代表了在研究中可比拟的一致标记。将这些ASV分配给种水平的物种分类可增强基于16S rRNA基因的微生物群研究的生态和/或临床相关性，并进一步促进跨研究的数据比较。《Microbiome》上发表的一项研究中，作者提出了一种系统的方法，用于构建基于系统发育的，高分辨率的，特定生境的训练集，该训练集允许将物种/超物种水平的物种分类分配给短读长和长读长的16S rRNA基因衍生的ASVs，这一进步实现了这一目标。

菌群分析方法 Training set Naïve Bayesian RDP Classifier Species-level taxonomy 16S rRNA gene

计量蛋白组学

FM：人体不同部位的菌群蛋白中的元素差别巨大

这项研究的研究对象很有特色——菌群所表达的蛋白中的化学元素，IF不高，不过立意有趣，很值得认真看一看。

计量蛋白组学 human microbiome project (HMP) stoichioproteomics Gut oral

Microbiome：宿主的遗传变异对上呼吸道菌群有何影响？

宿主的基因和突变对特定部位的菌群有影响，这已经成为菌群研究领域的热点，这篇文章关注于宿主基因对呼吸道菌群的影响，值得一看。

GWAS Gene-environment Host-microbe interactions Microbiome Nasal