物种互作

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物种互作

文章数：4篇

白色念珠菌

抗白色念珠菌的细菌物种的鉴定（综述）

白色念珠菌（Ca）是一种机会性真菌病原体，其过度生长可以在免疫功能低下的患者中引发严重感染。同时，Ca也是一种共生酵母菌，其在高达95%的健康人群的胃肠道中定殖。它属于健康的口腔、阴道和肠道人类微生物群，与数千种细菌物种共享一个生态位。因此，可以使用特定的细菌来在感染出现之前来抑制Ca的生长。然而，很少有研究旨在鉴定具有潜在抗Ca的新细菌物种或细菌特征。发表在Trends in Microbiology上的一项综述文章回顾了微生物群中的细菌如何与Ca相互作用，展示了最近基于宏基因组学和/或代谢组学，已经鉴定出调控Ca生长的细菌物种和代谢产物，并讨论了如何结合先进的组学技术和实验方法，提供控制微生物群中Ca过度生长和预防其后果的新方法。

白色念珠菌物种互作病原菌感染 Candida albicans microbial signatures

瘤胃病毒组

Nature子刊：瘤胃病毒组有何特征？

不同的瘤胃病毒组可以调节瘤胃微生物组，但它在很大程度上仍未被探索。近日，美国俄亥俄州立大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，基于975个已发表的瘤胃宏基因组病毒序列，创建了全球瘤胃病毒组数据库，该数据库有助于解析瘤胃病毒组多样性、病毒与宿主互作关系以及影响瘤胃功能的潜在作用，值得关注。

瘤胃病毒组暗物质研究论文基础研究物种多样性

单核苷酸变异

朱立新/刘占举/朱瑞新/焦娜等：肠菌单核苷酸变异助力大肠癌早期无创筛查

结直肠癌是全球第三大恶性肿瘤，影像学检查、内镜检查、粪便隐血检测以及液体活检等是常见的筛查策略。然而，目前这些方法仍存在假阳性高、敏感性低等问题，亟需开发准确度和敏感性更高的早筛标志物。近日，中山大学朱立新、同济大学附属第十人民医院刘占举和朱瑞新、浙江大学焦娜及团队在Gut Microbes发表最新研究，整合了多队列全宏基因组测序数据，并系统评估了多模态微生物标志物对于结直肠腺瘤的诊断效能，最终揭示了微生物单核苷酸变异作为疾病诊断标志物的潜力巨大，值得关注。

单核苷酸变异早期诊断研究论文基础研究肠道菌群

Nature子刊：自动化+机器学习，助力大规模微生物培养

虽然测序技术的快速发展极大促进了研究人员挖掘微生物“暗物质”，但在微生物实验和机理研究方面培养组学仍然发挥着关键作用，传统的培养组学方法存在劳动密集型、规模化小、缺乏表型-基因型的整合等问题。近日，美国哥伦比亚大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，开发了一种自动化微生物组成像和分离的培养学（CAMII）平台，利用菌落形态学和基因组数据，可最大限度提高分离的微生物多样性，并能有针对性地挑选特定的菌属。总之，该研究为深入挖掘复杂生态样品中微生物“暗物质”提供了新的指导和见解，值得关注。

机器学习高通量培养组学研究论文基础研究自动化