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Nature子刊：分析人类肠道噬菌体的新工具Phanta

由于技术限制，大多数肠道微生物组的研究都集中在原核生物上，而忽略了病毒。近日，美国斯坦福大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，使用定制的基于k-mer分类工具并结合最近发布的肠道病毒基因组目录，开发了用于分析人类肠道噬菌体的新工具Phanta，在模拟和真实数据中性能表现良好，值得测试和关注。

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基于宏基因组测序数据中噬菌体鉴定工具的基准测试

随着高通量测序技术的快速发展，在宏基因组数据集中预测噬菌体序列已经成为一个相当热门的话题，促进了多种新型生物信息学工具的发展。近日，英国伯明翰大学研究人员在Microbiome发表最新研究，使用人工重叠群、模拟和真实数据对十种宏基因组病毒识别工具进行基准测试，发现在人工重叠群和模拟数据中各工具的F1得分差异较大。除Seeker之外，所有工具都能够产生与原始病毒种群具有相似指数的多样性谱，因此适用于噬菌体生态学研究。此外，作者建议当识别新的噬菌体时，Kraken2应该与VirSorter2和DeepVirFinder等工具结合使用，值得关注。

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空间转录组

国内团队：空间宏转录组测序技术SMT

近年来，空间转录组技术发展迅速，可解析实体组织基因表达的空间异质性，确定其细胞组成及功能特点。然而标准的ST技术在评估宿主细胞与驻留微生物的互作研究方面仍存在精度及通量方面的局限性。近日，上海市免疫学研究所陈磊及团队在Genome Research发表最新研究，开发了空间宏转录组测序及一体化的生物信息分析技术SMT, 通过结合空间转录组数据和微生物丰度数据，可在空间层面揭示宿主细胞和微生物的大致分布与互作状态。总之，该研究为微生态研究提供了有力的工具，值得关注。

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