Patrick K H Lee

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文章数：7篇

国内团队：宏蛋白质组数据分析利器—metaSpectraST

目前，研究人员大多采用宏基因组学的方法对菌群进行研究，但其只能提供菌群的物种信息和由基因序列推测的潜在生物学功能，并不能准确地反映出菌群的实时功能变化。而宏蛋白质组学可通过分析鉴定菌群内所有微生物产生的蛋白来获取菌群的物种和生物学功能信息。近日，香港科技大学Henry Lam和香港城市大学Patrick K. H. Lee与团队在Microbiome发表最新研究，开发了一种基于无监督聚类的非数据库依赖型宏蛋白质组学质谱数据分析方法metaSpectraST（https://github.com/bravokid47/metaSpectraST），实测性能较好，值得关注。

宏蛋白组 metaSpectraST 研究论文基础研究无监督聚类

Cell：绘制城市微生物组和抗生素耐药性的宏基因组图谱

Cell近期发表的文章，通过对三年内收集的来自60个城市公共交通系统的4728个样本进行分析，构建出一个高分辨率的宏基因组图谱，有助于鉴定微生物和抗生素耐药性基因，具有潜在的公共卫生和法医应用。分析发现不同城市的抗生素耐药基因、微生物分类特征具有较大差异，且与气候和地理状况有关。

环境菌群城市微生物组抗生素耐药性

环境污染物

城市污染或改变皮肤微生物群！

多环芳烃（PAHs）是环境和公共卫生关注的问题，能导致皮肤过早老化和色素紊乱等不良皮肤属性。Microbiome近期发表的文章，揭示出长期暴露于PAHs污染导致人体的皮肤的细菌-真菌微生物网络结构发生变化，且这种变化与人体的皮肤状况具有相关性。研究或有助于开发利用微生物群保护皮肤免受污染的策略。

环境污染物 polycyclic aromatic hydrocarbons sequencing Skin microbiota Urban pollution

研究室内菌群，用基于RNA的分析方法更靠谱

来自Microbiome的最新研究，发现在分析建筑环境中的菌群时，基于RNA的转录产物分析方法，相比于DNA序列分析方法，更能反映出具有代谢活性的室内菌群。

方法学室内菌群 Air DNA Extraction kit

香港城市大学：家庭对城市居民皮肤菌群的潜在影响

香港城市大学团队研究分析了香港城市居民的皮肤菌群，在一年内的动态变化情况，发现家庭人数与菌群特征间可能存在关联，该研究近期发表在Microbiome[IF：8.496]，值得关注。

皮肤菌群家庭

built environment

Microbiome：所谓“皮肤菌群指纹”，恐怕不太靠谱

在前面的研究中，有科学家认为利用皮肤菌群可以鉴定出个人鉴别特征，但这个研究显然证明用皮肤菌群作为“指纹”比起真正的指纹来说，不算靠谱。

built environment Forensics microbiota Skin microbiota Eran Blacher

Microbiome：香港人的皮肤上有什么菌？

香港是个国际大都市，现代生活方式和环境因素，会对香港人的皮肤微生物群落产生什么影响？这篇文章值得认真看看。

皮肤菌群中国城市人群真菌 Cristina Vilanova Cristina Vilanova