Nicole M Davis

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Nicole M Davis

文章数：4篇

生物信息学工具

R软件包 decontam 可用于去除污染序列

基于污染序列特征，在结果分析时去除污染序列的生物信息学工具 decontam 应该不仅仅会提高分析结果的准确性，或许还能发现那些实验本身存在问题的数据集。

生物信息学工具 16S rRNA gene DNA contamination Marker-gene metagenomics

Nature子刊：高纤维饮食或能治疗艰难梭菌感染

粪菌移植治疗艰难梭菌感染（CDI）取得的成功，打开了菌群干预疗法的大门。Nature Microbiology刚刚上线来自斯坦福大学医学院的最新研究，探索了用饮食干预方法治疗CDI的可能性。食用富含菌群可利用的碳水化合物（MAC，主要是膳食植物多糖）或菊粉的饲料，可在12天内清除小鼠肠道内的艰难梭菌，该过程与菌群组成改变和短链脂肪酸富集有关。用饮食干预改善肠道菌群和肠道生理，或许在未来的疾病治疗中将大放光彩。

Nature子刊：高纤维饮食或能治疗艰难梭菌感染

粪菌移植治疗艰难梭菌感染（CDI）取得的成功，打开了菌群干预疗法的大门。Nature Microbiology刚刚上线来自斯坦福大学医学院的最新研究，探索了用饮食干预方法治疗CDI的可能性。食用富含菌群可利用的碳水化合物（MAC，主要是膳食植物多糖）或菊粉的饲料，可在12天内清除小鼠肠道内的艰难梭菌，该过程与菌群组成改变和短链脂肪酸富集有关。用饮食干预改善肠道菌群和肠道生理，或许在未来的疾病治疗中将大放光彩。

饮食干预艰难梭菌感染高膳食纤维短链脂肪酸 BACTERIAL PATHOGENESIS

Nature子刊：唾液影响口腔细菌的空间分布

菌群领域研究火热，但对菌群在组织器官中的空间分布还所知甚少。Nature Communications[IF：12.124]本月上线了斯坦福大学医学院大牛David Relman主导的研究，对口腔菌群的空间分布模式进行了分析，发现存在一种从前到后（门牙到臼齿）的梯度变化规律，唾液可对这种模式的形成有重要影响。这些发现，或为研究身体其他部位菌群的空间分布及其对健康的作用提供参考。

口腔菌群空间分布唾液