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参考基因集
文章数:2篇
数据库
eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库重大更新
eggNOG是一个公共数据库,包含了直接同源关系、基因进化史和功能注释。本次仅从4.5更新到5.0版,数据量就增加了一倍,共计算了分布在379个分类水平上的4.4百万个直系同源群(OGs),以及它们的相关序列比对、系统发育、HMM模型和功能描述,同时改进了在线使用的易用性。
数据库
功能基因注释
eggNOG
宏基因组
参考基因集
参考基因集
史上最多双胞胎菌群测序:250人,鉴1140万基因+800万SNP
华大基因参与的一项研究,对250名成年英国双胞胎进行粪便菌群宏基因组测序,建立起包含1140万个基因的肠道菌群参考基因目录(比2014年同样由华大参与并发表在Nature Biotechnology的988万又多了一百多万个),同时还鉴定出肠道菌群中的8百万个SNP,并明确肠道菌群的可遗传性和环境因素的影响。这又是一篇宏基因组测序的重要文章,特别推荐!值得一提的是,该文主要作者都在我们的Hi Microbes系列群里,这篇文章也是今年群友发出的最重要文献之一。
参考基因集
宏基因组测序
SNP
遗传因素
环境因素