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优先效应
文章数:6篇
微生物相互作用
刘洋彧等:生态动力学对微生物溯源的挑战
量化可能的环境来源(“源”)对特定菌群(“汇”)的贡献是微生物学中的一个经典问题,称为微生物溯源(MST)。解决MST问题不仅可以帮助我们了解菌群是如何形成的,而且在污染控制、公共卫生和法医学方面具有深远的应用。哈佛大学刘洋彧团队在iMeta发表研究,表明生态动力学对基于群落结构的微生物溯源构成了根本性挑战。在实际应用中,应该审慎地解释现有微生物溯源求解器的结果。
微生物相互作用
微生物溯源 (MST)
优先效应
婴儿肠道菌群
双歧杆菌在人乳寡糖中群落组装的优先效应
这是发表在ISME上的一份工作,作者通过基因组预测和体外培养试验,揭示了婴儿型双歧杆菌在以人乳寡糖(HMO)为底物的条件下的群落组装特征。其中,优先效应在群落组装中贡献较大,两歧双歧杆菌和婴儿双歧杆菌对HMO利用力强,短双歧杆菌可独占HMO下游产物岩藻糖以进行增殖。母乳喂养的婴儿粪便宏基因组数据也显示短双歧杆菌的丰度较高。
婴儿肠道菌群
双歧杆菌
群落组装
优先效应
微生物生态学
Nature Reviews:微生物组组装的优先效应(综述)
新物种在群落中的建立可能取决于它们到来的顺序和/或时间,这种现象被称为优先效应。优先效应可以影响微生物群的组成和功能,进而对宿主健康造成影响。在Nature Reviews Microbiology发表的这篇综述中,作者概述了优先效应的机制及其重要性,列举了动植物相关微生物群和环境微生物群的例子,介绍了检测微生物群落优先效应的方法,并讨论了跨系统的共同原则(包括生态进化动力学和时空尺度等)。
微生物生态学
微生物组
优先效应
优先效应
Nature子刊:拟南芥叶围菌群组装的规律和关键菌株
我们知道,“优先效应”在人体肠道菌群中发挥着重要的作用(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1053244417)。Nature Ecology & Evolution 上面发表的这篇论文,证明了在植物表面菌群的组装过程中,“优先效应”同样发挥重要的作用。
优先效应
群落组装
合成菌群
植物菌群
植物共生菌
肠道菌群建立
“独一无二”的肠道菌群,定植顺序很重要
肠道菌群的形成受遗传、饮食、生活方式等因素影响,但即便是生活在相同家庭环境中的同卵双胞胎,也可能有非常不同的肠道菌群,提示还有不少“未知”因素在菌群塑造中有重要作用。eLife近期发表研究,以无菌小鼠为模型,从生态学角度分析了幼年期细菌定植顺序对肠道菌群构建的长期影响。将生态学概念纳入菌群研究,对理解菌群构建的机制,以及开发相关疗法,都有重要意义。
肠道菌群建立
Lactobacillus
colonisation history
community ecology
ecology
肠道菌群建立
一图读懂:婴儿肠道“先锋细菌”的来源和重大生态学意义!(Nature Reviews必读综述)
Nature Review近期发表综述,系统性总结了影响婴儿肠道菌群建立的生态过程,尤其强调了优先效应——微生物进入肠道的顺序和时间对早期菌群建立的影响——的作用。对优先效应的深入研究,不仅有利于理解肠道菌群的建立机制,同时也对菌群干预手段的研发、优化具有指导意义,值得专业人士关注。
肠道菌群建立
婴儿
优先效应