空间转录组学

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空间转录组学

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Nature：瘤内菌群的空间分布，如何影响肿瘤异质性

肿瘤相关微生物群是肿瘤微环境的重要组成部分。然而，瘤内菌群的研究此前主要依赖于对整块（bulk）组织的分析，这掩盖了瘤内菌群的空间分布和对局部的影响。Nature最新发表的这项研究，通过空间转录组学和单细胞RNA测序方法，分析了口腔鳞癌和结直肠癌患者的肿瘤样本，并结合功能研究，发现瘤内菌群的空间分布不是随机的，其在肿瘤内的分布模式与肿瘤微环境的异质性密切相关。特定细菌对瘤内细胞的感染/黏附可以在单细胞层面改变细胞特征，并可能通过影响抗肿瘤免疫和癌细胞转移，促进癌症进展。

肿瘤菌群空间分布空间转录组学单细胞RNA测序宿主-菌群互作

Cell：又是单细胞水平！肠绒毛不同区域的细胞有不同功能

肠上皮细胞具有多样化的功能，不仅参与各种营养物质的吸收，还要防御肠内微生物的入侵。Cell近期发表的一项研究，用单细胞空间转录组学方法，揭示了小肠绒毛中，肠细胞广泛的区域和功能异质性，将对肠上皮细胞基因表达和功能的认知的精度，又提高了一个水平，相关方法学也可用于其他组织器官的类似研究。这是Cell近期连续发表的第2项肠道领域的单细胞水平研究，另一项研究见此（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1064546867），scRNA-seq等单细胞分析技术不断成熟，将越来越多的出现在高水平研究中。

肠绒毛激光捕获显微切割转录组测序单细胞RNA测序单细胞转录组学