Matthew R Olm

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Matthew R Olm

文章数：6篇

细菌基因组

Nature子刊：分析微生物基因组群体内遗传多样性的软件inStrain

同一物种共存的微生物细胞往往表现出遗传变异，可影响从营养偏好到致病性的表型。在这里，作者介绍了inStrain这个程序，该程序使用宏基因组配对读长来分析整个基因组中的种群内遗传多样性（微生物多样性），并以一种具有微生物多样性意识的方式比较菌群，从而大大提高了以现有方法为基准的基因组比较的准确性。inStrain可以应用于任何宏基因组数据集，以进行微观多样性分析和严格的菌株比较。

细菌基因组泛基因组生物信息软件菌株多样性

巨型噬菌体

Nature新发现：巨型噬菌体！

噬菌体基因组通常较小。但Nature近期发表的文章发现了不同样本，如人类、动物和环境微生物组中均存在巨型噬菌体，其中最大噬菌体的基因组拥有73.5万对碱基，比许多细菌宿主的基因组还要大的多，甚至具备CRISPR/Cas系统，颠覆了传统认知。

巨型噬菌体 CRISPR基因编辑系统 Bacteriophages environmental microbiology metagenomics

坏死性小肠结肠炎（NEC）

Science子刊：诊断坏死性小肠结肠炎的潜在标记物

坏死性小肠结肠炎是一种肠道炎症疾病，可发展为肠坏死、败血症，并能造成婴儿死亡，但病因尚不明确。Science advances最近的研究，招募160名早产儿，分别对正常婴儿和患坏死性小肠结肠炎婴儿的肠道菌群进行了宏基因组分析，并用细菌复制速率、KEGG模块、次级代谢物基因簇等特征进行机器学习，鉴定出坏死性小肠结肠炎发生相关的可能因素，其中细菌增长速率为最强的预测因子。本研究结果或可用于坏死性小肠结肠炎的早期诊断及之后的微生物靶向治疗。

坏死性小肠结肠炎（NEC）克雷伯氏属肺炎克雷伯氏菌菌毛蛋白编码细菌细菌复制速率

肠道菌群建立

早产儿与婴儿病房内的真核生物

对于婴儿早期真核生物定植的研究相对较少。《Microbiome》近期发表研究，比较了早产儿和婴儿病房环境样品中的宏基因组数据，从中组装出14个新的真核基因组，显示真菌和其他真核生物在生命早期就可以定植于肠道中，病房环境真核生物不仅可能影响婴儿早期真核菌群的建立，也存在发生院感的风险。本文一定程度填补了生命早期共生真菌群建立的知识空白，值得参考。

肠道菌群建立 Eukaryotes Genome-resolved metagenomics Hospital microbiome metagenomics

Nature子刊：被忽视的巨大噬菌体

噬菌体对肠道细菌结构、营养分配、细菌进化等具有重要影响。本研究在哺乳动物肠道中发现了一种巨大噬菌体，该噬菌体的基因结构较特殊，可能拥有尚未被阐释的特殊生物特征，值得参考。

噬菌体肠道宏基因组巨大噬菌体肠道噬菌体 Xiaoyu Gao

NC：住院婴儿肠道和病房大量共享菌株

这是一项研究住院婴儿及住院环境（病房）中的共有细菌菌株的研究，很明确几乎所有与婴儿肠道定殖相关的菌株都同时存在与婴儿肠道及医院病房中。这对于应对院内感染以及研究婴儿肠道菌群定殖规律都有重大意义，值得好好看看。

早产婴儿菌群定殖医院病房 Alexandra JR Carthey Alexandra JR Carthey