Nicolai Karcher

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Nicolai Karcher

文章数：7篇

Nature子刊：揭示影响菌株植入的潜在因素，优化粪菌移植供受体匹配

粪菌移植（FMT）在治疗菌群相关疾病方面具有潜力，但目前人们对FMT后微生物植入（engraftment）的规律尚缺乏全面的理解，这是限制FMT应用的一大障碍。Nature Medicine近期发表的这项研究，通过对24项研究的供受体菌群数据进行荟萃分析，分析了供体菌株植入率与疗效的关系，揭示了可能影响菌株植入率的潜在临床和微生物因素，并建立可预测FMT后菌株植入情况的机器学习模型，或能用于优化FMT的供受体匹配。

粪菌移植细菌植入供体选择

挖掘人肠道中的Akk菌多样性

嗜粘蛋白阿克曼菌（Akkermansia muciniphila）在调节肠道和宿主健康中有重要作用，但人们对这种细菌及其近缘种的基因组多样性仍所知有限。Genome Biology近期发表研究，通过对人源的阿克曼菌属（Akk菌）的分离菌基因组和宏基因组组装基因组进行大规模分析，揭示了Akk菌的系统发育和功能多样性，为未来进一步研究Akk菌的功能机制和转化应用打下基础。

AKK菌

细菌代谢途径

肠道细菌“接力”代谢SQ糖产生硫化氢

硫化氢是一种重要的肠内代谢产物。ISME Journal近期发表研究，揭示了两种肠道细菌协同代谢存在于绿色蔬菜中的SQ糖进而产生硫化氢的代谢途径。

细菌代谢途径硫化氢饮食-菌群互作

直肠真杆菌

从宏基因组中重构1321个直肠真杆菌基因组，发现了什么？

直肠真杆菌是一种属于毛螺菌科细菌，广泛存在于人类肠道菌群中。《Genome Biology》发表的一项研究，建立了一种宏基因组分析流程，从>6500个粪便宏基因组中重构了1321个高质量的直肠真杆菌基因组，并分析了这种细菌的种群结构和分布。

直肠真杆菌宏基因组系统发生生物地理学人肠道细菌

宏基因组组装基因组（MAGs）

人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的比较宏基因组分析

Genome Biology发表的文章，比较分析了人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的宏基因组，扩展了人类与NHP相关的微生物多样性，能够更好地表征灵长类动物菌群，深入进行人类和NHP的比较研究。

宏基因组组装基因组（MAGs）非人类灵长类动物肠道菌群 metagenomic assembly Non-human primates microbiome Microbiome sharing

人肠道细菌

Cell子刊：揭秘西化人群中缺乏的Prevotella copri

Prevotella copri是常见的人类肠道细菌，尤其存在于非西化人群中，这种菌在健康与疾病中的作用仍有不小的争议。Cell Host and Microbe近期发表的一项研究，分析了超过7000个宏基因组中>1000个P. copri基因组，结合对古人类化石样本的分析，充分揭示了这种菌的种内多样性和在不同人群中（西化vs非西化）的存在情况，及其与人类共生的进化史，表明西化进程（尤其是相关的饮食变化）可能导致了这种菌在人类肠道中不断减少。

人肠道细菌 human microbiome metagenomics Prevotella copri comparative microbial genomics

人类微生物组

Cell：9428个人体宏基因组！探索全球人类微生物组中的广大未知

Cell发表的一项微生物组最新研究，对32个国家不同人群、生活方式、年龄段和身体部位（粪便、口腔、皮肤和阴道）的9428个人体宏基因组进行大规模组装，发现了大量的未知微生物物种和基因组，使人类微生物组的参考基因组规模翻了1倍，大大扩展了人们对人体微生物组多样性的认知，将为后续研究——特别是在菌株水平的肠道和口腔微生物组研究，提供很大助力。

人类微生物组 human microbiome metagenomics metagenomic meta-analysis metagenomic assembly