Yingfei Ma

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文章数：9篇

马迎飞团队：详解人肠菌中的宽宿主范围质粒

人类肠道细菌中的宽宿主范围（BHR）质粒因其具有介导跨系统发育距离水平基因转移（HGT）的能力而备受关注，然而目前关于人类肠道质粒，尤其是BHR质粒尚不清楚。近日，中国科学院深圳先进技术研究院马迎飞团队在Nucleic Acids Research上发表文章，首次鉴定出一系列未知的BHR质粒，并发现BHR质粒能携带适应性基因在全球各种环境中广泛传播，提供了认识肠道生态系统及耐药性基因传播的新见解。

慢肺阻进展

王璋等Cell子刊：气管微生态异常影响慢阻肺功能下降

慢性阻塞性肺病（COPD）是全球导致死亡的三大原因之一，其典型特征之一是肺功能的进行性下降。COPD患者常常发现有气管菌群的改变，且与其疾病的严重程度相关。但气管菌群失调在COPD进展中的作用以及潜在机制并不明确。近期华南师范大学王璋团队与广州医科大学钟南山团队联合在Cell子刊Cell Host and Microbe上发表了其对COPD的最新研究成果，发现气管菌群失调促进COPD的肺功能下降，其潜在机制可能是菌群通过与宿主病理生理过程的代谢相作而导致的。气管菌群可作为临床诊断的辅助指标，而靶向气管微生物及其与宿主的相作是COPD进展的潜在治疗方案。

慢肺阻进展 FEV1 呼吸道菌群失调金葡菌定植同型半胱氨酸-AKT1-S100A8/9

肠道共生细菌

马迎飞+戴磊等Cell子刊：通过噬菌体培养组解析肠道暗物质

中科院先进院马迎飞、戴磊与团队在Cell Host and Microbe发表重要研究，首次建立了大规模肠道主要共生细菌噬菌体培养组技术，利用噬菌体培养物解析了肠道细菌和噬菌体长期共存的机制，并展示了这些噬菌体在肠道菌群调控中的应用潜力。本研究针对肠道主要共生细菌构建噬菌体资源库，展示了这些噬菌体培养物在肠道菌群调控中的价值。利用这一资源拟开展的肠道噬菌体和细菌的互作研究，有助于深入了解肠道菌群的多样性、功能和作用，为预防和治疗相关疾病提供新的思路和方法。

肠道共生细菌噬菌体培养组分离培养技术宿主特异性抗性机制

马迎飞团队Nature子刊：揭示人肠道古菌病毒多样性

中国科学院深圳先进技术研究院马迎飞团队近期在Nature Communications发表研究，对人类肠道中的古菌和古菌病毒进行了全面的宏基因组数据挖掘。研究结果表明，人肠道古菌和古菌病毒存在很高的多样性，本研究鉴定的新的人肠道古菌病毒填补了相关的知识空白，并可作为人肠道古菌病毒组的扩充，本研究将为深入了解人体肠道内古菌病毒的多样性和蛋白功能提供前所未有的见解，以供人们更好地了解人类肠道生态系统，该文为人类肠道菌群的研究提供了新视角。

宏基因组肠道古菌病毒组噬菌体蛋白功能病毒簇

底盘噬菌体

马迎飞团队：底盘噬菌体的高通量制备方法

中国科学院深圳先进技术研究院马迎飞团队报道了一种高通量制备底盘噬菌体的方法，在鉴定噬菌体非必需基因的同时，获得底盘噬菌体，并得到比野生型噬菌体侵染能力更强的基因组简化噬菌体，在噬菌体治疗和噬菌体合成生物学中具有巨大的潜在价值。

底盘噬菌体非必需基因基因组简化 CiPGr CRISPR-Cas9

人类肠道菌群

iMeta：马迎飞团队开发基于神经网络分析肠道菌群的方法

该研究开发了一种结合神经网络和随机森林的框架，从宏基因组数据集鉴定出40个标记物种和90个标记基因，在预测中获得了更高的准确性，本研究提供了一种新的思路来识别疾病相关生物标记物并分析它们在疾病发展中所扮演的角色。

人类肠道菌群神经网络随机森林二型糖尿病相关生物标记物

中科院先进院：肠道噬菌体与2型糖尿病相关

这是中科院深圳先进技术研究院马迎飞、刘陈立团队上周在Microbiome[IF：8.496]发表的人体肠道噬菌体组的重要研究，用多种生物信息学方法，挖掘分析300多名中国人的数据，发现人体肠道中存在复杂的噬菌体组，包括大量未知噬菌体，并首次证实肠道噬菌体组与2型糖尿病间存在关联。虽然噬菌体是特异性很高的“细菌杀手”，但该研究表明肠道细菌与噬菌体间不是简单的“此消彼长”，而是存在复杂的相互作用。相信未来的研究会逐步揭开肠道噬菌体组对人体健康的作用，值得持续关注。

噬菌体组 2型糖尿病 Phageome metagenomics T2D

头颈部鳞状细胞癌

JAMA子刊：特定口腔细菌或与头颈部鳞状细胞癌低风险相关

这是JAMA Oncology[IF：16.559]发表的重要的关于口腔菌群与头颈部鳞状细胞癌风险的研究，结果并未发现口腔菌群整体组成与肿瘤发生的关联，但棒状杆菌属及金氏菌属在口腔中的丰度较高时，肿瘤风险降低。这是口腔菌群与头颈部肿瘤关联性的开篇，后续我们或许可以看到口腔中特定细菌可能是肿瘤驱动菌的因果关系研究。

头颈部鳞状细胞癌口腔菌群吸烟 Karin Maldonado Karin Maldonado

中国慢性HIV感染者的粪便菌群多样性

① 收集13名慢性HIV患者和4名非HIV病人的粪便样品，利用16S扩增子测序比较两组肠道菌群组成差异；② 相比于非HIV个体，HIV组粪便菌群alpha多样性降低，PCA分析显示两组个体菌群组成显著分离；③ 分析发现中国慢性HIV感染者的粪便样本中厚壁菌门和变形菌门的丰度相对于健康人显著增加；④ 嗜胆菌属只在未感染者的粪便样本中被检测到，而拟杆菌属和arabacteroides在慢性HIV感染者的粪便中丰度更高。

HIV感染者中国粪便菌群 Matteo Soverini Marco Candela