Morgan G I Langille

搜索
登录

Morgan G I Langille

文章数：6篇

差异丰度检验

Nature子刊：菌群差异丰度法在38个数据集中产生不同的结果

识别差异丰富的微生物是菌群研究的共同目标。然而，很少有大规模的研究系统地探讨互换使用这些工具（差异丰度检测方法（DA））的适当性，以及它们之间差异的程度和意义。本研究通过 38 个两组 16S rRNA 基因数据集对常见DA工具进行了额外评估，其工作能够改进对这些 DA 工具的评估，并强调了在独立评估中被持有的先前研究提出的关键建议，此外，其分析显示了DA 工具的各种特征，作者可以用其来评估该领域内已发表文献。作者建议研究人员应使用基于多种差异丰度方法的共识方法，以帮助确保稳健的生物学解释。

差异丰度检验菌群研究数据集生物学解释假阳性率

DNA 测序技术

确定人类菌群研究中的偏差及其潜在解决方案

DNA 测序技术的进步极大地提高了研究人员探索人体菌群的能力。不幸的是，虽然这些研究揭示了菌群对我们健康的重要性，但它们往往不会得出类似的结果。在这篇综述中，作者重点介绍了典型的基于序列的人类菌群研究中可能引入显著偏差的各个步骤，并回顾了该领域目前旨在减少这些偏差影响的努力。作者建议目前研究中的所有方法应尽量保持一致，并且与以前的工作相比，应尽量遵循相同的实验方法，以确保基本结果对菌群测序实验中引入的偏差具有稳定性。

DNA 测序技术系统性偏差序列菌群测序校正

宏基因组分析工具

Nature子刊：PICRUSt2实现任意16S序列的宏基因组功能预测

截止2020年6月5日，功能预测软件PICRUSt1已被引用近4千次。这个成绩是相当惊艳，而且仅2019年就引用过千，且持续增长。近期《Nature Biotechnology》发表了更新的PICRUSt2版本，值得专业人士关注。

宏基因组分析工具 PICRUSt 功能预测 QIIME2 扩增子分析

肠道菌群代谢产物

Nature子刊：能增强肠道屏障功能的菌群代谢物

Nature Communications发表的一项最新研究，发现尿石素A（浆果和石榴经肠道菌群代谢生成的一种代谢产物）及其合成类似物UAS03，可通过改善炎症和促进紧密连接蛋白生成，双管齐下改善肠道屏障功能，或能用于改善IBD等疾病。

肠道菌群代谢产物尿石素A 肠道屏障功能 Jennifer Lu Jennifer Lu

Microbiome：16S vs 宏基因组，对儿童克罗恩病的诊疗意义各异

这是Microbiome发表的关于利用不同的组学方法（16S rRNA基因测序 vs 宏基因组）对儿童克罗恩病的疾病状态和治疗效果进行分析和分类的研究，很多人对两种重要的测序方法推动菌群用于临床的异同非常关注，这项研究正好关注于此，很值得好好看看哈。

16s测序宏基因组儿童克罗恩病随机森林机器学习 Nicole M Davis

Microbiome：需要更好地公开及共享微生物组数据

这是Microbiome[IF：8.496]以社论形式发表的评论性文章，对微生物组研究数据的共享老大难问题进行了分析，并提出解决方案。这值得专业人士好好看看。

数据共享微生物组