16s测序

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16s测序

文章数：9篇

牙周炎患者口腔菌群的硝酸盐还原能力受损？

口腔微生物群将硝酸盐还原为亚硝酸盐被认为对口腔健康很重要，并导致一氧化氮的形成，可以改善心脏代谢状况。近日，西班牙研究人员在International journal of oral science发表最新研究，对来自5个不同国家的牙周炎患者进行16S测序，发现龈下菌斑中硝酸盐还原菌含量显著降低，进一步探究发现患者口腔菌群的硝酸盐还原能力受损，值得关注。

牙周炎硝酸盐还原能力研究论文基础研究口腔菌群

瘤内微生物

国内团队：瘤内菌群或可预测肝癌手术预后

肝细胞癌（HCC）的不良预后与肿瘤微环境（TME）的特征密切相关。先前研究证实TME中微生物组对癌症进展的存在和潜在影响。近日，北京协和医院毛一雷、杨华瑜、南京医科大学第一附属医院孙跃明、封益飞及团队在Clinical and Translational Medicine发表最新研究，共纳入115名接受肝切除术的肝癌患者，系统地阐明了肝癌患者微生物群特征，并将肝型作为HCC术后预后预测的潜在标记物，值得关注。

瘤内微生物术后预后研究论文基础研究荧光原位杂交术

RExMap或可助力识别人类肠道核心物种？

人类肠道菌群与健康和疾病相关，人类微生物组的研究主要采用16S扩增子测序，在物种水平上区分微生物的能力有限。近日，美国加利福尼亚大学Tao Long及团队在Nucleic Acids Research发表最新研究，开发了一个针对16S数据的基于参考的精确映射（RExMap）数据库，在物种水平上识别到15种核心微生物在人类中普遍存在，独立于生活方式、环境或地理区域。这些微生物通常在出生时就已形成，并与营养代谢有关，值得关注。

RExMap 核心物种研究论文基础研究数据库

Nature子刊：自动化+机器学习，助力大规模微生物培养

虽然测序技术的快速发展极大促进了研究人员挖掘微生物“暗物质”，但在微生物实验和机理研究方面培养组学仍然发挥着关键作用，传统的培养组学方法存在劳动密集型、规模化小、缺乏表型-基因型的整合等问题。近日，美国哥伦比亚大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，开发了一种自动化微生物组成像和分离的培养学（CAMII）平台，利用菌落形态学和基因组数据，可最大限度提高分离的微生物多样性，并能有针对性地挑选特定的菌属。总之，该研究为深入挖掘复杂生态样品中微生物“暗物质”提供了新的指导和见解，值得关注。

机器学习高通量培养组学研究论文基础研究自动化

用于从16S微生物组数据进行差异丰度推断的R包—Prokounter

目前，使用高通量16S rRNA标记基因分析微生物组数据很有吸引力，但16S测序也产生了大量虚假的微生物分类群。近日，丹娜法伯癌症研究院人员在Genome Biology发表最新研究，开发了一款R包Prokounter（https://github.com/mskb01/prokounter），用于调查各级别16S测序微生物数据的高度灵活差异丰度推断，从样本到特定分类群。总之，本研究提出了一种灵活的方法，并被证明可以克服目前丰度差异推理方法所注意到的混淆问题，值得相关人员尝试。

Prokounter 差异丰度推断研究论文基础研究生物信息学

Microbiome：16S vs 宏基因组，对儿童克罗恩病的诊疗意义各异

这是Microbiome发表的关于利用不同的组学方法（16S rRNA基因测序 vs 宏基因组）对儿童克罗恩病的疾病状态和治疗效果进行分析和分类的研究，很多人对两种重要的测序方法推动菌群用于临床的异同非常关注，这项研究正好关注于此，很值得好好看看哈。

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Microbiome：利用MinION，分析细菌群落

关于Oxford Nanopore测序仪用于微生物分析的研究越来越多，这又是其中非常重要的一篇，值得特别关注。

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菊粉型果聚糖

Gut：菊粉或改善血管内皮功能紊乱，但还需更精确证据

这是Gut针对之前发表的一项研究（http://www.xunludkp.com/papers/read/1079332652）的评论文章，认可相关研究的积极意义，也提出实验方法的局限性让机制研究还有待深入。很值得好好读读的小文章，特别推荐。

菊粉型果聚糖血管内皮功能紊乱心血管疾病 16s测序 INTESTINAL MICROBIOLOGY

AEM：不同清洁方式，如何影响医院病房表面的细菌？

来自台湾医院研究人员的文章，介绍不同清洁方式下对医院病房表面微生物的影响，值得一读。

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