人病毒组

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人类病毒组数据库再添新资源

病毒组是人微生物组的重要组成部分。噬菌体可控制其宿主细菌的行为，从而可能对菌群和人体健康产生影响。但目前相关研究还很不足，其中一个原因是缺乏全面的病毒基因组序列注释数据库对样本进行完整分析。PNAS近期发表的一项研究，构建了包含4.5万个人体相关病毒/噬菌体分类群的人病毒组数据库，并用其分析了多种慢性疾病中的病毒组变化。

人病毒组

Nature子刊：全球尺度内人肠道病毒 crAssphage 的演化

crAssphage是在人肠道中发现的一种噬菌体，在2014年首次发现的时候，完全是一个新的噬菌体类群（没有已知的亲缘病毒株）。之所以叫这个奇怪的名字，是因为其基因组的组装是在一款名为“cross-assembly”的软件下完成的。crAssphage是人肠道中最丰富的噬菌体类型（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1079856040），也被作为人肠道病毒组的标志物（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1093737076）。本研究进一步揭示，这一噬菌体类型可能已经与人类休戚与共数百万年了。

肠道病毒人病毒组肠道病毒噬菌体 crAssphage噬菌体

病毒组分析，选对软件很关键

迄今为止最完整的病毒组组装软件评测，包含了16个宏基因组组装软件（方法），结果表明SPAdes一致性表现最好。

病毒组 Assembly Bacteriophage Benchmark Comparison

AI技术用于宏基因组数据中病毒检测

从宏基因组测序数据集中检测高度不同或未知的病毒是一项重大的生物信息学挑战。本研究分别采用随机森林和神经网络的机器学习方法预测宏基因组序列中的病毒序列，取得了很好的结果。

人工智能机器学习 Human samples machine learning Metagenomic sequencing

一个小型的人病毒组数据库

收集已发表的病毒组数据集，开发了新的生物信息学工具——病毒组蛋白基因簇簇数据库，并将其用到新的研究中。虽然数据库中没能排除很多非病毒序列，但是仍然有一定的利用价值。

病毒组人病毒组基因集数据库 Simone Rampelli Simone Rampelli