Laura de Nies

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Laura de Nies

文章数：5篇

新冠肺炎患者中肠道菌群的感染能力增强

SARS-CoV-2感染对胃肠道及其常驻菌群具有显著影响，但目前肠道菌群改变是重症患者所特有的还是在新冠肺炎患者中的普遍存在，目前尚不明确。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，利用高分辨率的系统多组学分析无症状到中度新冠肺炎患者的肠道菌群，并发现新冠肺炎患者肠道菌群感染能力发生改变并增强。

抗生素耐药组

Nature子刊：单一疗程的抗生素如何影响肠道菌群耐药性？

抗生素耐药性（AMR）的出现和传播，是全人类共同面临的挑战。Nature Communications发表的这项研究表明，单一疗程的抗生素治疗会导致Akk菌等肠道细菌的耐药性，而整合子在介导这种耐药性方面起着关键作用。

抗生素耐药组肠道菌群

功能宏组学为长读长和短读长的组装提供重要见解

本研究中，作者评估了四种不同复杂性的宏基因组样本的仅有短读长、仅有长读长和混合组装的方法，揭示了组装方法对从低多样性到高多样性的样品，从模拟群落到人类粪便和瘤胃宏基因组的预测基因和蛋白质的影响。作者提出了一种与参考无关的解决方案，该解决方案利用多组学数据集成的协同效应，使用长读长测序数据对菌群进行原位研究。本研究的发现为宏基因组重建的关键评估铺平了道路。

三代测序长读长牛津纳米孔技术混合组装功能组学

分娩方式对新生儿会产生哪些影响？这些影响能持续多久？

剖腹产(CSD)破坏了母亲对新生儿的特定微生物菌株的传递以及相关的免疫系统启动。ISME Journal近期发表的文章，研究了婴儿微生物组成及其对宿主生理的影响是否在1岁时仍然存在差异。研究纳入9对顺产母婴对和11对剖腹产母婴对，采集出生后5天、1个月、6个月和1年后粪便样品，进行宏基因组分析。结果表明，出生方式对新生儿的影响能持续到出生后一年，比如CSD出生婴儿表现出的延迟免疫刺激可能影响自身的免疫耐受性等。未来需进一步对儿童进行长期跟踪随访，以了解出生方式对儿童健康的影响。

婴儿菌群分娩方式免疫反应细菌耐药基因

宏基因组学

使用PathoFact鉴定宏基因组中毒力因子和耐药基因

PathoFact是一个能够高度准确地（分别为0.921、0.832和0.979）和特异性（0.957、0.989和0.994）对毒力因子、细菌毒素和耐药基因进行预测的工具。该工具结合了这些致病因子的预测和可移动遗传元件的识别。通过考虑相关基因的基因组背景，这为分析提供了进一步的深度。此外，PathoFact的毒力因子，毒素和抗菌素耐药基因模块可以独立应用，从而使其成为一个灵活而通用的工具。在预测毒力因子和毒素基因方面，PathoFact优于所有现有的工作流程。在预测抗菌素耐药性方面，它的性能可与一套流程相媲美，而优于其他。PathoFact及其模型和数据库可在https://pathofact.lcsb.uni.lu上免费获得。

宏基因组学毒力因子耐药基因可移动遗传元件模块化