基因组测序

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基因组测序

文章数：5篇

基因水平转移

转导组学——研究基因转移的组学新技术

水平基因转移（HGT）在微生物进化中起着重要作用，但是目前尚缺乏观察微生物群落中正在进行的HGT的方法。Microbiome近期发表一种“转导组学”测序方法，通过检测病毒类颗粒中的细菌来源DNA，检测微生态样本中正在进行的基因水平转移事件。该方法可用于检测主要肠道细菌类型间的HGT事件，对研究微生态进化、耐药基因转移等均具有重要参考价值。

基因水平转移基因组测序研究论文转导组基础研究

山大团队：地球上多大比例的原核生物已有基因组测序？

地球微生物组是一个巨大的微生物资源库，长期以来的1%可培养微生物在最近很多场合被大家拿出来表示质疑。但目前我们空间获得了多少微生物的基因组呢？本文通过基因组数据的收集整合，推测这一比例至少为2%，但即使是这样，这也是一个比较小和保守的估计。此外，本文通过地球微生物组项目和微生物基因组数据的比对，也展示了地球微生物组中原核生物基因组的测序现状。

微生物组基因组测序原核生物群落地球微生物组计划主要类群

Nature：结直肠癌变之前的体细胞突变

目前对结直肠腺瘤-癌的测序为理解连续性的体细胞遗传改变及致癌克隆扩增提供了一个较为全面的框架。然而，对于结直肠细胞以及其他组织细胞最初新生改变的理解还比较模糊，这些改变可能发生在形态正常的组织中。最新发表在Nature杂志的一项研究，从42名年龄在11-78岁参与者的正常上皮组织中分离出2035个结肠隐窝，并对其基因组测序。该发现揭示了多个突变过程的特征，其中一些是普遍存在且和连续的，而另一些只出现在某些个体的某些隐窝中或出现在生命的某个时期。在中年人中，大约1%正常结直肠隐窝中存在可能的肿瘤驱动突变，这表明腺瘤和癌是正常结直肠上皮中普遍存在的致瘤改变过程的罕见结果。与正常细胞相比，结直肠癌的突变负担明显增加。正常结直肠细胞测序为肿瘤的基因组和克隆进化提供了定量分析。

结直肠癌结直肠腺瘤基因组测序突变特征突变负担

在肠道菌群中发现自由基依赖性酶的新方法

自由基依赖性酶是肠道菌群适应低氧环境的重要活性蛋白，但研究难度较大。本文以甘氨酰基酶的发现和鉴定为例，总结了可用于发现新自由基依赖型酶的三种研究策略，这些策略中涉及基因组测序、宏基因组分析、蛋白质组分析和传统化学基团鉴定方法的联用，对研究肠道菌群的代谢特点具有参考价值。

方法学自由基依赖型酶宏基因组测序基因组测序蛋白质组

循环肿瘤DNA（ctDNA）

新型测序方法：晚期肿瘤ctDNA检出率，89%

① 一种用于循环肿瘤DNA的新的高强度基因组测序方法在89％的患者中发现了肿瘤DNA和血液中至少1个遗传改变，证明了用于检测分子异常的两种方法之间的高度一致性；② 在血液样品中也发现了73%的在肿瘤样品中发现的遗传改变；③ 在不知道肿瘤组织分析结果的情况下，研究人员在血液样本中检测到在肿瘤样本中发现的76%的可操作突变；④ 使用ctDNA进行早期癌症检测的概念是令人兴奋的，并且具有很大的潜力用作诊断工具。

循环肿瘤DNA（ctDNA）基因组测序癌症