Benjamin Callahan

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Benjamin Callahan

文章数：5篇

系统发育指导的菌群OTU特异性关联检验

为了解决系统发育信息整合中的一些挑战，作者提出了系统发育引导的菌群 OTU 特异性关联检验 (POST)，它通过自适应地从系统发育上临近的 OTU 中借用信息来提高目标 OTU 的检测能力。通过广泛的数值研究，作者表明 POST 在识别相关 OTU 方面优于模拟和实际数据应用中的现有方法，并开发了一个用户友好的 R 包 POSTm，可在 CRAN (https://CRAN.R-project.org/package=POSTm) 上免费获得。

关联检验系统发育树核机器回归

长读长测序

LoopSeq：合成长读长的超准确微生物扩增子测序

长读长测序提供了识别更广泛的物种和区分种内菌株的潜力，但在复杂的宏基因组中获得足够的准确性仍然具有挑战。本文展示了如何使用短读长测序仪生成长度和准确性相结合的微生物DNA读长的方法LoopSeq。作者描述并分析验证 LoopSeq，这是一种商用的合成长读长(SLR)测序技术，其利用了已经广泛可用的短读长测序仪，它可从标准短读长生成高度准确的长读长。使用标准短读长测序仪生成准确和菌群测序长读长的能力将加速高质量微生物序列数据库的构建，并消除精确微生物基因组学道路上的一个重大障碍。

长读长测序菌株物种水平精确微生物基因组学短读长测序仪

生物信息学工具

R软件包 decontam 可用于去除污染序列

基于污染序列特征，在结果分析时去除污染序列的生物信息学工具 decontam 应该不仅仅会提高分析结果的准确性，或许还能发现那些实验本身存在问题的数据集。

生物信息学工具 16S rRNA gene DNA contamination Marker-gene metagenomics

多组学建模分析孕期母体的综合变化

Bioinformatics发表研究，对女性孕期的生理学进行纵向的多组学分析，并对这些数据进行计算建模，不仅可准确预测样本对应的孕龄，还揭示了孕期不同生物系统间的新型互作，为孕期母体变化提供了一个综合的生物学模型，为未来研究早产和妊娠疾病背后的生物系统互作机制提供了一个框架和参照。

多组学建模孕龄 Rene Jackstadt Owen J Sansom

DADA2: 去噪法鉴定扩增子测序中单碱基精度的代表序列（ASV）

DADA2是去噪法鉴定扩增子代表序列方法的典型代表，推动了扩增子领域从按97%相似度聚类OTU向更精确的去噪扩增序列变异（ASV）分析方法的转变。现已发展成为完整的扩增子分析流程，可在R语言环境中跨平台实现从原始数据到ASV表的分析，中文教程见 https://mp.weixin.qq.com/s/acvX4IkuPj-Hi8uOjuVbPA 。同时该方法也被QIIME 2平台收录作为代表序列鉴定的推荐方法，详见QIIME 2教程中人体、粪菌和沙漠3套实例教程 https://mp.weixin.qq.com/s/IZLjdkRq2-36DJ9X792_MA 均使用此方法。

Dustin J Flanagan Pekka Katajisto Owen J Sansom