Ni Zhao

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Ni Zhao

文章数：7篇

Nature子刊：消除微生物组数据分析中批次效应的新方法

许多大规模微生物组研究需要跨时间或地点收集样本，并在不同的流程下进行处理，还会汇集多项研究样本进行综合分析，这将引入批次效应导致数据的系统性变化，进而模糊微生物和元数据之间的真实联系，引起更多的假阳性，阻碍了预测建模和生物标志物的开发。近期发表于Nature Communications的一项研究开发了基于条件量化回归的R包——ConQuR，可有效消除微生物数据分析中的批次效应，并保留样本中的关键信号。随着未来微生物组研究规模的不断扩大，批次效应难以避免，ConQuR将发挥更大的作用，推荐专业人士关注。

批次效应微生物组

基于零膨胀分位数的方法

通过零膨胀分位数法 (ZINQ) 对微生物组数据进行非参数关联检验

本研究提出了 ZINQ，这是一种微生物群与二分或定量临床变量之间基于分位数的关联检验，基于一系列场景中的真实数据和对真实数据集的应用的全面模拟表明，与现有检验相比，即使它提供了更好的假阳性控制，ZINQ 通常具有相等或更高的功效，其为当前的菌群差异丰度分析提供了强大而可靠的替代方案。这项工作为菌群数据的关联检验提供了一种稳健而强大的非参数回归方法。

基于零膨胀分位数的方法 I类错误控制菌群差异丰度分析异质性

微生物组分析工具

新算法改进稀疏型微生物组数据与表型的关联分析

探索微生物组与宿主表型的关联，以及揭示微生物与宿主的互作机制是整个领域关注的重大科学问题。然而由于微生物组数据通常稀疏性较强，现在关联分析工具一般无法得到理想的结果。本文提出了一种新型算法MiHC有效改善微生物组数据与表型的关联结果，该软件采用R语言编写，可访问 https://github.com/hk1785/MiHC 安装，使用方便；相信该软件的应用可对本领域有一定推动作用。

微生物组分析工具 Microbiome association studies microbial ecology Adaptive association analysis Higher criticism

亚麻籽木酚素提取物对肠道菌群及转录组的影响

亚麻籽木酚素是一种具有多种生物活性的植物激素，肠道菌群可代谢木酚素产生肠内酯及肠二醇等生物活性物质。American Journal of Clinical Nutrition上发表的一项研究，在健康人中分析了亚麻籽木酚素及其代谢产物肠内酯对肠道转录组的影响。

饮食 human intervention colon lignan Enterolactone

HIV感染对肠道菌群α多样性的影响

《Clinical Infectious Diseases》上发表的一项荟萃分析结果，对超过1000份样本的原始测序数据进行分析后发现，HIV感染与肠道菌群α多样性的降低显著相关，而性别及性取向影响了这种相关性。

HIV感染 HIV AIDS Microbiome 荟萃分析

遗传流行病学：不同小样本菌群关联分析数学模型的优劣

生物信息学文献一篇，据说热心肠先生看不懂，特别请了锐翌基因的专业人员传到了日报，看得懂的人好好看啊！

Bray-Curtis Kernel association test Multivariate outcomes Small sam- ple UniFrac.

微生物丰度

AJHG：检验微生物组丰度的新方法MiRKAT

① 高通量测序技术为揭示人体微生物组在疾病机理中的作用提供基于群体的研究可能；② 本文构建了一种新的方法MiRKAT，一种半参数核回归框架，可以将研究结果很好地回归对应到微生物组丰度上；③ 它使用方差分量打分统计方法来检验基于P值分析的关联；④ 这种方法在文中的案例应用中显示出较好的效果。

MiRKAT 微生物丰度丰度方法学 Yvonne J Huang