Lei Dai

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Lei Dai

文章数：6篇

肠道共生细菌

马迎飞+戴磊等Cell子刊：通过噬菌体培养组解析肠道暗物质

中科院先进院马迎飞、戴磊与团队在Cell Host and Microbe发表重要研究，首次建立了大规模肠道主要共生细菌噬菌体培养组技术，利用噬菌体培养物解析了肠道细菌和噬菌体长期共存的机制，并展示了这些噬菌体在肠道菌群调控中的应用潜力。本研究针对肠道主要共生细菌构建噬菌体资源库，展示了这些噬菌体培养物在肠道菌群调控中的价值。利用这一资源拟开展的肠道噬菌体和细菌的互作研究，有助于深入了解肠道菌群的多样性、功能和作用，为预防和治疗相关疾病提供新的思路和方法。

肠道共生细菌噬菌体培养组分离培养技术宿主特异性抗性机制

SEER-FISH成像技术

戴磊等Nature子刊：新型成像技术助力解析微生物组空间结构

自然界中各种微生物独特的生存方式和相互作用关系构成了群落特定的空间结构。尽管现有的高通量测序技术能够描绘微生物群落的物种组成及丰度，但仍缺乏解析群落空间结构的有力工具。近日，中国科学院深圳先进技术研究院戴磊及团队在Nature Communications发表最新研究，开发了一种可容错编码的序贯荧光原位杂交技术，用于解析复杂微生物群落的空间结构。该方法可识别复杂群落中的不同微生物物种，在单细胞尺度上原位解析微生物物种间以及微生物-宿主间的互作。总之，该技术是研究微生物群落生态和功能的重要工具，值得关注。

SEER-FISH成像技术空间结构研究论文基础研究序贯荧光原位杂交

基因成分谱

iMeta: 中国科学院开发可同时提取共存菌株的组成和基因成分谱的菌株分析工具

中国科学院深圳先进技术研究院戴磊团队开发可同时提取共存菌株的组成和基因成分谱的菌株分析工具StrainPanDA，并使用模拟数据集系统地验证了StrainPanDA的准确性和鲁棒性，StrainPanDA对计算资源的要求极低，可以批量并行处理菌群中的多个物种。StrainPanDA可以应用于宏基因组数据以检测分子功能与微生物/宿主表型之间的关联，从而产生可供验证的假设，并在菌株或亚种水平上获得新的生物学见解。

基因成分谱宏基因组学菌群泛基因组菌株分析

戴磊团队：解析膳食纤维干预下肠道微生物组的生态应答

膳食纤维对人体健康有着深远的影响，摄入较高水平的膳食纤维可降低肥胖、炎症性肠病、结直肠癌等多种疾病的风险。多项研究发现，膳食纤维对肠道菌群组成和代谢功能的影响存在个体差异。每个人对膳食纤维的反应取决于他们的基线肠道菌群，但在纤维摄入过程中驱动微生物群重塑的生态学仍不清楚。近日，中国科学院深圳先进技术研究院合成微生物组学研究中心戴磊团队在ISME Journal上发表最新研究，通过广义Lotka-Volterra（gLV）模型为框架，解析膳食纤维干预下肠道菌群应答的生态学机制，发现某些细菌在菊粉作用下显著增加，其基线丰度和种间竞争解释了微生物群落密度和组成动态的基线依赖性，并揭示了微生物生态网络对于理解与预测肠道菌群应答的重要性。总之，该研究为未来系统理解肠道菌群的生态学规律以及开发相应的精准营养调控手段奠定了重要基础。

膳食纤维肠道微生物组研究论文基础研究菌群生态学

戴磊团队：老年小鼠移植肠道菌群的建立和恢复

中国科学院深圳先进技术研究院的戴磊团队在iScience上发表文章，发现自体和异体粪菌移植均可恢复老年小鼠的肠道菌群，并影响宿主基因表达谱。而且，与自体FMT相比，异体FMT建立的肠道菌群在DSS诱导的结肠炎症期间弹性较差，恢复力较弱。研究结果强调需要监测移植肠道菌群的长期稳定性，并在必要时进行多重FMT。

肠道菌群老年小鼠粪菌移植

兰平、何真等：锁定肠系膜脂肪中的促肠炎细菌

肠系膜脂肪组织（mAT）增生，即“爬行脂肪”，是克罗恩病（CD）的一个病理特征，且与CD患者的预后不佳有关，但其机制仍不清楚。中山大学附属第六医院兰平作为共同通讯作者、何真作为共同第一作者，在Microbiome发表最新研究，通过整合多组学分析，揭示了CD患者的mAT菌群-宿主互作失调，及其与CD患者疾病进展的关系。通过对mAT菌群进行分离培养，该研究进一步发现，mAT中的一种无色杆菌属细菌A. pulmonis是促炎的致病共生菌，可在小鼠中移位到mAT并促进结肠炎的恶化。这些发现加深了我们对于肠道细菌在CD发展中的作用的认知，为研发基于菌群干预的疗法提供了新思路。

克罗恩病爬行脂肪肠系膜脂肪组织菌群移位