关联分析

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文章数：4篇

胡圣伟+倪伟+陈同等：动物微生物组组成与功能综合数据库—CRAMdb

近年来，随着高通量测序技术与生物信息学技术的快速发展，已经成为研究人员解决动物健康与疾病的诊断、治疗、预防等一系列科学难题的两把利刃。随着科学数据的爆炸式增长，急需建立以动物宏微生物组为核心的开放数据库，以存储世界范围内的组学研究数据。近日，中国中医科学院陈同、石河子大学胡圣伟、倪伟及团队在Nucleic Acids Research发表最新研究，建立一个包含与动物相关的细菌、古细菌、真菌和病毒数据的CRAMdb综合数据库（http://www.ehbio.com/CRAMdb/；含9430种细菌、278种古细菌、2216种真菌和458种病毒等超1.2万种微生物），用于探索各种动物中微生物的组成和功能，以及与表型的关联等。总之，极大地促进了国内外动物微生物相关数据的汇总、储存以及共享，也为未来的实际转化应用奠定了基础。

CRAMdb 综合数据库研究论文基础研究动物微生物组

用于识别菌群和代谢物间关联的数据库

对人类粪便样本中获得的菌群和代谢物数据进行综合分析，可更好地了解人体肠道细菌和代谢物间的关联，以及其在健康和疾病方面的作用。近日，以色列特拉维夫大学研究人员在NPJ Biofilms and Microbiomes发表最新研究，通过14项人类成对的肠道菌群-代谢组数据构建数据库，发现通过菌群组成可较好预测97种代谢物，还识别多种菌属和代谢物间的关联（尤其是颤杆菌属及另枝菌属为高代谢物关联菌属），在肠道生态系统中可能发挥重要作用。总之，该研究为未来进一步探究菌群和代谢物间的联系提供了新视角。

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微生物组分析工具

新算法改进稀疏型微生物组数据与表型的关联分析

探索微生物组与宿主表型的关联，以及揭示微生物与宿主的互作机制是整个领域关注的重大科学问题。然而由于微生物组数据通常稀疏性较强，现在关联分析工具一般无法得到理想的结果。本文提出了一种新型算法MiHC有效改善微生物组数据与表型的关联结果，该软件采用R语言编写，可访问 https://github.com/hk1785/MiHC 安装，使用方便；相信该软件的应用可对本领域有一定推动作用。

微生物组分析工具 Microbiome association studies microbial ecology Adaptive association analysis Higher criticism

JAMA子刊：肥胖或可增加儿童多发性硬化症的风险

小儿多发性硬化症的发病原因暂不明确，已有研究认为肥胖是其危险因素之一。本研究通过人群数据，提示儿童病例中，肥胖的比例较正常人高，且肥胖的患者复发率高。其中具体的病因机制值得进一步研究探索。

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