代谢互作

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Science：代谢互作模型再现叶片微生物群生态学

微生物组的组成与宿主健康和生态系统功能密切相关。然而，在环境背景下决定物种丰度的过程仍然不太清楚。近日，瑞士苏黎世联邦理工学院研究人员在Science发表最新研究，通过实验和计算引导下解析了拟南芥叶际微生物群落中细菌成员间代谢互作，发现碳源可用性和代谢互作在植物宿主的群落组装中起着重要作用。除在原位再现物种间互作外，开发的建模框架可从机制上了解这些细菌间资源利用和交换的具体模式，值得关注。

植物菌群代谢互作基础研究微生物群生态学研究论文

微生物群落

Nature子刊：微生物群落提高对药物的耐受性

微生物群落由具有不同代谢能力的细胞组成，通常包括缺乏必要代谢途径的营养缺陷型。Nature Microbiology近期发表的文章，发现营养缺陷型可从细胞外摄取特定代谢物，改变代谢通量，输出并丰富群落中的代谢物。外排活动的增加可减少细胞内药物浓度，促进细菌的耐药性。文章或为细菌相互作用可提高耐药性提供机制。

微生物群落胞外代谢组耐药性代谢互作

急性白血病

中性粒细胞减少症的菌群和代谢组分析

大多数接受化疗的急性白血病患者虽然进行了抗生素预防，但仍会出现中性粒细胞减少症（NF），其中许多病例没有明确的病因。Blood Advances近期发表的文章，对两群白血病病患进行分析，发现肠道中Akkermansia扩增预示着NF的风险更高。Akk是一个粘液分解菌属，可能影响肠腔代谢物的吸收，对血清代谢组分析表明氧化应激或是主要介导途径，为个体化预防提供了潜在靶点。

急性白血病中性粒细胞减少症代谢互作

代谢建模助力研究宿主-菌群互作（综述）

复杂微生物群落内部及其与宿主之间的相互作用对于宿主的健康起到重要的作用，肠道菌群主要通过其分泌的代谢产物相互交流，代谢产物的分泌又取决与菌群所处的环境以及菌之间的互作，因此，鉴定出微环境中单个菌分泌的代谢产物至关重要。Microbiome上发表的一篇文章，通过将单菌及其产生的代谢微环境放置在一个小室，从而将菌之间、菌和宿主细胞之间进行分离，再将每个单菌的小室放置于多菌共享的环境中，达到模拟菌群之间的代谢互作的效果；结合不同的实验方法及计算机模拟方法，能更好的理解微生物间以及和宿主的复杂代谢网络互作，为肠道健康的代谢调控提供了新的见解。

代谢互作计算机建模代谢网络宿主-菌群互作研究论文

Nature 子刊：开菲尔微生物的时空互作

开菲尔（kefir）是一种天然乳制品发酵群落，主要由乳酸菌、醋酸菌和酵母组成。为了深入了解自然群落的稳定性，Nature Microbiology发表的文章，利用开菲尔作为一个微生物生态系统模型进行了实验研究。在牛奶发酵过程中，开菲尔细菌定殖生长有一定顺序，早期定殖生长的成员通过提供可用的代谢物，如氨基酸和乳酸等，促进后续成员的定殖生长。通过代谢组学、转录组学和物种间相互作用研究，揭示了难利用牛奶的微生物是如何通过代谢合作得以生存，甚至在群落中占据主导地位的。总的来说，本研究结果揭示了群落中各物种在空间和时间上的相互作用，是如何影响群落成员稳定共存的。

开菲尔代谢互作

FM：可预测婴儿肠道菌群代谢互作的数学模型

这是一项针对肠道菌群的数学建模研究，针对婴儿菌群的代谢互作建立了专门的模型系统。值得生物信息学、人工智能、数学算法等相关专业领域人士参考学习。

数学模型代谢互作低聚果糖 Franciele Dietrich-Zagonel Franciele Dietrich-Zagonel

Cell子刊：微生物组是如何进行代谢合作的？（综述）

① 本综述特别关注：由肠道菌群中不同群落成员推进的代谢进程、这些成员相互以及与宿主间互作的通路、这些互作对菌群整体代谢机制的影响；② 总结对菌群这个复杂生态系统中代谢相关内部运作机制的研究；③ 特别强调两条内部协作线：一条是解开微生物组，以确定不同物种的代谢能力，另一条是利用计算模型来推断和研究这些物种间的代谢相互作用。

代谢通路代谢机制代谢相互作用代谢产物代谢互作

Science：宿主-肠道菌群的代谢互作（综述）

经典综述，2012年发表在Science上，看标题就知道重量级，强烈推荐重新读一读。

代谢互作宿主-菌群互作粘膜免疫 Yingzi Cong Wei Wu