next generation sequencing

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文章数：8篇

肠道病毒感染影响婴儿对口服脊髓灰质炎病毒疫苗的应答

Journal of Infectious Diseases上发表的一项最新研究，在接种口服脊髓灰质炎病毒疫苗的700多名印度婴儿中发现，邻近接种期的肠道病毒感染（非脊髓灰质炎病毒），可显著抑制婴儿在接种后的疫苗应答。

疫苗应答 Non-polio enteroviruses bacterial microbiota 16S rRNA OPV

一种可用于大规模粪便样本收集的试剂盒

在大样本研究中，粪便的收集、储存、运输及DNA提取对最后的分析结果有很大影响。BMC Microbiology上发表的一项最新研究，对OMNIgene•GUT试剂盒在粪便样本的处理中的表现进行了评估，结果发现这种参与者友好型的方法得出的结果有较高的可靠性。

Bacterial DNA extraction Fecal collection and storage method Microbiome next generation sequencing OMNIgene•GUT

多发性硬化

神经感染会是多发性硬化的诱因吗？

多发性硬化（MS）的发病与诸多因素有关，Neurobiology of Disease近期发表一项研究，在MS患者的神经组织样本中鉴定出真菌和细菌感染，表明中枢神经系统的微生物感染可能是MS的病因之一，为治疗MS提供了新视角。

多发性硬化感染真菌感染细菌感染共感染

造血细胞移植

AJRCCM：利用宏基因组测序“揪出”隐藏的病原体

这篇短文介绍了通过宏基因组测序，在造血细胞移植患者的呼吸道中鉴定出一般临床诊断方法无法检测出的病原体，很值得一读，特别推荐。

造血细胞移植急性呼吸道疾病人冠状病毒人轮状病毒 bone marrow transplant

BMC Microbiology：粪便中弯曲杆菌的宏基因组学诊断技术

① 在掺杂有空肠弯曲杆菌的人及鸡的粪便样本中，对DNA进行测序，并使用Kraken及CLARK宏基因组工具进行数据分析；② 掺杂的空肠弯曲杆菌越多，可获得更多的采样数（hit），然而并未呈显著的线性关联；③ 因此，无法测量此方法的检测上限，在人及鸡的粪便样本中最低的检测浓度分别是7.75*10^4 CFU/mL及10^3 CFU/mL；④ 在人的临床粪便样本中，弯曲杆菌的感染负荷预计在9.2*10^4-1.0*10^9 CFU/mL之间。

弯曲杆菌 Culture independent Molecular typing next generation sequencing

Oncotarget：卵巢癌的肿瘤微生物组学

我们之前很关注肠道菌群等人体共生微生物与肿瘤的关系，实际上在一些肿瘤发生的部位，也存在着变化了的菌群，这篇文章就特别关注了卵巢癌组织中的微生物。特别推荐。

菌群二代测序(NGS) 泛病原体阵列(PathoChip) 卵巢癌基因组

ME：恢复种植可重建荒地的土壤菌群

关于土壤菌群的一项重要研究，很有启发，值得一读。

环境DNA 土壤菌群生态修复条形码测序生态监测

Microorganisms：喝酸奶能改变肠道菌群么？

一篇热心肠先生评论说很尴尬的文章，大家看看觉得尴尬不？[呲牙]

16S rDNA diversity gut microbiome next generation sequencing yogurt