Alexandre Almeida

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Alexandre Almeida

文章数：6篇

皮肤微生物组

Nature子刊：细菌培养和宏基因组学结合，助力皮肤微生物组研究

人类皮肤微生物组的变化与痤疮和特应性皮炎等皮肤病有关。有研究对皮肤微生物组在健康或疾病中的作用进行的宏基因组调查发现，许多测序数据与参考基因组不匹配，使得宏基因组数据集难以解释。Nature Microbiology发表的研究，将培养方法与宏基因组分析相结合，建立了皮肤微生物基因组集（SMGC），其中包括从7535个metagenome-assembled genomes（MAGs）中鉴定出来的622个原核生物物种，以及251个培养的细菌基因组，12个真核生物基因组和数千个非冗余病毒序列。通过SMGC，可以更精细的描述人类皮肤样本中微生物的多样性。本研究或可帮助我们增加对皮肤微生物群在健康方面的认识，并设计治疗方法来对抗与微生物相关的皮肤疾病。

皮肤微生物组细菌培养宏基因组

肠道厚壁菌为了适应宿主的“取舍”策略

肠道细菌在与宿主的共生演化过程中，也在发生着持续的变化。Genome Biology近期发表的一项研究，通过对人肠道中广泛存在的厚壁菌门细菌的孢子形成能力进行了系统性分析，揭示了肠道厚壁菌的孢子形成能力与其对宿主的适应和传播之间的关系。

细菌传播孢子形成肠道菌群宿主适应

微生物参考基因组

Nature子刊：高达20万个微生物的人类肠道微生物组参考基因组集

人类肠道微生物组与人类健康和疾病有关的重要表型密切相关。缺乏足够微生物多样性的完整参考基因组，妨碍了对微生物组中单个物种的作用及其功能和相互作用的理解。因此，建立微生物参考基因组和基因的整合数据库，是准确表征肠道微生物物种分类和功能的重要步骤。本文生成了代表人类肠道微生物组的20万个基因组和1.71亿个蛋白质序列的基因集，其中的4,644个物种中，有71％缺乏培养的菌株，表明大多数微生物仍有待实验表征。本研究获得的高质量参考基因组集可极大提高宏基因组研究的分辨率和准确性，对人类肠道微生物组与表型的关联分析提供了数据基础。遥想十年前Science和Nature发表的微生物组里程碑研究中鉴定出的178个微生物基因组和330万个微生物基因（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070911392）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1083232040），这十年间科学家们在微生物组参考基因集方面的进展速度可谓是呈指数级增长。

微生物参考基因组肠道微生物组 UHGP 功能注释宏基因组组装基因组

微生物分类

Nature子刊：用单拷贝基因系统发育方法分析OTU

16S rRNA基因用于系统分类学研究的地位已经不稳了。之前就有研究人员通过单拷贝基因构建了新的生命之树（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1087194889），发现有明显优势。《Nature Communications》近期发表研究，又进一步基于新的生命之树开发了mOTUs2菌群分析工具。随着宏基因组测序的不断发展，这种分析方法或许将成为菌群结构分析的标准动作之一，非常值得关注！

微生物分类菌群结构生物信息学工具宏基因组学生物信息学数据库

新肠道细菌

Nature：发掘未知的肠道细菌

解读肠道菌群结构存在的宿主差异有助于阐释菌群对宿主健康的具体影响。Nature近期发表研究，鉴别出了1925种潜在肠道细菌，极大地丰富了已知肠道菌群种类和功能，尤其丰富了非洲和拉美地区人群的肠道菌群信息。该研究对详细阐释肠道菌群种类和功能具有参考价值。

新肠道细菌 Bacterial genomics metagenomics Microbiome 方法学

基因组数据库

Nature子刊：包含近800个肠道菌株全基因组数据的新数据集

Nature Biotechnology上发表的一项最新研究，发布了一个新的人体肠道细菌基因组数据集，包含了来自4个门、31个科、273个种的737个菌株的全基因组数据，这些菌株是从20个成年人的粪便样本中培养并分离的。该数据集使人体胃肠道细菌基因组的数量增加了37%。

基因组数据库人粪便菌群宏基因组培养组学基础研究