Duy Tin Truong

搜索
登录

Duy Tin Truong

文章数：4篇

Cell子刊：婴儿的菌群发育，母亲的直接贡献很大

Cell Host and Microbe刚刚上线一项母婴菌群纵向传递的研究，结合宏基因组学和菌株水平的计算方法，表明母亲身体多个部位的菌群参与了婴儿口腔和肠道菌群的发育，其中母亲的肠道菌群贡献最大，婴儿自身的生理环境选择也对菌群塑造有重要作用。

婴儿菌群母婴传播菌株水平分析 Infant microbiome Shotgun metagenomics

NPJBM：研究牛皮癣相关皮肤菌群，分析到菌株水平很必要！

一项关于牛皮癣（银屑病）相关皮肤菌群的研究，结果值得关注，作者的观点也值得思考。在菌群研究的时候，是否要把分辨率精确到菌株水平，一直有各种争议，那么你的观点呢？

银屑病皮肤菌群菌株水平 Morten O A Sommer Dan I Andersson

Nature子刊重磅：从宏基因组信息鉴别菌株信息！

① 本文介绍了一种利用宏基因组数据完成菌株鉴别的工具——PanPhlAn；② PanPhlAn根据一个物种的泛基因组，确定在一个物种的不同菌株中有无哪些基因，可得到菌株功能及其致病潜能；③ PanPhlAn能识别造成疾病爆发的菌株，且可对已知菌株和新菌株进行鉴定和比较；④ 结合转录组数据，PanPhlAn能分析相应菌株在复杂的群落中的转录活性；⑤ PanPhlAn克服了宏基因组组装相关的局限性，即使对于参考基因组很少的物种，也能很好地进行菌株鉴定。

宏基因组菌株鉴定

Nature子刊：宏基因组物种分类和定量工具MetaPhlAn2

MetaPhlAn2是基于标记基因的快速物种分类和定量工具，由哈佛大学Curtis Huttenhower团队和意大利特轮托大学Nicola Segata(出自Curtis Huttenhower组)团队共同出品，是MetaPhlAn工具的升级版，截止19年9月4日软件两版累计引用1335(853+482)次。是肠道宏基因组研究中物种组成分析的首选工具。日报之前报导过的相关工具还有《MGX框架——宏基因组分析的新方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1075688938）、想要专门分析病毒组，有《Nature子刊：分析病毒组的新工具》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1081676963）等。

宏基因组宏基因组序列分类宏基因组物种分类标记基因