Sean F Brady

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Sean F Brady

文章数：10篇

Nature子刊：使用CRISPRi技术从复杂文库中高通量检索所需序列

随着测序技术的快速发展，从宏基因组文库中捕获DNA为探究微生物多样性提供了新机遇，目前构建大型宏基因组文库中靶向检索克隆仍需要多步稀释和PCR筛选，严重阻碍了进程。 CRISPR-Cas已被用于精确克隆目标基因组序列，但还未能从复杂的宏基因组库中访问序列。近日，美国洛克菲勒大学在Nature Biotechnology发表最新研究，利用核酸酶活性缺失的Cas9建立了一个CRISPR反筛选中断线路，可高效的从复杂文库中检索目标克隆。总之，该研究为科研人员挖掘以前无法接触到的微生物群落多样性提供了新工具，值得关注和尝试。

CRISPRi技术遗传多样性研究论文基础研究细菌天然产物

细菌凝集素

Nature 子刊：人类微生物组中细菌凝集素的功能和多样性

凝集素是一种非酶类的碳水化合物结合蛋白，所有生物体都将其作为建立生态位、躲避宿主防御和抵御病原体的一部分，但细菌凝集素在人类微生物组中的作用在很大程度上还没有被探索。Nature Communications近期发表的研究，通过对宏基因组衍生的Cbeg5凝集素的研究，发现该凝集素与血液和肠道中的骨髓细胞存在相互作用。并且还发现，人类微生物群含有大量未知和多样化的凝集素编码基因，提示Cbeg5凝集素可能是由凝集素介导的更广阔的宿主-微生物相互作用网络的一部分，人类微生物群编码的凝集素或代表了一个生物学上相关的、功能多样的、但在很大程度上未被研究的效应器家族。

细菌凝集素肠道微生物组凝集素Cbeg5

菌群代谢产物

3种共生菌群代谢产物或可抗新冠

mSphere上发表的一项最新研究，鉴定出了3种具有抗新冠病毒活性的人肠道菌群代谢产物，且这3种小分子分别与瑞德西韦、氟伏沙明及法匹拉韦有着相似的结构与功能。

菌群代谢产物研究论文基础研究新冠肺炎新冠病毒

菌群-宿主互作

Cell子刊：多重功能宏基因组学分析，挖掘菌群影响宿主的效应物

肠道菌群产生的效应分子（如蛋白质和小分子），是其与宿主相互作用的一个主要方式。Cell Reports近期发表的一项研究，建立了一个由14个婴儿粪便菌群构建的宏基因组文库，并对其进行大规模筛选以寻找可能影响宿主细胞免疫、自噬和氧化还原电位的效应物。这一研究方法和相关发现，扩展了人们对调节宿主途径的菌群效应物的认知，有助于深入研究共生微生物影响宿主的分子机制。

菌群-宿主互作效应物婴儿肠道微生物组宏基因组学

宿主-菌群互作

功能基因组筛选鉴定出可激活NF-κB信号通路的细菌菌株

来自mBio上发表的一项最新研究，通过将不同人体细菌菌株的基因组导入大肠杆菌中进行功能基因组筛选，鉴定出了来自6种不同的人体细菌菌株中的多种效应基因编码的蛋白可激活NF-κB信号通路。该研究提供了一种深入理解宿主-菌群互作机制的方法。

宿主-菌群互作 NF-κB functional screening human microbiome NF-κB信号通路

生物信息天然产物合成有活性的环状肽

测序细菌基因组的生物信息学分析发现了越来越多的天然产物生物合成基因簇（BGC），这类工具常用的有antiSMASH系列。本文在这些基因簇基础上，进一步设计改造新的天然产物合成通路，并生成了一种有活性的环状肽，为生物信息学设计天然产物合成提供了一种可参考的方法。

生物信息天然产物生物合成基因簇 Saman Soleimanpour Shokufeh Ghasemian Sorboni

菌群-宿主互作

Cell子刊：与GPCR互作的菌群代谢产物

菌群代谢产物对宿主健康有重要影响。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，通过大规模功能筛选，鉴定出了多种可与GPCR互作的菌群代谢产物。

菌群-宿主互作菌群-宿主互作 GPCR 菌群代谢产物 Susrutha Puthanmadhom Narayanan

土壤宏基因组

Nature子刊：从土壤中取利福平同源物，杀耐利福平细菌

利福平是治疗结核病和其它革兰氏阳性细菌感染中最常用的药物之一，其作用是通过结合RNA聚合酶阻碍基因表达来实现的。本文报道在土壤中发现了利福平的同源物——康乐霉素（kanglemycin），同样也是作用于RNA聚合酶，但是其具体机制有所不同，因而能够对利福平耐药菌产生作用。

土壤宏基因组新药研发利福平抗生素耐药菌 Kim Lewis

细菌天然产物

Cell子刊：寻找人体菌群中的活性天然产物（综述）

Cell Host and Microbe上发表的一篇最新综述文章，详细介绍了通过宏基因组学、功能基因组学、代谢组学等方法，从人体菌群中寻找生物活性天然代谢产物的方法及案例，推荐阅读。

细菌天然产物功能宏基因组代谢组学宏基因组学

Nature子刊：用非培养方法发现新型抗生素

细菌天然产物是抗生素药物的一个主要来源，但传统方法基于细菌培养，大大限制了可获得的候选抗生素。Nature Microbiology近期发表的一项研究，使用基于宏基因组分析的方法，从土壤细菌中发现了一种新型抗生素Malacidins，可有效消灭具有多重耐药性的革兰氏阳性病菌。这种无需细菌培养的方法，可为人们打开细菌天然产物的宝库，值得专业人士关注，可搭配评论文章阅读（http://www.xunludkp.com/papers/read/1039543587）。

土壤菌群抗生素发现宏基因组新药研发 Graeme L Close