特异性

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文章数：6篇

iMeta：国内团队开发出tNGS利器：跨物种超多重靶向测序引物设计软件MultiPrime

MultiPrime是一款自动化设计最小引物池的新工具，适用于对特定的菌群或基因进行针对性的靶向测序。本研究使用包含8种病毒的43,016条序列的数据集来评估multiPrime的性能，结果表明MultiPrime是一款强大且实用的工具，可以应对针对不同菌群或基因的靶向测序挑战。

靶向测序引物池目标片段引物设计工具广谱序列

高通量RNA测序

浙大Nature子刊：基于液滴的高通量单微生物RNA-seq测序方法—smRandom-seq

单细胞RNA-seq方法已广泛应用于生物领域。近日，浙江大学王永成及团队在Nature Communications发表最新研究，利用随机引物原位生成互补DNA，通过液滴微流控技术进行单微生物条形码编码，并基于CRISPR的rRNA去除法进行 mRNA 富集，在此基础上开发了一种高通量、高灵敏度的单微生物 RNA-seq方法（smRandom-seq），实测性能较好，值得关注。

高通量RNA测序 smRandom-seq 研究论文基础研究随机引物

新型RNA病毒

港城大开发新型RNA病毒的序列检测工具VirBot

本研究，作者开发了VirBot，这是一个简单而有效的RNA病毒识别工具，其基于蛋白质家族和相应的自适应比对分数阈值。作者在模拟和真实的测序数据上，对比测试了其他七种流行的病毒检测工具，VirBot在宏基因组数据集中显示出较高的精确率，在检测新型RNA病毒方面显示出卓越的灵敏度。并且作者在Github上提交了相关代码，使用指南，和测试数据， https://github.com/GreyGuoweiChen/RNA_virus_detector。

新型RNA病毒序列检测宏基因组数据蛋白家族数据库比对分数

热导法检测

灵敏快速检测样本中大肠杆菌的方法

生物感应器在食品安全、质量评价以及环境检测中的应用越来广泛。由于在生物在分子结合、受体识别、相态转变等多种过程中均会产生热的变化，因此基于热传导的生物感应受到了广泛的关注。大肠杆菌含量是是环境、食物等经粪便污染的重要指标，对食品安全、饮用水安全以及抗生素水平的评价具有重要作用。因此，如何实现对自然样本中大肠杆菌的特异地、灵敏地、快速地检测一直以来都是人们亟需解决的问题。目前常用的方法有PCR检测、菌落培养法检测以及免疫检测，但这些方法或者灵敏度高，但耗时较长，或者快速，但灵敏度低。近来有研究开发出基于热传导的检测方法，虽然快速但灵敏度不够。近期一篇发表在Biosensors and Bioelectronics上工作，对基于热传导检测大肠杆菌的方法进行了优化和改进，通过受体在不锈钢材料的固定化和热阻感应器的优化，使得基于热传导检测大肠杆菌的灵敏度大大提升至10^2CFU/mL的水平。

热导法检测灵敏度特异性 Biomimetic sensors E. coli

粪便免疫化学检测(FIT)

大便验癌：靠不靠谱？

① 纳入6204例受试者的12项临床研究；② 粪便免疫化学检测（FIT）诊断结肠癌（CRC）的平均敏感性为93%，平均特异性为91%，阳性似然比（LR+） 10.30，阴性似然比（LR-）0.08；③ FIT诊断进展型大肠肿瘤（AN）的平均敏感性为48%，平均特异性为93%，LR+ 6.55，LR- 0.57；④ 亚组分析显示，FIT界值在15- 25-μg/g粪便之间，对CRC的诊断敏感性和特异性最佳；⑤ 个人或家族性风险超过平均值的受试者，FIT对CRC的诊断准确率高，但对AN的诊断准确率中等。

粪便免疫化学检测(FIT) 结肠癌(CRC) 敏感性特异性阳性似然比

一千个哈姆莱特：不同起源的肿瘤，发生机制各异（综述）

① 肿瘤基因组学和转化医学研究揭示了分子肿瘤学特征，挑战了同一解剖部位起源的肿瘤进行同病治疗的观念；② 不同肿瘤类型可有相同的驱动，针对不同驱动进行靶向治疗，即basket或umbrella研究，用于检验一种肿瘤中的分子改变是否可外推到其他肿瘤；③ 癌基因信号传导通路在不同组织来源的肿瘤中，存在组织和细胞类型特异性；④ 本文聚焦于器官特异性肿瘤形成的分子、细胞、系统和环境决定因素，以及组织特异性癌基因输出信号传导的机制。

基因组学转化医学癌基因信号传导通路肿瘤发生特异性