Yu Kang

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文章数：6篇

康禹团队：VTwins可从宏基因组数据中推断致病微生物特征

由于受到众多混杂因素的干扰，很难从高维宏基因组数据中推断出因果关系。近日，中科院北京基因组研究所康禹及团队在Science Bulletin发表最新研究，开发出VTwins工具（https://github.com/mengqingren/VTwins），发现VTwins在处理高多样性、高维组成数据方面简单有效，可从宏基因组数据中推断致病微生物特征，值得关注。

宏基因组 VTwins 研究论文基础研究微生物特征

口腔噬菌体

康禹+王娟：口腔链球菌噬菌体增多是自闭症典型特征

自闭谱系障碍（ASD)是一种复杂的神经性和发育性疾病。由于对其病理机制认识的不足，目前没有特别有效的临床干预手段。近年来的研究发现，ASD的一个主要特征是在大脑和肠道中的慢性炎症反应，表明肠道菌群与ASD的发生关系密切。而作为与肠道菌群关系密切的口腔菌群也被证明与ASD的发生密切相关。影响菌群的构成一个重要的因素是人体共生的噬菌体的组成，但目前对于共生噬菌体与ASD的发生是否相关并不清楚。近期中国科学院北京基因组研究所康禹课题组和北京大学王娟课题组联合在NPJ Biofilms and Microbiomes上发表了其对ASD研究的最新成果，他们发现ASD患者口腔噬菌体丰度和多样性显著降低，而链球菌噬菌体丰度增加，该噬菌体毒理因子和链球菌丰度的增加与ASD的发生显著正相关。这一研究成果为口腔-大脑轴提供了新的证据，为通过改善口腔菌群而干预ASD提供了科学依据。

口腔噬菌体链球菌噬菌体口脑互作自闭症谱系障碍（ASD）研究论文

菌群-免疫互作

康禹等Science子刊：丁酸代谢菌在类风湿关节炎中发挥重要调控作用

北京大学人民医院的栗占国团队、何菁团队与北京基因组研究所的康禹团队、于军团队在Science Advances上发表的一项最新研究结果，发现在类风湿关节炎（RA）患者肠道菌群中，丁酸代谢菌的丰度发生显著改变。基于丁酸代谢菌的丰度建立的模型可准确地区分出ACPA阳性患者以及关节畸形患者。机制上，丁酸盐可通过下调促炎因子的表达，从而促进调节性T细胞（Treg）的产生，并抑制传统Th细胞及破骨细胞的产生，从而缓解关节炎。

菌群-免疫互作类风湿关节炎研究论文基础研究产丁酸菌

精神分裂症

康禹团队：精神分裂症中，肠道菌群的蛋白质发酵增强

精神疾病与营养和肠道菌群失调存在关联，但其机制尚不清楚。中科院北京基因组研究所康禹团队近期在BMC Medicine发表了一项精神分裂症（SZ）患者的病例对照研究，分析了肠道宏基因组、粪便和血浆代谢组以及日常饮食之间的关系。结果显示，SZ患者的肠道菌群明显失调，且微生物的宏量营养素代谢存在异常：SZ患者菌群代谢以蛋白质发酵为主，而健康人的菌群代谢则以碳水化合物发酵和蛋白质合成为主。由于蛋白质发酵产物通常具有神经活性，肠道菌群蛋白质发酵的增强可能为肠道菌群如何影响SZ提供了一种分子机制，同时这些发现也强调了SZ营养护理的重要性，菌群靶向性疗法具有潜力。

精神分裂症肠道菌群代谢肠-脑轴

自闭症谱系障碍

王娟+康禹：新方法揭示自闭症肠道菌群的“新”问题

自闭症谱系障碍（ASD）与肠道菌群失调密切相关，但确切机制并不清楚。由于肠道菌群非常复杂、个体差异很大，对比疾病人群和健康人群的分析方法有时难以排除干扰去找到真正与疾病相关的菌群特征。北京大学医学部孤独症研究中心王娟、中科院北京基因组研究所康禹与团队在Science Advances发表的一项最新研究中，提出了一种“类配对”（quasi-paired）队列研究策略，能将原本的队列转化为配对队列，不仅控制了个体多样性，而且增加了统计功效。通过这种方法，他们挖掘出与ASD高度相关的菌群代谢功能特征，表明ASD患儿存在菌群解毒能力不足的问题，这可能造成了内/外源性毒素在体内的积累，从而导致发生ASD的一个主要病理变化——线粒体功能紊乱。此外，基于ASD相关微生物解毒酶的诊断模型可以较好的分辨出ASD患儿，并与ASD临床评分存在一定关联。这些发现阐释了肠道菌群在ASD发病机制中的一种新作用，提示旨在恢复菌群解毒功能的干预方法或能用于治疗ASD，该研究提出的类配对队列策略，对于进行疾病相关菌群研究也有重要参考意义。

自闭症谱系障碍肠道菌群菌群代谢功能解毒作用队列研究

呼吸道菌群

国内团队：微流体芯片+全基因组扩增，助力呼吸道菌群分析

目前对呼吸道疾病中起重要致病作用的微生物群落的分类和基因功能尚不清楚，其中一个关键原因是呼吸道样本中宿主细胞/DNA的严重污染，阻碍了后续微生物基因组测序。mSystems发表的来自北京基因组研究所康禹+北京大学人民医院高占成团队的文章，描述了一种微生物样品收集和扩增的新方法(简称为MEEA)，先用微生物富集微流体装置大量富集微生物，然后在大量液滴中进行的DNA扩增，制备呼吸道微生物测序样品。在模拟样本和临床痰液样本的检测中，这种方法能有效地去除宿主细胞，扩增微生物基因组，且微生物之间没有明显的偏差，并且能分析到菌株水平，可更有效地发现前噬菌体以及对病原菌优势株进行更加全面地分析。MEEA在研究呼吸道微生物结构中具有广阔的应用前景。

呼吸道菌群宏基因组微流体富集菌株水平微流体芯片