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公共人菌群数据库需要更多的发展中国家数据

PLoS Biology上发表的一项最新研究结果，发现在全球最大的3个基因组数据库中，来自发达国家的人菌群数据占据了绝大部分，其中美国的样本接近一半，而欠发达地区（尤其是中亚及南亚）的数据较少。

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哈尔滨医科大学：gutMDisorder——疾病和干预与肠道菌群关联性的数据库资源

为了方便科研人员了解在疾病和干预中的肠道菌群失调，哈尔滨医科大学团队开发了gutMDisorder数据库，汇总了在人类和小鼠中证实的肠道微生物与疾病或干预之间的关联性信息，并为用户提供下载和检索等功能，相关成果近期在Nucleic Acids Research发表，值得专业人士关注。

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人类微生物组与疾病关联知识库构建的挑战（综述）

随着人类逐步揭示微生物组与健康、疾病之间的内在联系，相关的知识碎片越来越多。为了整合、固化这些成果，迫切需要构建一个微生物组-疾病的关联知识库。Microbiome上发表的这篇综述，介绍了知识库的结构、构建方法，认为现有的知识库和开发工具仍有很大改进空间。提出用计算机算法自动化从海量文献中提取信息是知识库构建的必然选项，其关键在于准确的识别已发表文献中微生物、疾病和确定二者之间的关系。

知识库 Natural language processing Knowledge base Microbes Disease

能不能利用现有数据研究肠道菌群？

① 组学研究（宏基因组、转录组、蛋白组以及影像等）带来了大量的研究数据；但是由于年代、技术、特定方法以及样本的不同，菌群数据库很难共享；② 菌群数据库现有：MG-RAST、Qiita及全球天然产物社会分子网；云存储平台有NIH cloud Commons，Illumina BaseSpace和Figshare；③ 数据的复杂性、多样性及不够标准化是共享的主要障碍；④ 除了公众认可最小报道数据标准外，鼓励/激励数据共享、对生命科学领域人员进行生物信息学培训等是可行办法。

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