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文章数：12篇

肠道菌群代谢物助力药物研发（观点）

发表在Trends in Pharmacological Sciences上的观点性文章。基于受体/配体相互作用，比如孕烷X受体和芳香烃受体，以及其与肠道菌群代谢物的相互作用，文章探究了基于肠道菌群代谢物的药物研发的新思路。

药物研发孕烷X受体 (PXR) 芳香烃受体（AHR）肠道菌群代谢物 biomimicry

早期菌群紊乱

鸵鸟雏鸟高死亡率或与菌群失调有关

菌群失调导致的肠道、自体免疫疾病在脊椎动物包括小鼠、人类IBD中被充分验证。但我们对于非模型动物的菌群紊乱、个体发育与疾病的关系则知之尚少。最新发表的肠道微生物组文章表明，在鸵鸟这种相对长寿的大型禽类中，出生前三个月的死亡率非常高，或可由肠道菌群紊乱导致。值得思考的是鸵鸟肠道菌群失调的特征、致病共生菌和“有益”共生菌的变化模式与人类相似。或许在进化过程中，致病“肠型”在不同物种间相对恒定？

早期菌群紊乱死亡率相关 Dysbacteriosis Gut microbiota Microbial diversity

矿大团队综述：菌群与疾病的计算模型开发

人体中的微生物已被证明在各种生理过程中起着重要作用，例如增强免疫力，改善胃肠道的消化和增强代谢功能。越来越多的研究结果表明，人类非传染性疾病的出现与微生物之间有着密切的联系，这为我们进一步了解疾病的发病机理提供了新的见解。然而，应用生物学实验方法揭示微生物-疾病关联是昂贵且低效的。近年来，越来越多的研究人员构建了多种计算模型，以预测可能与疾病相关的微生物。本文首先简要介绍微生物和数据库以及与它们相关的在线服务器。然后，主要介绍四种计算模型，包括基于得分函数的模型，基于网络算法的模型，基于机器学习的模型和基于试验分析的模型。最后，作者总结了它们的优缺点，并为基于计算模型揭示微生物-疾病关联的未来工作指明了方向。

疾病微生物关联预测计算模型网络算法

饮食-菌群-宿主互作

食物如何影响对肠道致病菌的定殖抗性（综述）

近期研究表明食物组成可影响宿主对肠道致病菌感染的易感性。Annual Review of Microbiology上发表的一篇综述文章，详细介绍了肠道菌群与宿主产生对肠道致病菌的定殖抗性的机制，并讨论了各种食物组分如何通过直接或间接的方式影响定殖抗性，同时概述了现有的用于研究定殖抗性的小鼠模型及其存在的缺陷，最后展望了通过调控食物组分防治肠道致病菌感染的潜能。

饮食-菌群-宿主互作 Enterobacteriaceae Salmonella typhimurium Gut microbiota mouse model

膳食因素干预婴儿早期营养不良（综述）

婴儿的早期发育对后续机体的健康起着至关重要的作用。本文就生命发育的窗口期，基于肠道菌群-宿主相互作用，探究不同膳食成分对其的影响。研究分析结果显示，这些膳食成分通过不同的作用机制影响肠道菌群与宿主的相互作用，进而干预窗口期婴儿体内的早期编程，影响其发育。文章认为，对肠道菌群-宿主相互作用机制的深入了解，需要进一步研究。在此基础上，膳食因素对肠道菌群-机体互作的干预，可能为婴儿早期发育不良提供潜在的干预方案。

营养不良 undernutrition malnutrition Diet Microbiome

人类微生物组与疾病关联知识库构建的挑战（综述）

随着人类逐步揭示微生物组与健康、疾病之间的内在联系，相关的知识碎片越来越多。为了整合、固化这些成果，迫切需要构建一个微生物组-疾病的关联知识库。Microbiome上发表的这篇综述，介绍了知识库的结构、构建方法，认为现有的知识库和开发工具仍有很大改进空间。提出用计算机算法自动化从海量文献中提取信息是知识库构建的必然选项，其关键在于准确的识别已发表文献中微生物、疾病和确定二者之间的关系。

知识库 Natural language processing Knowledge base Microbes Disease

膳食指南不应推荐减少红肉摄入（综述）

Critical Reviews in Food Science and Nutrition上发表的这篇综述，是对2019年1月份发表在Lancet上的一篇文章（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1037698628）的反驳。该综述认为，红肉对健康有害的论断是不合理的，大量减少肉类摄入反而会带来健康危害。关于该综述，有几点需注意：1）该综述一直强调人类从远古时候就适应了摄入大量肉类，但远古时候和现在相比，相差的也不仅仅是肉类摄入，还包括加工方式，生活方式等其他因素。2）该综述提到，营养学上用食物频率问卷来测量膳食摄入是存在误差的。使用食物频率问卷确实会存在误差，因此营养学研究必须要求使用的问卷是经过验证可行的（与更为准确，但成本更高的膳食记录法比对）。3）该综述同样没有考虑环境保护。在环境问题日益严重的今天，我们是不可能像以前那样不考虑环境因素的。而且环境问题本身也会影响人类健康。

红肉 red meat health vegetarianism veganism

宿主-菌群共进化

共生菌群如何在人类基因组中留下“印记”？（综述）

共生菌群影响着人类对于环境的适应性，Trends in Parasitology近期发表综述，探讨了共生菌群与人类基因组之间的双向互作，提出菌群作为特定基因突变与疾病易感性之间的介导因子，可能在塑造人类基因组中也发挥重要作用。

宿主-菌群共进化 Microbiome evolution human genome Gut

菌群-宿主互作

荟萃分析指示肠道菌群或可用于疾病诊断

肠道菌群与许多人类疾病相关。《mSystems》近期发表荟萃研究，纳入近2000份人类粪便菌群数据，发现肠道菌群特征可用于区分疾病和健康人群，或有助于开发基于菌群分析的疾病诊断方法。

菌群-宿主互作疾病诊断 arthritis Cancer Disease

食物与菌群互作及其对健康的影响（综述）

发表在Annual Review of Food Science and Technology上的这篇综述文章，依次论述了人体菌群特点、影响菌群的因素、菌群与疾病、不同膳食对菌群的影响以及该领域未来的发展方向。文章指出，菌群是膳食与健康之间的纽带和桥梁，菌群导向的食物对健康的影响可能需要一个长期的过程。食物-菌群-健康之间的研究需要多学科专家的共同参与。

食物菌群健康 Disease food

病原功能体

Microbiome：所有疾病，或都可见变“坏”的菌群！

这是两位以色列科学家写的短文，立意很大胆，或许会有人第一眼觉得不可思议甚至惊世骇俗。不过虽然文章不长，两位以色列人举出的论据可是很充分的，对你可能会提的问题也是有解答的。如果你有反驳的冲动，建议认真看完再表达哦！所以，看完你有什么观点？

病原功能体 Disease Microbiome microbiota Pathobiome

GP：菌群在肠道之外的疾病中的作用

肠道菌群与众多其他器官的病变有关，甚至跟眼部疾病有关，你信么？反正这篇文章是介绍了一些相关知识，值得读一读。

微生物组微生态失调疾病 Microbiome Dysbiosis