Itzhak Mizrahi

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Itzhak Mizrahi

文章数：7篇

微生物生态学

Nature子刊：质粒编码防御蛋白，抵抗毒素

肠道环境有非常密集的微生物生态系统，其中质粒广泛分布。质粒促进了微生物之间遗传物质的交换，同时使各种辅助功能得以转移。然而，它们对微生物群落组成和功能的确切影响，尚不清楚。Nature Microbiology近期发表的文章，发现质粒编码的防御蛋白可对肠道微生物产生的毒素——罗伊氏素具有抵抗功能，从而对群落结构产生影响，同时还能介导攻击菌和防御菌之间的代谢交换，互惠互利。

微生物生态学质粒

宏基因组测序

SCAPP：组装宏基因组质粒的Python包

本研究开发了 SCAPP（一个易于使用的 Python 包），可以从宏基因组样本中组装完整的质粒序列。SCAPP 以 Recycler 算法的一些关键思想为基础，同时通过整合有关质粒的生物学知识改进质粒组装。在大多数情况下，它的性能优于现有的宏基因组质粒组装软件，SCAPP 是开源软件，可从以下网址获得：https://github.com/Shamir-Lab/SCAPP。

宏基因组测序组装质粒算法 Python

瘤胃微生物组

Nature Reviews：瘤胃菌群——肉品供应与甲烷减排（综述）

瘤胃微生物组甲烷排放约占全部人为排放量的18%。Nature Reviews Microbiology最新发表的综述探讨了瘤胃微生物组成、生态系和代谢，以及对动物生理和环境的影响。未来的甲烷减排策略在于平衡粮食安全和环境保护间的关系，这也应是科学家深入研究的方向。

瘤胃微生物组甲烷减排综述

微生物生态学

Nature子刊：鱼肠道的核心菌群

Nature Microbiology发表研究，以欧洲鲈鱼的肠道为模型，研究不同生境（不同肠道部位）和不同饮食因素对核心菌群的影响，发现核心微生物的种间协同作用，以及种内多样性，是维持核心菌群稳定存在重要内在原因。

微生物生态学鱼肠道菌群核心菌群 Marta Guasch-Ferré Marta Guasch-Ferré

Science子刊：改善奶牛生产的潜在瘤胃菌群靶点

《Science Advances》近期发表的一项研究，分析了一千头奶牛的瘤胃菌群，从中鉴定出核心菌群成员，其中与宿主基因相关的39个菌种，构成了可遗传核心菌群，在机器学习建模中较好的预测了奶牛的多种表型，或许是改善奶牛生产性状的菌群靶点。

瘤胃菌群奶牛 Zhongyu Li Hongliang Chen Li Wang

菌群代谢物改变微生境，驱动菌群组成的变化

ISME Journal发表的一项最新研究中，分析了牛在喂食前后一段时间内瘤胃菌群随时间的变化情况，提出牛进食后瘤胃菌群的代谢产物改变了瘤胃微生境，从而导致菌群的组成和功能发生改变。

瘤胃菌群微生物生态菌群组装微生境修饰瘤胃微生物

反刍动物中特殊的微生物依赖的能量获取效率机制研究

① 反刍动物能将人类难以消化的植物生物质转化为可消化产物，其中瘤胃微生物在奶牛从饲料获取能量—即“饲料效率” 的过程中发挥关键作用；② 分析了146头奶牛的饲料效率及78个极端的瘤胃微生物组成、遗传基因含量、微生物活性以及代谢组学；③ 微生物基因组和物种分类能够准确地预测动物的饲料效率表型，较低的微生物基因含量及分类丰富性与较高的饲料转化效率相关；④ 特定微生物及代谢通路的富集造成更好的饲料转化效率及更低的甲烷释放。

反刍动物微生物饲料转化效率 Jeffrey S Gerber Theoklis E Zaoutis