Bärbel Stecher

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文章数：13篇

Nature子刊：营养和宿主环境决定肠道合成菌群的群落生态和关键物种

了解与健康和疾病相关的微生物组特征中一项具有挑战性的任务是超越描述性的群落水平分析，转向解开微生物相互作用网络。近日，德国慕尼黑大学医学院研究人员在Nature Communications发表最新研究，使用体外分批培养法分析了OMM12合成菌群在不同培养基中的群落组成，发现营养和宿主环境会决定肠道合成菌群的群落生态和关键物种，值得关注。

关键物种营养和宿主环境研究论文基础研究合成菌群

抗生素进化适应

Cell子刊：抗生素如何影响肠道菌群的生态？

Cell Host and Microbe近期发表的文章，探讨了多次的抗生素治疗对无菌小鼠肠道微生物组稳定性的影响。研究揭示了复杂的群落动力学、菌株特异性适应、生长速率的改变和原噬菌体活性的变化，表明宿主相关微生物群落在选择性压力下使用不同的策略来保持稳定性。

抗生素进化适应微生物群落动力学耐药性

合成肠道菌群OMM12的体外互作研究

微生物组研究的一个关键挑战，是了解微生物间互作如何影响群落水平结构和相关功能。ISME Journal发表的这项研究，以OMM12合成菌群为研究对象，通过体外的单菌培养、成对共培养、群落培养，结合代谢网络重建和细菌培养基上清代谢组学分析，揭示了单个群落成员的代谢能力，以及群落成员之间的相互作用。

肠道菌群合成菌群

Nature子刊：GM15小鼠肠道菌群模型

小鼠是最常用的哺乳动物模式生物，在肠道菌群研究中有重要地位，但目前的小鼠研究模型仍存在菌群标准化的问题。Nature Communications发表的这项研究在这方面进行了探索，建立了一种含15个菌株的小鼠肠道菌群简化模型，并对其进行了表征。这一标准化的小鼠菌群模型，或能帮助改善关于宿主-微生物互作和微生物-微生物互作的临床前研究的可重复性。

肠道菌群动物模型合成菌群

Cell子刊：大肠杆菌能否抵抗病菌入侵？肠道菌群背景是关键

肠道菌群可对病原体发挥定植抵抗作用，这种作用的强弱取决于菌群自身的组成。Cell Host and Microbe近期发表的一项研究表明，大肠杆菌在特定的菌群背景下，能发挥对沙门氏菌的定植抵抗作用。该研究显示，当宿主原有的肠道菌群能有效地从肠道中清除游离糖时，大肠杆菌会与沙门氏菌竞争碳源半乳糖醇，从而阻止沙门氏菌侵占生态位。

定植抵抗大肠杆菌细菌种间竞争肠道菌群

菌群的进化

Cell子刊：6年追踪小鼠菌群的演化与适应

肠道免疫大佬Andrew Macpherson团队在Cell Host & Microbe上发表的文章，研究在SPF条件下，已知全部定植细菌类群基因组信息的限菌小鼠中，菌群如何演化与适应。并试图回答在理想的实验环境中，肠道菌群遗传漂变的界限到底在哪里。

菌群的进化等基因限菌动物模型其他基础研究 microbiota evolution

胆汁酸代谢

构建研究次级胆汁酸的小鼠模型

E.muris菌是一种新发现的小鼠肠道细菌，可通过7α-脱氢作用将胆酸（CA）代谢为脱氧胆酸（DCA）。虽然胆汁酸影响代谢和炎症反应，但很少有体内模型可用于研究其代谢和对宿主的影响。Gut Microbes近期发表的文章，发现E.muris菌可在悉生小鼠中稳定定植，并产生次级胆汁酸，该模型可以用于研究次级胆汁酸在体内的病理生理作用。

胆汁酸代谢 E. muris 悉生小鼠

宏基因组学

Cell子刊：人体菌群中天然CRISPR系统和靶标的鉴定

本研究使用2355个宏基因组对整个人体菌群中的CRISPR位点和cas基因进行了分析，通过将间隔区序列与每个样品的宏基因组和相应的基因家族对齐，从而产生了290万个间隔区的功能和分类学概况，进而进行了CRISPR系统的分类和功能表征，与cas基因丰度的定量一起，本文揭示了CRISPR-Cas系统及其靶标的潜在作用，以及细菌与病毒关系的进化特性和原理。该研究也提供了人类菌群中天然CRISPR-cas基因座和靶标的全面数据库。

宏基因组学 CRISPR-Cas CRISPR系统噬菌体

肠道微生物

Cell子刊：肠道中细菌和噬菌体共存的机制

Cell Host and Microbe近期发表的文章，对哺乳动物肠道中细菌和噬菌体共存的机制进行探究，发现噬菌体在肠道的空间分布不均匀，形成细菌的空间避难所，从而促进两者的共存。这可能会影响针对肠道病原体的噬菌体治疗的整体疗效。

肠道微生物 microbiota intestinal microbes mucosa Viruses

致病共生菌

“致病潜力”或可助力解开肠道生态系统的谜团（观点）

致病共生菌是指仅导致疾病的共生菌。在目前菌群和微生态领域的研究中，“致病共生菌”这一概念被广泛用于肠道细菌的分类。但这一概念尚无统一的标准，也缺乏严谨的因果关系证据和充分深入的机制研究作为应用这一定义的基础和依据。在发表于《Trends in Microbiology》的这篇评论文章中，作者系统地分析了“致病共生菌”这一定义的由来，在菌群研究领域的广泛应用，以及在研究和应用中体现出的不足。针对这些局限性，作者提出了“致病潜力”这一概念，用以定量反映细菌的致病能力。作者认为“致病潜力”可帮助我们了解复杂的肠道生态系统。

致病共生菌致病潜力 Sunmin Park Xuangao Wu

菌群-免疫互作

Science子刊：特定共生菌群表位促进结肠Treg产生以抑制肠道炎症

肠道菌群是内源性非自身抗原的最大来源，可被免疫系统识别，但通常不会激活淋巴细胞的应答，CD4+ T细胞维持对菌群抗原的免疫耐受中发挥重要作用。Science advances上发表的一项最新研究，通过构建CD4+ TCR+ 杂交瘤细胞，鉴定出了一系列可激活Treg的共生菌群抗原，其中Akk菌是Treg识别表位的主要来源，Akk菌定殖可通过诱导Treg的产生，以缓解结肠炎小鼠模型的疾病并延长其生存期。该研究提示，这类可诱导Treg的共生菌群表位或可用于IBD等疾病的治疗。

菌群-免疫互作菌群-免疫互作 Treg 肠道菌群相关表位 AKK菌

COIM：测序盛行，但培养法仍是菌群研究利器！（综述）

测序盛行的年代，不要忘记历史悠久的培养法哦！本综述很值得一读。

培养方法

Nature子刊：人工组合10几株菌，就能让小鼠抵抗沙门氏菌

这是最近较为令人震惊的研究，人工组合生成一个最小细菌群落，就可以提供对鼠伤寒沙门氏菌的定植抗性，优化以后，可以有更强的功能。人工设计和组合菌群，会成为未来可靠的感染性疾病应对方法么？

定殖抗性基因组指导设计最小细菌群落 Saba Noor Iqbal Parwez