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文章数：4篇

纳米孔测序

Nature子刊：房刚团队报道检测细菌DNA甲基化的新方法，助力菌群研究

美国纽约西奈山医学院房刚课题组在Nature Methods发表文章，从各种各样的细菌物种中生成了一个训练数据集，并开发了一种名nanodisco（https://github.com/fanglab/nanodisco）的新方法，利用纳米孔测序同时检测多种细菌DNA甲基化基序，并利用细菌DNA甲基化多样性增强菌群分析分辨率。

纳米孔测序 DNA甲基化 PacBio测序宏基因组组装可移动原件

人类肠道病毒组

微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日，中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序，基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列，提供有关病毒多样性的更多信息，且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外，使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰（甲基化）信号进行检测。

人类肠道病毒组富集扩增牛津纳米孔技术表观基因组学

单细胞组学

单细胞组学：如何利用细胞内部特征和病人特点研究消化道与疾病？（综述）

单细胞组学是基于二代测序、质谱及成像的新生技术，由于实验方案还具瑕疵降低了可重复性、大数据分析对生信和计算机相关专家要求高、花费和整套分析时程长等原因仍处于发展阶段，特别是在地方诊所做到直接采集并制备高质量样品仍是挑战。但作为精准医疗的基石，单细胞组学临床应用前景巨大。Gastroenterology上发表的一篇综述介绍了单细胞转录组（scRNA-seq）、基因组、单细胞表观基因组（sc-Hi-C）、蛋白组、代谢组学（MALDI）的相关技术进展和在消化道疾病如结直肠癌（CRC）和IBD研究中的应用。文章提出整合多组学分析单细胞特征并最终应用于临床诊断、治疗、预后是该领域研究的下一个前沿。

单细胞组学 heterogeneity Transcriptomics proteomics metabolomics

Nature子刊：IBD患者的结肠炎症与菌群组成及表观遗传谱相关

Nature Communications上发表的一项最新研究，对比分析了IBD（包括溃疡性结肠炎（UC）及克罗恩病（CD））患者及非IBD对照人群的结肠菌群及结肠上皮的DNA甲基化修饰，发现结肠粘膜的炎症部位与非炎症部位的菌群组成及DNA甲基化存在显著差异。结合菌群、饮食、宿主基因型及表观遗传组，可较准确地区分UC患者、CD患者及非IBD人群。

IBD Data processing Epigenomics IBD DNA甲基化