proteomics

肠-脑轴 Gut microbiota Hypothalamus Neuropeptidomics proteomics

mSystems上发表的一项研究，报道了一种高通量的粪便蛋白质组分析流程——SHT-Pro，具有可定量、可重复、高效率等优点，或能助力粪便蛋白质组学在大规模临床研究中的应用。

宏蛋白质组学 Diet fermented fiber high-throughput

近期，法国开始禁止在食品中添加二氧化钛（TiO2，编号E171）。来自Small上发表的一项最新研究，对比了TiO2 E171与粒径更小的TiO2纳米颗粒（TiO2 NP）对小鼠的影响，发现2种TiO2均无明显的毒性，但可改变肠道菌群组成，并可诱导结肠炎症应答，而TiO2 NP的促炎作用更强。而在肥胖小鼠中，TiO2的促炎作用更加显著。

食品添加剂 Gut microbiota high‐fat diet Inflammation oral exposure

人肠内分泌细胞

Cell：描绘人肠内分泌细胞的mRNA和分泌蛋白质组的高分辨率图谱

肠内分泌细胞（EEC）可感知肠道内容物并释放激素，调节胃肠道活动、全身代谢和食物的摄入。但EEC总体数量少且没有相关体外模型，对EEC各亚型及其分泌产物的研究具有挑战。近期发表在《Cell》的文章，创建了体外类器官诱导产生肠段特异性EEC和基因编辑标记EEC分泌激素的技术，绘制出人EEC表达图谱和分泌蛋白质组图谱，为深入了解人EEC的发育和功能提供了宝贵资料。

人肠内分泌细胞 mRNA图谱分泌蛋白质组图谱 enteroendocrine cell Organoids

衰老

Cell子刊：衰老和饮食限制或影响肠上皮细胞的蛋白质组

小肠负责营养物质的吸收，是环境和身体最重要的交互界面之一。衰老过程中，上皮细胞的变化导致食物吸收障碍和屏障功能降低，增加疾病风险，但这些变化的驱动因素尚不清楚。《Cell Reports》发表的文章，对不同年龄小鼠的不同区域的小肠隐窝进行蛋白质组研究，描绘出小肠区域性和年龄依赖性蛋白质组变化的图谱。同时揭示出老化的小鼠对饮食改变缺乏适应性，而饮食限制后再进食有助于部分恢复隐窝细胞组成，并且肠干细胞的酮体代谢与分化命运存在联系。

衰老饮食限制 aging dietary restriction Hmgcs2

新生儿肠道代谢组

Nature子刊：细菌定殖重组新生儿肠道代谢组

Nature Microbiology的这篇文章介绍了非裔美国新生儿在生命初期肠道菌群定殖及相关代谢物的变化特点。该研究的亮点包括使用了包括基因组、蛋白组和代谢组在内的多组学研究，认为大肠杆菌虽是兼性厌氧菌，但在新生儿出生后仍处于厌氧环境中生长，暗示新生儿的大肠环境本就是无氧的，而非通常认为的通过兼性厌氧菌消耗氧气促进严格厌氧菌的后续定殖。

新生儿肠道代谢组细菌定殖 metabolomics metagenomics Microbiome

单细胞组学

单细胞组学：如何利用细胞内部特征和病人特点研究消化道与疾病？（综述）

单细胞组学是基于二代测序、质谱及成像的新生技术，由于实验方案还具瑕疵降低了可重复性、大数据分析对生信和计算机相关专家要求高、花费和整套分析时程长等原因仍处于发展阶段，特别是在地方诊所做到直接采集并制备高质量样品仍是挑战。但作为精准医疗的基石，单细胞组学临床应用前景巨大。Gastroenterology上发表的一篇综述介绍了单细胞转录组（scRNA-seq）、基因组、单细胞表观基因组（sc-Hi-C）、蛋白组、代谢组学（MALDI）的相关技术进展和在消化道疾病如结直肠癌（CRC）和IBD研究中的应用。文章提出整合多组学分析单细胞特征并最终应用于临床诊断、治疗、预后是该领域研究的下一个前沿。

单细胞组学 heterogeneity Transcriptomics proteomics metabolomics

潘氏细胞

潘氏细胞响应菌群信号，促进血管生成

潘氏细胞是肠上皮中的一种细胞，能分泌抗菌肽，调控肠道菌群稳态。Journal of Hepatology发表的一项研究发现，潘氏细胞除了分泌抗菌肽，还能在菌群的刺激下分泌促血管生成的信号分子，进而影响门静脉高压。

潘氏细胞血管生成 Intestinal microflora bacterial-derived products Antimicrobial peptides

间歇性禁食

隔日禁食干预代谢性疾病的可能机制

文章利用多组学分析，整合了肝脏蛋白质组学、靶向代谢组学数据，找出来隔日进食（EODF）对小鼠肝脏内关键代谢通路，尤其是脂质代谢相关调节，的影响。通过基因集富集分析，揭示了HNF4α在此过程中发挥的关键作用。研究结果在一定程度上揭示了EODF干预代谢性疾病的机制。不同的禁食形式及其对不同品系小鼠的影响需要进一步研究。

间歇性禁食隔日禁食 Intermittent Fasting proteomics metabolomics

类器官

Nature子刊：类器官细胞分型新技术

蛋白翻译后修饰信号的检测可用于鉴定细胞类型和描述细胞状态。Nature Methods近期发表的研究开发了一种结合蛋白翻译后修饰信号检测、流式细胞技术的新方法，可以在单细胞水平分析类器官中的细胞类型和状态，并成功用该方法分析了正常、癌化肠道类器官中的细胞情况。该方法大大增强了对类器官内细胞功能和状态的分析能力，值得借鉴。

类器官 Cancer microenvironment Cell signalling Cellular signalling networks phosphorylation

蛋白质更新

Cell子刊：肠道蛋白质更新的区域特异性与菌群反应性

Cell Reports近期发表的文章，生成了一个通用的综合数据库，阐明小鼠肠道上皮细胞和黏液单个蛋白质的更新动态及肠道空间位置和菌群对其的影响。

蛋白质更新肠上皮 bacteria colon colonization

益生菌

内蒙农大：植物乳杆菌P-8适应抗生素时发生了什么变化

内蒙古农业大学张文羿团队近期在mSystems发表研究，分析了植物乳杆菌P-8在对抗生素的适应中发生的变化，发现一些应激蛋白可能有助于细菌形成抗生素耐药表型，并表明相关基因通过可移动遗传元件传播给其它细菌的风险比较低。该研究为具有高耐药性的新型益生菌的生物安全性，提供了新的见解。

益生菌抗生素耐药性 Lactobacillus Lactobacillus plantarum P-8 adaptive laboratory evolution

蛋白网络

器官水平蛋白网络可作为微生物的宿主效应的参考

探索微生物群落对宿主影响的机理研究通常是由无菌小鼠完成。《Genome Research》的这篇文章为探索微生物定殖于肠道内外时不同蛋白的作用，使用蛋白质组学的方法分析鉴定小鼠不同器官的蛋白、建立蛋白网络并将其3D视化，使菌群研究者由此深入探究宿主-微生物互作下特定器官和生物体内的变化。

蛋白网络 microbiota Tandem Mass Tags Organ Proteomics gnotobiotic mice

衰老

衰老会导致哪些功能性菌群缺陷？

Aging Cell近期发表的文章，对幼儿、成年人和老年人的粪便蛋白质进行分析，发现色氨酸和吲哚代谢相关的蛋白质合成随着年龄增长而逐渐降低，在34-35岁则有90%一生的降低。这提示我们在34岁就应该关注是否出现色氨酸和吲哚代谢的缺乏，以便积极进行饮食干预。

衰老 Ageing indole metabolomics Microbiome

结直肠癌

多组学分析结直肠癌特异性外泌体成分

外泌体是自然分泌的由生化分子（包括RNA、代谢产物、脂质和蛋白质等）组成的纳米囊泡，可作为诊断工具和疾病特异性报告。组学技术近年来较为流行，并常用来发现并鉴定外泌体成分。最新发表在Cancer Letters的一项研究，利用组学技术建立了一个系统方法，可同时分析在结直肠癌中发生改变的代谢产物、脂类和蛋白质。该研究发现，与健康对照相比，在结直肠癌中，不饱和脂肪酸合成、苯丙氨酸-酪氨酸-色氨酸合成、氨酰tRNA合成途径发生显著改变。该研究有助于发现低丰度特征成分，并解释结直肠癌的分子基础。

结直肠癌 exosome proteomics metabolomics MiRNA

肝癌

国内团队Cell发文：乙肝相关肝细胞癌患者的蛋白基因组学特征

来自复旦大学中山医院的樊嘉院士团队、中国科学院上海药物研究所的周虎团队及上海生物化学与细胞生物学研究所的高大明团队Cell上发表的一项最新研究，对乙肝相关肝细胞癌患者的基因组学、转录组学、蛋白组学、蛋白磷酸化组学数据进行整合分析，发现基于多组学数据，可将肝癌患者分为3个亚群，不同亚群的患者具有不同的预后情况及潜在治疗靶点。这一研究有望在将来为肝癌的预后判断、分子分型和个性化治疗提供精准指导。

肝癌 AA signature ALDOA CTNNB1 hepaotcellular carcinoma

治疗靶标

Nature：号外！中国学者发现治疗早期肝细胞癌的新靶标！

乙型肝炎病毒感染是我国肝细胞癌的主要诱因。国家蛋白质科学中心和复旦附属中山医院近期联合在Nature上发表研究，利用蛋白组学将早期肝细胞癌进行分型，并发现了可有效抑制高死亡率亚型的治疗靶标和对应药物，对于研究癌症病理、开发个性化治疗手段具有重要参考价值！

治疗靶标蛋白质组学 liver cancer proteomics 动物实验

食物蛋白脱敏

河北农大李慧静等：高静水压技术降低大豆蛋白致敏性

蛋白质组学手段可用以衡量食品加工手段的有效性。本研究发现，高静水压技术可以降低大豆蛋白的致敏性，增加其用于婴儿配方奶的安全性。本研究运用了多种免疫、蛋白质组学研究方法，对研究食品致敏原、提高食品安全性具有参考价值。

食物蛋白脱敏高静水压技术 High hydrostatic pressure Soy protein isolate infant formula

植物菌群

Cell子刊：运用组学方法揭示植物共生菌群功能（综述）

植物-菌群互作对植物的生长具有重要影响，而阐释共生菌群的基因功能对研究植物-菌群互作非常重要。本综述回顾了研究共生菌群功能的多组学方法，比较了各种组学方法在阐释共生菌群基因功能上的优缺点，并总结了目前已发现植物共生菌群功能。本文对研究植物-菌群互作，并以此开发促进作物生长的新手段具有参考价值。

植物菌群 gene function genomics metabolomics Omics

腹泻

Cell：短期渗透性腹泻可引起菌群的长期改变

聚乙二醇是治疗便秘的常用药物，可引起渗透性腹泻，有些人为控制体重或“排毒”也会时不时的用药泻一泻。Cell刚刚发表一项来自斯坦福医学院的研究，却提醒人们这类泻药造成的短期腹泻，可能引起肠道菌群的长期改变。善待肠道菌群，从慎吃泻药做起~

腹泻渗透性腹泻泻药 PEG diarrhea

组学

Cell子刊：增重或减重期间的综合组学特征

这是Cell Systems[IF：8.406]在近期发表的一篇很有意义的研究，分析了健康志愿者在30天增重、7天体重维持、30天减重的体重变化期间的各种组学特征的变化。这会是很多专业人士所关注的，特别推荐。

组学体重变化 genomics metabolomics Microbiome

衰老

Aging：衰老及少肌症与肠道菌群相关

这是在大鼠模型中研究衰老与肠道菌群相关性的研究，值得关注，特别推荐！

衰老少肌症 aging lipidomics Microbiome