Paul Wilmes

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文章数：10篇

微生物生态学

Nature子刊：基于菌群周期和环境参数的互作预测开放微生态动态变化

预测复杂微生物群落的行为模式一直是一个难题，Nature Ecology & Evolution发表的文章尝试通过收集集成荟萃组学数据，基于菌群周期和环境参数的互作预测开放微生态动态变化。

微生物生态学多组学研究论文

Cell子刊：饮食驱动的肠道菌群curli蛋白或可加剧帕金森病

帕金森病（PD）是一种神经系统疾病，其特征为运动功能障碍、多巴胺能神经元丢失及形成α-突触核蛋白（αSyn）聚集，饮食驱动的肠道菌群失调和屏障功能降低可能会增加肠道神经元对毒素的暴露并影响疾病进展。近日，发表在Cell Reports上的这篇文章，发现纤维剥夺和菌群curli（与αSyn互作蛋白）会改变肠道细菌数量并加速PD疾病的发生，为饮食和菌群负荷如何通过肠-脑轴调节PD进展提供了重要见解，并对PD生活方式管理具有影响。

新冠肺炎患者中肠道菌群的感染能力增强

SARS-CoV-2感染对胃肠道及其常驻菌群具有显著影响，但目前肠道菌群改变是重症患者所特有的还是在新冠肺炎患者中的普遍存在，目前尚不明确。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，利用高分辨率的系统多组学分析无症状到中度新冠肺炎患者的肠道菌群，并发现新冠肺炎患者肠道菌群感染能力发生改变并增强。

菌群-免疫互作

Cell子刊：慢性疾病中的菌群分子与免疫通路的互作

人类肠道微生物组与健康和疾病有着错综复杂的联系。微生物衍生的分子与许多涉及炎症的慢性疾病有关。Cell Host and Microbe发表的这篇Snapshot，总结了免疫原性的菌群分子的多样性和复杂性，并将其命名为“暴露生物组”（expobiome）。作者认为，暴露生物组与人类免疫途径之间的相互作用可以为多种慢性疾病提供新的机制假说。通过整合现有数据，作者构建了一个在线工具——暴露生物组图谱Expobiome Map（https://expobiome.lcsb.uni.lu/），可供专业人士探索菌群-免疫互作在慢性疾病中的潜在作用。

菌群-免疫互作菌群代谢物与衍生物慢性疾病分析工具

肠道菌群分子复合物

Cell子刊：肠道菌群分子复合物在人类健康和疾病中的作用（观点）

人体肠道菌群可产生功能性生物分子复合物，并以多种方式影响人类病生理进程。Cell Host and Microbe上的一项Forum总结了肠道菌群分子复合物的功能与作用，加深宿主-菌群相互作用的理解，有益于人类疾病的新诊断、预后、预防和治疗途径开发。

肠道菌群分子复合物菌群-免疫互作其他基础研究

抗生素耐药组

Nature子刊：单一疗程的抗生素如何影响肠道菌群耐药性？

抗生素耐药性（AMR）的出现和传播，是全人类共同面临的挑战。Nature Communications发表的这项研究表明，单一疗程的抗生素治疗会导致Akk菌等肠道细菌的耐药性，而整合子在介导这种耐药性方面起着关键作用。

抗生素耐药组肠道菌群

功能宏组学为长读长和短读长的组装提供重要见解

本研究中，作者评估了四种不同复杂性的宏基因组样本的仅有短读长、仅有长读长和混合组装的方法，揭示了组装方法对从低多样性到高多样性的样品，从模拟群落到人类粪便和瘤胃宏基因组的预测基因和蛋白质的影响。作者提出了一种与参考无关的解决方案，该解决方案利用多组学数据集成的协同效应，使用长读长测序数据对菌群进行原位研究。本研究的发现为宏基因组重建的关键评估铺平了道路。

三代测序长读长牛津纳米孔技术混合组装功能组学

婴儿粪便菌群

FM：出生第一年，婴儿肠道古细菌/细菌/真菌有何特征？

婴儿出生后，肠道里的各种微生物都会有什么特征，特别是除了细菌，古细菌、真菌等呈现什么样的状态？这项研究给出了一部分答案。

婴儿粪便菌群剖腹产顺产古细菌真核微生物

Engineering：靠谱的人体-微生物界面体外模型—HuMiX

菌群研究越来越离不开一些靠谱的体外模型和实验平台，这篇文章介绍的HuMiX，值得关注。

HuMiX模型微流控器官芯片体外模型宿主-菌群相互作用

Nature子刊：家族性一型糖尿病患者的肠道菌群

家族性自身免疫性疾病的发生，除了遗传，肠道菌群的影响可能也不容小觑，这个研究选取4个患有家族性一型糖尿病的家庭，对肠道菌群进行宏基因组、宏转录组、宏蛋白组水平分类学、功能学分析。家庭成员之间、不同家庭之间，他们的肠道菌群有什么特点？好好看看这篇文章。

肠道菌群多组学分析家族性一型糖尿病一型糖尿病