Niranjan Nagarajan

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Niranjan Nagarajan

文章数：11篇

Nature子刊：健康人血液中不存在“核心”菌群

传统观点认为血液应该是无菌环境，而病原体一旦进入血液，会增殖引发宿主反应失调，导致败血症及感染性休克等临床症状。先前一项研究发现大多数癌症的组织和血液中具有共性微生物的DNA特征，但仍存在诸多问题等待解答。近日，新加坡基因组研究所研究人员在Nature Microbiology发表最新研究，基于对9770个健康人的血液测序，发现健康人血液内不存在相似的微生物群落，且微生物的种类与健康人的表型无明显关联。此外，82%的健康人血液样本中并未检测到微生物。这也间接说明癌症病人血液的微生物可能是由于在疾病状态下黏膜和上皮屏障的完整性受到损害导致微生物能够进入血液，从而引起血液微生物谱的改变，提示我们基于血液微生物的疾病诊断需要基于病理组织的微生物谱变化，值得关注。

血液菌群健康人研究论文基础研究活细菌

宏基因组组装基因组 (MAG)

Nature子刊：基于混合测序的东南亚人高质量肠道微生物基因组集合

新加坡基因组研究所等机构在Nature Communications发表了最新研究，借助于二三代混合测序，结合Hi-C技术，对新加坡地区东南亚人的肠道菌群进行了以基因组为中心的研究，获得了数千个肠道微生物的高质量基因组，显著提升了现有基因组的质量，发现了大量新的代谢产物合成基因簇，揭示了东南亚人群肠道菌群的多样性特征，强调了基于混合宏基因组测序的参考基因组在生物多样性和潜在代谢产物挖掘中的重要性。

宏基因组组装基因组 (MAG) 混合宏基因组测序

Nature子刊：产碳青霉烯酶肠杆菌科如何改变肠道菌群

肠杆菌科细菌（CPE）产生的碳青霉烯酶可降解碳青霉烯类，使机体产生抗生素耐药性。目前CPE在肠道菌群的长期定植可能导致CPE感染病例的快速增加，引起社区传播，危及生命，是公共卫生关注的一个领域。Nature Microbiology近期发表的文章，描绘CPE定植者及其家庭成员在12个时间点的肠道菌群生态和进化动力学，为研究多重耐药细菌的定植如何改变肠道生态，以及如何在没有明显感染和抗生素使用的情况下转移耐药基因提供参考。

肠道生态产碳青霉烯酶肠杆菌科

富含n-3脂肪酸的混合植物油调节肠道菌群改善血脂

高胆固醇血症正成为一个日益严重的问题，膳食植物油可能有助于改善这种状况，因为它们含有潜在协同降低胆固醇作用的植物营养素。近期发表于NPJ Biofilms and Microbiomes的一项研究发现混合食用油（精制米糠油、精制亚麻籽油和精制芝麻油）对血脂的有益影响与肠道微生物群的变化有关，这可能是通过增加丁酸生成引起的，而这些植物油的混合比例不同使得食用油中n-3多不饱和脂肪酸水平差异，最终引起的血脂谱变化也存在一定差异。

n-3脂肪酸肠道菌群植物油血脂高胆固醇血症

Nature子刊：哪些关键肠菌在支撑抗生素后的菌群恢复？

肠道菌群是一个复杂的生态系统。在抗生素治疗后，肠道菌群会经历破坏后的重建和恢复。Nature Ecology & Evolution发表的这项研究，通过数据挖掘的方法，鉴定出在抗生素后肠道菌群恢复过程中的关键细菌和功能通路，提出了一个可解释这一现象的生态学模型，并在小鼠中进行了验证。这些发现为研发帮助抗生素治疗后菌群恢复的益生菌/元等干预手段提供了新思路。

抗生素菌群恢复力肠道菌群

医院微生物组

Nature子刊：深入分析医院环境微生物组，揭示隐藏的致病菌和抗生素耐药性

院内感染是全球医疗系统共同面临的挑战，尽管消毒是控制感染的关键，但我们对医院环境微生物的定殖分布和抗生素耐药性情况，仍缺乏了解。《Nature Medicine》最新发表了来自新加坡基因组研究院Niranjan Nagarajan团队主导的研究，李陈浩博士为并列第一作者。该研究对新加坡一家医院45张床位相关的179个位置进行多时间点的重复采样，通过深度鸟枪法宏基因组测序、富集培养结合二三代测序等方法，首次深入刻画了医院中的微生物组、病原体和抗生素耐药基因及相关可移动元件的时空分布和动态变化，表明一些多重耐药致病菌株可在医院内广泛传播并稳定长期留存，从而伺机造成院内感染。这些发现为未来进一步研究如何预防院内感染提供了宝贵信息。

医院微生物组 disease prevention Microbial genetics 院内感染多重耐药微生物

宏基因组学

Nature子刊：宏基因组二、三代混合组装新软件OPERA-MS

二代测序通量高、准确度高，但读长短；三代测序读长长，但错误率高、成本高。将这两者的优势结合，目前在宏基因组领域还没有得到广泛应用，存在很多技术难题没有解决。近日，来自新加坡基因组所的Niranjan Nagarajan课题组发布了一款二、三代测序混合组装软件OPERA-MS，组装结果不仅碱基准确率高，而且短读长数据拼接长度提升了一个数量级。这一重镑成果于7月29日发表于世界顶级期刊《Nature Biotechnology》。

宏基因组学 Clinical microbiology Genome assembly algorithms metagenomics Jing-Min Liu

抗生素耐药性

Niranjan Nagarajan：纳米孔测序使对人体肠道微生物组中的耐药决定因素和可移动原件的高分辨率分析成为可能

新加坡基因组研究院计算与系统生物学中心的Niranjan Nagarajan博士发表题为《纳米孔测序使对人体肠道微生物组中的耐药决定因素和可移动原件的高分辨率分析成为可能》的报告，介绍了Nanopore长读长测序在（肠道）菌群耐药性检测中的新进展。

抗生素耐药性 Christine Everett Chengchen Li Jeremy E Wilkinson Andrew T Chan

青少年体味来自于不同微生物

尽管人体汗液是无味的，但其中的细菌生长和特定气味前体的分解会在人体中产生体臭。虽然已经在成人中广泛研究了气味产生的机制，但对于青少年和青春期前的儿童来说，他们的汗液成分知之甚少，本文整合了多个皮肤部位（腋下，颈部和头部）和多个时间点（沐浴后1小时和8小时）的全微生物组分析信息，结果确定了青春期前儿童和青少年汗液产生气味的不同途径，并突出了干预的关键酶促目标。

体味青少年微生物基础

β-葡糖醛酸酶

Hepatology：肠道菌群调节老年痴呆药物的肝毒性

他克林是第一代可逆性抗胆碱酯酶抑制药，用于治疗阿尔茨海默症，其主要副作用是肝毒性。本研究在大鼠中发现肠道菌群的活性影响他克林的肝毒性，特别推荐阅读。

β-葡糖醛酸酶肝肠循环他克林肝-肠轴肝脏毒性

Methods：微生物相互作用，你能算出来么？

深挖文献，算出关系，发大paper！欢迎大家深挖MC，发点中文期刊综述还是很方便的。

宏基因组微生物相互作用文献挖掘