Carolina Tropini

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Nature Reviews：生物地理学解析肠道菌群（综述）

生物地理学是宏观角度探究不同地域生物种群分布和进化的研究。随着近年来对肠道菌群研究的不断深入，以及转录组和单细胞技术的应用，使得人们已经可以在肠道这个微管环境中进一步明确不同种群在肠道中的分布，因此生物地理学的手段已经在肠道菌群的研究中开展应用。近期一篇发表在Nature Reviews Microbiology上的综述对近年来的肠道生物地理学研究进行了详细的回顾和总结，对于基于肠道生物地理学的肠道菌群与疾病的研究进行了展望。

肠道菌群生物地理学综述基础研究

通过单菌株表型预测复杂群落对物理因素的响应变化

这是发表在mBio上的一份工作，作者收集了已具备基因图谱的28个科的92株肠道细菌（其中69种人源细菌、10种鼠源、13种其它来源），对其进行体外不同pH和渗透压条件下的生长情况测定。结合PATRIC数据库，发现了已知压力反应基因与表型的相关性，通过机器学习鉴定新特征集与预测新的压力反应途径，该模型在渗透压中表现良好，但在pH中未达到预期效果。结合体外人源菌群培养和饮食操纵小鼠体内环境pH，验证了单菌株在不同压力条件下的生长表现可预测复杂群落对应激的响应变化。研究结果强调了物理环境作为细菌组成主要驱动因素的重要性。但需注意的是，肠杆菌科内菌株表现出广泛应激耐受，而拟杆菌科和双歧杆菌科内菌株表现出对应激的耐受异质性，且无对应的基因组变异特征，可能与其注释不彻底或注释基因的差异表达相关。

肠道共生菌也存在inoviruses噬菌体

这是发表在Microbiome上的一份工作，作者通过Inovirus Detector管道对肠道细菌库的基因组进行了筛查，以挖掘之前仅在病原菌中报道的inoviruses噬菌体。他们发现163株细菌基因组中存在7个假定的inovirus原噬菌体，其中6个都属于Enterocloster属，一个属于Hungatella属，它们先前都属于Clostridium属。选择4个宿主细菌在体外进行培养，通过qPCR和电镜确认了inovirus噬菌体的存在。通过渗透压和生物膜实验，确定了渗透应激以宿主特异性的方式促进inovirus噬菌体的分泌，而生物膜对分泌不存在影响。体内动物实验也验证了这一表型。他们首次在肠道共生菌内发现了inoviruses噬菌体的存在。

噬菌体

新冠大流行对人类共生微生物的影响（观点）

新冠病毒的全球大流行为人类的生活方式带来了极大的改变。这些生活方式的改变和认知将在很大程度上对人类共生微生物发生长期的、巨大的影响，从而对人类健康带来巨大的影响。近期一篇发表在PNAS的展望，从新冠肺炎本身以及对于人类生活方式的影响等多个角度和层面讨论了新冠病毒流行对于人类共生菌，特别是肠道菌群的影响，以期未来当人类面对新的流行疫情时，充分考虑多个角度的影响，选择更加适合的防控策略和手段。

新冠疫情卫生假说共生菌群其他展望

次级胆汁酸

Cell子刊：菌群失调诱导的次级胆汁酸缺失促进肠道炎症

胆汁酸在肠道炎症中发挥调节作用，次级胆汁酸可由肠道菌群代谢初级胆汁酸产生。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，报道了在溃疡性结肠炎患者中，肠道中的次级胆汁酸水平降低，产生次级胆汁酸所需的基因及次级胆汁酸产生菌减少。在结肠炎小鼠模型中，补充次级胆汁酸可缓解肠道炎症。

次级胆汁酸次级胆汁酸肠道炎症溃疡性结肠炎菌群-免疫互作

菌群恢复力

Cell子刊：缺少膳食纤维不利于抗生素治疗后的肠道菌群恢复

饮食和环境卫生因素如何抗生素干预后的肠道菌群恢复？Cell Host and Microbe近期发表的一项小鼠研究，对抗生素后的肠道菌群恢复进行了系统化的分析，表明低纤维饮食和过于干净的环境（单独饲养）不利于菌群复原，相关发现对于减少抗生素治疗引起的菌群失衡有参考意义。

菌群恢复力 Bacteroides S24-7 antibiotics Co-housing

Cell：短期渗透性腹泻可引起菌群的长期改变

聚乙二醇是治疗便秘的常用药物，可引起渗透性腹泻，有些人为控制体重或“排毒”也会时不时的用药泻一泻。Cell刚刚发表一项来自斯坦福医学院的研究，却提醒人们这类泻药造成的短期腹泻，可能引起肠道菌群的长期改变。善待肠道菌群，从慎吃泻药做起~

腹泻渗透性腹泻泻药 PEG diarrhea

Cell子刊：一文读懂在不同肠道部位的菌群分布和功能（综述）

重要综述，没看的人一定下载下来好好读一读。

肠道菌群空间结构肠道菌群宿位生物地理学成像技术