Wei Zhou

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Wei Zhou

文章数：6篇

Nature子刊：老年人皮肤菌群与虚弱及衰老有何关联？

虚弱是一种功能和生理储备下降的状态，随着状态的加重会导致老年人发病率和死亡率显著增加。先前研究发现人体微生物组可能和老年人虚弱有关，但相关证据仍有限。近日，美国杰克逊实验室研究人员在Nature Aging发表最新研究，通过比较年轻人与老年人口腔、皮肤、肠道等不同部位菌群，并与志愿者饮食、药物、生活方式等进行关联，发现皮肤菌群的变化与年龄相关性较小，而与身体虚弱相关性较大。此外，皮肤还是临床重要病原体的主要宿主，皮肤菌群与疾病菌株和抗菌素耐药基因的传播有关。总之，该研究为未来基于菌群改善老年人和体弱多病的成年人健康提供了新思路。

衰老皮肤菌群研究论文基础研究疾病感染风险

细菌生长速率

Science子刊：基于宏基因组推断菌株原位的生长速率

细菌生长速率的计算是宏基因组研究中的热点问题，之前报导过2018年《Nature Communication》发表的GRiD方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1096045434）和《Nature Methods》发表的DEMIC方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1042256665），最近Science子刊提出的SMEG方法 https://github.com/ohlab/SMEG 可以更好的计算菌株的原位生长速度，软件提供Github源代码和Bioconda的安装方式，方便用户使用。

细菌生长速率宏基因组分析工具生物信息学分析流程 Yufeng Jane Tseng

表皮葡萄球菌

Cell：什么塑造了人表皮葡萄球菌的功能多样性？

表皮葡萄球菌存在于几乎所有健康人的体表，是一种关键的皮肤微生物以及条件致病菌。Cell发表的一项研究对表皮葡萄球菌在个体内的演化轨迹和功能分布，进行了系统性研究，揭示了这种细菌在个体内的演化是如何塑造其功能多样化的。

表皮葡萄球菌 Staphylococcus epidermidis metagenomics strain diversity microevolution

不同肠道环境下，不同菌种或菌株的定殖能力均存在差异

ISME Journal上发表的一项最新研究，对比了在不同的基因型（C57BL6/J及NSG）或肠道菌群完整性（使用抗生素与否）的小鼠中，移植人粪便菌群后的定殖情况，发现不同菌种的功能差异影响了其在不同肠道环境下的定殖能力，而定殖能力的差异甚至在菌株水平也存在。

菌群定殖

MR1依赖性T细胞呈递及特定细菌物种可活化MAIT细胞

黏膜相关恒定T（MAIT）细胞是一种类似先天性免疫细胞的T细胞亚群，可被感染了细菌及酵母的细胞激活。Mucosal Immunology上发表的一项最新研究，发现编码了核黄素代谢通路的细菌可激活MAIT细胞，而T细胞也可通过MHC-1相关分子MR1呈递核黄素代谢产物，以激活MAIT细胞。

粘膜免疫粘膜免疫粘膜相关恒定T细胞 Alexander C Ford Christopher J Black

参考数据库

Microbiome：极简主义的大规模微生物数据库

微生物组研究中的数据库作用巨大，但目前整体缺乏统一的微生物参考基因组数据库和用于快速编译的计算工具，Microbiome[IF：8.496]在这篇文章中介绍的两个数据库，或许可以为推动数据共享提高分析效率等作出贡献。这值得专业人士关注。

参考数据库宏基因组分析 Pan-genome Reference database Shotgun metagenomics