Pajau Vangay

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文章数：12篇

工业化的人类肠道微生物群可能促进肠道炎症

移民到一个高度工业化的国家与代谢性疾病和微生物群组成的同步变化有关，但其潜在机制在人体研究中具有挑战性。近期发表于Gut Microbes的一项初步研究，评估了从美国（典型的低膳食纤维的西式饮食）和泰国农村收集的人类肠道微生物群对小鼠肠道黏膜和免疫系统的不同影响。研究结果表明，西化的人类肠道微生物群可能在促进肠道炎症中发挥作用。

国家微生物组数据合作

Nature Reviews：美国国家微生物组数据合作项目启动（评论）

Nature Reviews Microbiology最近发表的评论文章，介绍了国家微生物组数据合作（National Microbiome Data Collaborative，NMDC）这一新项目。该项目于2019年6月在美国微生物学会会议上启动，试图解决微生物组数据科学中的基本障碍，促进跨学科合作。评论特别指出了NMDC的两个战略重点，分布式数据框架的构建和团体驱动参与合作，以及支持长期愿景的未来活动。

国家微生物组数据合作微生物组 Microbiome Yu Muta Maria T Diaz-Meco

抗生素抗性基因(ARG)

移居美国或导致肠道中抗生素抗性基因的快速持续获

Clinical Infectious Diseases发表的文章，通过对粪便菌群进行宏基因组测序分析，发现从泰国移居美国的女性，其肠道中抗生素抗性基因的富集和丰度快速增加。

抗生素抗性基因(ARG) Antimicrobial resistance Antibiotic resistance genes gut resistome human migration

Cell子刊：饮食对菌群的影响，高度个体化

用饮食干预来调节肠道菌群，首先需要了解饮食如何影响人体肠道菌群。《Cell Host and Microbe》发表的一项最新研究表明，肠道菌群对饮食的应答是高度个体化的，相关发现对于研究用饮食干预调节肠道菌群，具有重要参考意义。

饮食肠道菌群个体化干预 Paola Brescia Maria Rescigno

高质量的人类微生物组分类、回归数据库

近年来机器学习在人类微生物组研究的分类和回归中广泛应用，但缺乏对数据系统的整理和方法比较。本文整理并校正了15篇文章中的33个数据集，并进行不同机器学习方法的比较，不仅对分类和回归方法选择有指导作用，而且为该领域的方法开发及优化提供参考数据库。

机器学习 Kanekal Suresh Gautham Abdul Razak

Cell：移民美国，西化的不仅是生活方式，还有肠道菌群

美国是移民大国，也是代谢疾病高发国，Cell刚刚上线的一项研究，对比了居住在泰国和美国的同族裔人群的肠道菌群组成和功能，发现移民可引起肠道菌群向着促代谢疾病的方向发生显著改变。一方水土养一方人，移民国外改变的不仅是生活环境，还有与健康息息相关的肠道菌群。

肠道菌群移民 Marta Guasch-Ferré Marta Guasch-Ferré

Cell子刊：益生菌稳定定殖的两大要素

这是近期又一篇影响因子超高的益生菌作用机制的研究论文（另一篇：http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1096077228），发现长双歧杆菌AH1206能在30%的人肠道里稳定保持6个月以上，而这与原住菌群中长双歧杆菌种类和特定基因缺失有关。在今后的益生菌疗法中，前期确定个体的菌群和基因缺什么，再给补充什么，或许是可能的。这是靶向肠道菌群的精准疗法相关研究的一大步，强烈推荐阅读。

长双歧杆菌

Cell子刊：益生菌稳定定殖的两大要素

这是近期又一篇影响因子超高的益生菌作用机制的研究论文（另一篇：http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1096077228），发现长双歧杆菌AH1206能在30%的人肠道里稳定保持6个月以上，而这与原住菌群中长双歧杆菌种类和特定基因缺失有关。在今后的益生菌疗法中，前期确定个体的菌群和基因缺什么，再给补充什么，或许是可能的。这是靶向肠道菌群的精准疗法相关研究的一大步，强烈推荐阅读。

长双歧杆菌 gut microbiome Gut microbiota microbiome modulation Bifidobacterium

Nature子刊：抗生素改变菌群，加速一型糖尿病的发展

Martin J Blaser和合作者的最新研究，在小鼠中发现抗生素改变菌群，加速1型糖尿病的发展，这对抗生素促进自身免疫性疾病的发展提供了新的证据，强烈推荐阅读。

抗生素肠道菌群一型糖尿病 Leandro A Lobo Ana Carolina Oliveira

Nature子刊：全面改进扩增方法，提高菌群研究准确性

Nature Biotechnology关于二代测序扩增文库制备方法改进的重量级文献，必须看一看，说不准你就因此搞定新物种了哈。

PCR 二代测序扩增文库文库制备扩增子

灵长类动物

PNAS：圈养的灵长类动物，菌群人源化

把非人类的灵长类动物圈养起来，它们的菌群会与西方生活方式塑造的人体菌群相似，食物多样性和膳食纤维减少，使得圈养动物原有的天然菌群消失，而普氏菌属及拟杆菌属开始在其体内定殖。这篇文章很有意义，推荐大家阅读。

灵长类动物灵长类动物微生物组人类微生物组菌群失调膳食纤维

Cell子刊：抗生素对儿童肠道菌群和健康到底有何影响？

① 流行病学数据表明，生命早期使用抗生素与成年后疾病表型间存在关联；② 综合目前有关抗生素、菌群失调和疾病的知识，提出了研究儿童抗生素相关菌群失调的框架；③ 建议抗生素对菌群作用研究中重点关注四种类型的失调：关键分类群的缺失、多样性的降低、代谢能力的变化及病原体的大量繁殖；④ 建立庞大而多样的基线队列来定义健康婴儿菌群的发展，对于诊断、解释和治疗儿童菌群失调至关重要，有助于为婴儿期抗生素的使用提供循证建议。

抗生素儿童肠道微生物 Martial Marbouty Romain Koszul