Daniel Segrè

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文章数：4篇

用于交互式菌群分析和可视化的R包：animalcules

本文介绍了animalcules，这是一个R包，用于通过R Shiny提供的交互式界面或各种命令行函数进行交互式菌群分析。它是第一个支持所有16S rRNA、基于DNA的鸟枪宏基因组学和基于RNA测序的宏转录组学数据集分析的菌群分析工具包。 animalcules可以从GitHub网站https://github.com/compbiomed/animalcules上免费下载，也可以通过Bioconductor网站https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/animalcules.html进行安装。

菌群分析可视化交互式工具包生物标志物鉴定

量化人类口腔菌群生物合成能力的新方法

微生物的生物合成能力是其生长和相互作用的基础，在微生物群落结构中起着重要作用。对于大型、多样的微生物群落，这些能力的预测受到代谢功能和环境条件的不确定性的限制。eLife发表的文章，提出一种基于渗透理论的概率方法，来计算量化代谢网络如何在一组可变环境下产生一组给定的代谢产物。本方法是基于整个代谢网络，并捕获大量不同的途径，即不依赖于已经注释的生物合成途径，而是寻求使用整个代谢网络结构来预测生物合成能力。本方法可广泛用于理解复杂微生物生态系统中的代谢相互作用。

口腔菌群 Saccharibacteria (TM7) computational biology human microbiome metabolic modeling

微生物互作

Nature子刊：菌群内种间互作依赖于不造成代谢压力的分泌物

微生物间通过交换代谢产物进行互作，但这些代谢产物往往会为微生物带来代谢压力。本研究通过计算机建模模拟不同条件下微生物的生长和代谢，发现微生物利用代谢压力较小的分泌物进行种间信息交流，维持微生物生态系统稳定。该成果对研究菌群建立以及菌株互作具有参考价值。

微生物互作低消耗代谢产物种间互作代谢建模微生物生态系统

Science：菌群组装规律中的简单之美

特定条件下菌群结构的形成有什么规律，是菌群研究的一个主要问题。Science本周发表的最新研究，监测了单一碳源条件下形成的上百个菌群，结合数学建模方法，揭示了复杂群落组装中的简单性，值得菌群研究者特别关注。

群落组装代谢副产物互养 Ryu Okumura Kiyoshi Takeda