Stephen Nayfach

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Stephen Nayfach

文章数：6篇

单核苷酸多态性（SNPs）

Nature子刊：使用GT-Pro快速准确地对人体肠道菌群进行宏基因分型

本研究开发了GenoTyper for Prokaryotes(GT-Pro)，这是一套对来自基因组的 SNP 进行编目，并使用独特的 k-mers 对来自宏基因组的这些 SNPs进行快速基因分型的方法，与使用读长对齐的方法相比，GT-Pro 更准确，速度快两个数量级，作者构建了一个GT-Pro数据库，基于大约25,000个宏基因组样本，并展示了GT-Pro如何用于数千种菌群的菌株水平探索。

单核苷酸多态性（SNPs）读长覆盖率 k-mer 肠道菌群宏基因组

人类肠道病毒组

Nature子刊：19万个人类肠道病毒基因组草图

噬菌体在肠道微生态中有重要作用，但相关研究和资源还很有限。Nature Microbiology近期发表研究，建立了一个含有近19万个人类肠道病毒基因组草图的数据库MGV，为深入探索肠道病毒组和噬菌体疗法提供了重要资源。

人类肠道病毒组噬菌体数据挖掘数据库

Nature子刊：CheckV评估宏基因组组装病毒基因组的质量和完整性

本文介绍了CheckV（一种用于评估单重叠群病毒基因组质量的自动化流程），以及从环境数据源中系统地识别出的完整病毒基因组的扩展数据库。作者预计，CheckV将在未来的病毒宏基因组学研究和MIUViG清单所需的质量统计报告中广泛使用，也期望CheckV的完整病毒基因组数据库将成为一个有用的群落资源，其中包含对来自不同环境的大量未开发新型病毒的见解。

CheckV 病毒基因组宏基因组装配数据库重叠群

Nature子刊：解析4种肠道菌如何协同将木脂素转化为肠道木脂素

木脂素存在于一些植物性食物（亚麻籽、芝麻、谷物、大豆、十字花科植物和一些水果等）中，是一种植物雌激素，有抗氧化作用，被认为有潜在的抗癌和防治其它疾病的功效。但木脂素在体内要发挥作用，需要先由肠道细菌将其转化为有生物活性的肠道木脂素。Nature Microbiology近期发表的一项研究，详细解析了含4种肠道菌的菌群，如何通过5步反应将木脂素转化为肠道木脂素，并鉴定出每个步骤中编码潜在关键酶的基因。该研究为进一步解析木脂素的潜在药用功效以及肠道菌群在其中的作用，打下基础；也提示进行相关研究时，需考虑菌株水平的基因差异，以及不同细菌的共现和协作情况。

木脂素肠道菌群代谢细菌酶肠内酯

菌群-宿主互作

荟萃分析指示肠道菌群或可用于疾病诊断

肠道菌群与许多人类疾病相关。《mSystems》近期发表荟萃研究，纳入近2000份人类粪便菌群数据，发现肠道菌群特征可用于区分疾病和健康人群，或有助于开发基于菌群分析的疾病诊断方法。

菌群-宿主互作疾病诊断 arthritis Cancer Disease

肠道细菌参考基因组

Nature：难培养的肠道细菌基因组有“话”要说

肠道中大部分微生物难以被培养。《Nature》近期发表研究，从人群粪便宏基因组中组装出60664个原核生物基因组草图，新发现了2058个菌种水平的新OTUs，并发现新OTUs与许多疾病存在相关性。该结果大大增加了已知肠道细菌种类，对于菌群分析相关各领域都有极大意义。

肠道细菌参考基因组 environmental microbiology Genome informatics 宏基因组学难培养细菌