Wei Wang

肠道菌群成像技术

细菌芽孢是一种特殊的生命形态，能够耐受高温、紫外线及多种化学物质杀灭。芽孢在宿主及宿主与环境之间的传播对于致病菌感染（如艰难梭菌）和维持肠道稳态(如枯草芽孢杆菌)至关重要，但是目前缺少有效手段检测芽孢在体萌芽过程。上海交通大学医学院分子医学研究院的杨朝勇、王炜团队在Gut Microbes发表了最新研究，基于序贯标记策略开发了直接评估芽孢体内萌芽的新方法。

菌群成像细菌芽孢体内萌芽序贯标记 D-型氨基酸荧光探针（FDAA）

抗生素药敏试验

王炜等：D-型氨基酸荧光探针——为细菌抗生素药敏试验加速

D-型氨基酸荧光探针（FDAA）是微生物学研究中的宝贵工具，对大多数细菌具有良好的耐受性，可高效标记细菌并反映细菌的代谢情况。来自上海交通大学医学院的王炜、杨朝勇、皋源、李敏及团队近期在Advanced healthcare materials上发表文章，建立了一种基于FDAA的抗生素药敏试验（FaAST）测试方法。

抗生素药敏试验 D-型氨基酸荧光探针（FDAA）研究论文 antibiotic susceptibility tests bacterial metabolic status

菌群成像

王炜+杨朝勇+魏泓：人肠道细菌的在体生长模式成像

Gut Microbes近期发表了来自上海交通大学医学院王炜、杨朝勇团队以及魏泓团队的合作研究成果，在此前研发的菌群在体成像方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1073691421）的基础上进行了扩展，将该方法应用于菌群人源化小鼠，以研究人肠道菌群中的细菌的在体生长模式，并建立了肠道细菌成像数据库Microiome Atlas（https://www.microbiome-atlas.com/）以便同行研究使用，值得专业人士关注。

菌群成像肠道菌群研究工具人源化小鼠

体内代谢标记

上交王炜团队：体内代谢标记助力抗生素耐药性研究

抗生素耐药性逐渐发展成为全球面临的挑战性问题。体外实验表明，通过催化细菌细胞壁肽聚糖中的3-3交联键，L,D-转肽酶（Ldts）可产生对抗生素β-内酰胺的抵抗。但其体内反应和生物分布尚不清楚。上海交通大学王炜团队在ACS Chemical Biology上发表文章，采用体内代谢标记和FISH对此问题进行了直接、深入地探索。

体内代谢标记抗生素耐药性研究论文

肠道菌群成像技术

杨朝勇+王炜：肠道菌群“暗物质”现形记（综述）

上海交通大学杨朝勇、王炜与研究团队，在Accounts of Chemical Research上基于自己团队的技术发展发表了关于肠道菌群成像技术的综述文章。目前细菌活体成像技术已到了应用阶段，在菌群、代谢以及疾病的研究中都有重要的发现，且特异性、分辨率越来越高。推荐专业人士阅读。

肠道菌群成像技术活体3D成像评述化学方法

肠道菌群研究工具

王炜+李小卫+杨朝勇：新方法看清菌群在肠内的3D空间分布

受限于现有的研究方法，人们对于肠道菌群在肠道内的三维空间分布情况仍所知甚少。上海交通大学的王炜、李小卫和杨朝勇与团队，在Angewandte Chemie发表的一项最新工作中，报道了一种结合了组织透明化和新型DAA在体标记策略的方法，能实现肠道细菌在肠道内的原位3D高分辨率定量成像。该方法有助于直观地揭示菌群-宿主之间的相互作用，3D荧光图像非常炫酷，推荐专业人士参考。

肠道菌群研究工具 metabolic labeling Gut microbiota tissue clearing 3D imaging

肠道菌群研究工具

王炜+杨朝勇等：肠道“暗物质”如何在体内生长分裂？新方法助你“看清”

人们分析肠道菌群目前仍以测序为主，辅以体外培养研究。然而，肠道菌群成员在肠道内如何发生各种生物学过程（比如细菌的分裂和生长），仅靠测序和体外培养是难以回答的。上海交通大学医学院的王炜和杨朝勇等人，在Science Advances上发表的一项最新研究中，提出了一种基于STAMP（右旋氨基酸探针序贯标记）并辅以FISH（荧光原位杂交）的方法，能够揭示不同种类的肠道细菌的在体生长和分裂模式。该方法对于研究肠道细菌的形态发生等微生物学问题，特别是对于肠道菌群中的“暗物质”——不可培养细菌，具有重要价值。

肠道菌群研究工具荧光探针荧光原位杂交细菌生长细菌分裂

肠道菌群研究工具

杨朝勇+王炜团队：利用D-型氨基酸探针定量细菌在肠道内的代谢活性

能够了解各类细菌在肠道内的生长代谢水平，这对研究菌群的在体活动及其对宿主造成的影响至关重要，但目前仍然缺少能够直接评估肠道细菌生长代谢活性的方法。来自上海交通大学医学院分子医学研究院的杨朝勇、王炜团队在Angewandte Chemie International Edition发表了最新研究，开发了基于在体D-型氨基酸荧光探针代谢标记与FISH技术的MeDabLISH的策略，能够对各类细菌在肠道内的生长代谢水平进行量化。作为首个可以对细菌在体活性进行直接定量的方法，这种新技术对直观、可信地探究各类肠道细菌在体的微生物活动及其动态变化具有非常重要的意义。配合传统的基于16S rDNA 测序的菌群研究思路，将有望把肠道菌群的研究往更深层次推进。

肠道菌群研究工具荧光探针代谢标记 Si Chen Aiping Fang

活体成像

上海交大医学院团队：神奇的化学探针，实现隔着肚皮看肠菌

由于缺少技术手段，人们研究肠道菌群时，还无法做到实时观察细菌在肠道内的情况。Angewandte Chemie International Edition发表的一项最新研究填补了这一空白。上海交大医学院附属仁济医院谭蔚泓院士和杨朝勇教授团队合作，研发了一种基于近红外荧光标记的简便方法，可对肠道菌群在活的小鼠体内的运动和分布情况，进行清晰的实时成像。这种新方法对于肠道菌群和微生物研究，有广泛的应用潜力，值得专业人士关注。有兴趣的读者不妨了解一下他们此前在Nature Communications发表的相关工作（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1057304106）和本文共同第一作者王炜博士在肠·道演讲的精彩报告（http://www.mr-gut.cn/talks/s/8beda6f425474e4faa7cb782e64f5302）。

活体成像 GI peristalsis In vivo imaging NIR-II Gut microbiota

胞外电子传递

王炜+左小磊+杨朝勇：肠道菌群能“放电”

胞外电子传递（EET）是细菌将电子从胞质转移到细胞外的电化学过程，近期研究表明这种放电现象存在于特定肠道细菌中（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1047995782），但EET是否普遍存在于肠道菌群中尚未证实。上海交通大学医学院王炜、左小磊与厦门大学杨朝勇与团队在Analytical Chemistry发表的最新研究，将电化学方法做到了动物体内，首次报道了哺乳动物肠道内普遍存在菌群的放电现象，并且测得的电流相对较强，很可能有一系列的生理病理功能，为研究肠道菌群与宿主健康提供了新视角。

胞外电子传递生物电化学肠道菌群

代谢标记物

王炜：D-型氨基酸代谢标记在肠道菌群研究中的应用

上海交通大学医学院王炜助理研究员发表题为《D-型氨基酸代谢标记在肠道菌群研究中的应用》的报告，介绍了肠道菌群成像新工具的开发与应用。

代谢标记物 Peter Libby Peter Libby

粪菌移植

Nature子刊：评估菌群移植效率的新武器

来自上海交大附属仁济医院、北京大学和厦门大学的研究者近期联合在《Nature Communication》发表研究，利用荧光氨基酸标记物开发了一种可衡量菌群移植效率的技术，并运用该技术发现了在菌群移植中生存率高的细菌类群，以及抗生素前处理对菌群移植的影响。对于评估菌群移植效率、开发有效的菌群调控手段具有重要参考价值。

粪菌移植小鼠荧光标记方法学粪菌移植效率

多粘菌素B

北大陈兴+上交王炜：抗生素荧光探针标记革兰氏阴性/阳性活菌

北京大学陈兴与上海交通大学王炜，利用基于粘菌素B及万古霉素的荧光探针，分别在不同的复杂菌群环境中完成了对革兰氏阴性菌及革兰氏阳性菌的特异性标记，并表现出了应用于临床的潜力。

多粘菌素B 万古霉素荧光探针革兰氏阴性菌革兰氏阳性菌

体内成像

北大团队：成功实现对肠道革兰氏阴/阳性菌的双色荧光成像

这是北京大学化学学院陈兴教授课题组的重要工作，通过点击化学（没错，就是点击化学！敬请Google）方法，利用两种不同的荧光标记方法，成功实现了对小鼠肠道菌群中的革兰氏阴性菌及阳性菌实现双色荧光成像。这个课题组是中国标记、成像技术的先锋团队，现在开发了很多针对复杂的肠道微生物组研究的化学工具。这是重要的工具，懂行的可以赶快联系他们谈谈合作！

体内成像革兰氏阴性菌革兰氏阳性菌点击化学代谢标记